基于蛋白质动态网络的复合物识别方法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-19页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第12-15页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第15-17页 |
| 1.3 论文主要工作 | 第17-18页 |
| 1.4 论文结构安排 | 第18-19页 |
| 第2章 蛋白质复合物识别算法概述 | 第19-28页 |
| 2.1 引言 | 第19页 |
| 2.2 相关概念 | 第19-21页 |
| 2.2.1 蛋白质相互作用网络 | 第19-20页 |
| 2.2.2 蛋白质相互作用数据库 | 第20-21页 |
| 2.3 基于PPI网络的几类常见聚类算法 | 第21-24页 |
| 2.3.1 基于层次化聚类算法 | 第21-22页 |
| 2.3.2 基于图划分聚类算法 | 第22-23页 |
| 2.3.3 基于密度的局部搜索聚类算法 | 第23-24页 |
| 2.3.4 基于模拟随机流的图聚类算法 | 第24页 |
| 2.4 几种构建蛋白质动态网络的方法 | 第24-26页 |
| 2.4.1 时序蛋白质网络(TC-PINs) | 第24-25页 |
| 2.4.2 动态蛋白质网络(APIN) | 第25-26页 |
| 2.5 小结 | 第26-28页 |
| 第3章 蛋白质动态网络的构建研究 | 第28-39页 |
| 3.1 引言 | 第28-29页 |
| 3.2 蛋白质活性显著性网络AS-PIN | 第29-34页 |
| 3.2.1 数据集 | 第29页 |
| 3.2.2 AS-PIN网络原理分析 | 第29-31页 |
| 3.2.3 AS-PINs网络构建 | 第31-33页 |
| 3.2.4 实验描述 | 第33-34页 |
| 3.3 实验与结果分析 | 第34-38页 |
| 3.3.1 评价指标 | 第34-35页 |
| 3.3.2 实验结果分析 | 第35-38页 |
| 3.4 小结 | 第38-39页 |
| 第4章 一种基于动态网络的蛋白质复合物识别算法 | 第39-53页 |
| 4.1 引言 | 第39-40页 |
| 4.2 DPCIA算法描述 | 第40-45页 |
| 4.2.1 算法原理 | 第40-41页 |
| 4.2.2 实例分析 | 第41-42页 |
| 4.2.3 算法流程 | 第42-44页 |
| 4.2.4 算法伪代码 | 第44-45页 |
| 4.3 实验与结果分析 | 第45-52页 |
| 4.3.1 数据集 | 第45页 |
| 4.3.2 评价指标 | 第45-46页 |
| 4.3.3 实验结果分析 | 第46-49页 |
| 4.3.4 GO功能富集分析 | 第49-51页 |
| 4.3.5 阈值选择的讨论 | 第51-52页 |
| 4.4 小结 | 第52-53页 |
| 结论 | 第53-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文及所参加项目 | 第62页 |
