| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-27页 |
| 1.1 基因组测序研究进展 | 第12-18页 |
| 1.1.1 DNA测序技术的发展和应用 | 第12-14页 |
| 1.1.2 基因组测序策略的发展 | 第14-15页 |
| 1.1.3 基因组物理图谱构建的四种方法 | 第15-17页 |
| 1.1.4 模式生物基因组研究进展 | 第17-18页 |
| 1.2 全基因组组装方法研究进展 | 第18-22页 |
| 1.2.1 序列组装算法的发展 | 第18-19页 |
| 1.2.2 基因组组装软件的发展 | 第19-21页 |
| 1.2.3 全基因组组装中的新技术 | 第21-22页 |
| 1.3 油菜基因组研究进展 | 第22-24页 |
| 1.4 主要研究内容及技术路线 | 第24-26页 |
| 1.5 本课题研究目的与意义 | 第26-27页 |
| 2 材料和方法 | 第27-35页 |
| 2.1 实验材料 | 第27页 |
| 2.1.1 甘蓝型油菜中双11号简介 | 第27页 |
| 2.1.2 中双11号BAC克隆文库简介 | 第27页 |
| 2.2 物理图构建 | 第27-30页 |
| 2.3 最小路径BAC挑选 | 第30页 |
| 2.4 BACNGS测序 | 第30-31页 |
| 2.5 BACNGS组装 | 第31-33页 |
| 2.5.1 探究载体、大肠杆菌DNA污染和PCR重复对NGS组装的影响 | 第31-32页 |
| 2.5.2 寻找最优k-mer | 第32页 |
| 2.5.3 NGS组装软件探究 | 第32-33页 |
| 2.6 中双11号全基因组三代测序 | 第33页 |
| 2.7 BAC的subreads抓取、三代组装 | 第33-34页 |
| 2.7.1 抓取条件的探索 | 第33-34页 |
| 2.7.2 三代组装软件探究 | 第34页 |
| 2.8 BAC组装结果评估 | 第34-35页 |
| 3 结果与分析 | 第35-60页 |
| 3.1 Whole genome profiling结果 | 第35-37页 |
| 3.2 物理图谱结果 | 第37-39页 |
| 3.3 BACNGS测序及序列组装条件探索 | 第39-48页 |
| 3.3.1 BAC原始数据质控 | 第39-41页 |
| 3.3.2 载体、大肠杆菌DNA污染和PCR重复对BACNGS组装的影响 | 第41-43页 |
| 3.3.3 测序深度对BACNGS组装的影响 | 第43-44页 |
| 3.3.4 最优k-mer测试 | 第44-45页 |
| 3.3.5 NGS组装软件的选择 | 第45-47页 |
| 3.3.6 BAC大规模测序组装 | 第47-48页 |
| 3.4 中双11号全基因组三代测序 | 第48-49页 |
| 3.5 三代subreads辅助组装BAC | 第49-55页 |
| 3.5.1 subreads抓取条件测试 | 第49-53页 |
| 3.5.2 三代组装软件测试 | 第53-54页 |
| 3.5.3 subreads三代辅助组装结果 | 第54-55页 |
| 3.6 BAC组装结果评估 | 第55-60页 |
| 3.6.1 组装序列正确度评估 | 第55-56页 |
| 3.6.2 BACNGS覆盖度评估 | 第56-57页 |
| 3.6.3 BAC在已发表的中双11号参考基因组上覆盖度评估 | 第57-60页 |
| 4 讨论 | 第60-63页 |
| 4.1 去杂是基因组组装前的重要步骤 | 第60页 |
| 4.2 测序深度对于组装来说并非越高越好 | 第60-61页 |
| 4.3 WGP方法构建物理图的优劣 | 第61页 |
| 4.4 测序技术中读长对于组装具有重要意义 | 第61-62页 |
| 4.5 在序列组装时根据不同的需要选择不同的比对软件 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
