| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 缩略语对照表 | 第11-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-38页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第16-18页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第16-17页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第17-18页 |
| 1.2 miRNA简介 | 第18-27页 |
| 1.2.1 miRNA相关概念 | 第18-20页 |
| 1.2.2 miRNA与复杂疾病 | 第20-22页 |
| 1.2.3 miRNA相关数据库及软件 | 第22-27页 |
| 1.3 研究现状与挑战 | 第27-34页 |
| 1.3.1 国内外研究现状 | 第27-33页 |
| 1.3.2 miRNA识别及其异常调控识别的挑战 | 第33-34页 |
| 1.4 本文主要内容及章节安排 | 第34-38页 |
| 1.4.1 本文主要内容 | 第34-36页 |
| 1.4.2 章节安排 | 第36-38页 |
| 第二章 成熟miRNA序列模式抽取方法 | 第38-56页 |
| 2.1 引言 | 第38-39页 |
| 2.2 成熟miRNA序列模式抽取方法 | 第39-42页 |
| 2.2.1 数据准备 | 第39-40页 |
| 2.2.2 成熟miRNA片段序列模式生成方法 | 第40-41页 |
| 2.2.3 成熟miRNA片段序列模式筛选 | 第41-42页 |
| 2.3 实验结果 | 第42-50页 |
| 2.3.1 基于x-联体估计片段序列模式概率 | 第43-44页 |
| 2.3.2 片段序列模式的数量选择 | 第44-47页 |
| 2.3.3 片段序列模式的长度选择 | 第47-50页 |
| 2.4 实验分析 | 第50-54页 |
| 2.4.1 成熟miRNA序列模式显著性分析 | 第50-53页 |
| 2.4.2 成熟miRNA序列模式分类性能分析 | 第53-54页 |
| 2.5 小结 | 第54-56页 |
| 第三章 成熟miRNA识别方法——mirPD | 第56-78页 |
| 3.1 引言 | 第56-57页 |
| 3.2 成熟miRNA计算识别方法——mirPD | 第57-68页 |
| 3.2.1 数据准备 | 第58页 |
| 3.2.2 长度及频率筛选 | 第58-59页 |
| 3.2.3 成熟miRNA序列模式筛选 | 第59-63页 |
| 3.2.4 候选读段匹配至基因组 | 第63页 |
| 3.2.5 miRNA生物特征筛选 | 第63-68页 |
| 3.3 实验结果 | 第68-74页 |
| 3.4 实验分析 | 第74-76页 |
| 3.4.1 miRNA序列模式筛选：提高效率且降低假阳性率 | 第74页 |
| 3.4.2 候选miRNA前体分组：提高识别精度 | 第74页 |
| 3.4.3 方法应用范围灵活：可选保守性 | 第74-75页 |
| 3.4.4 结果中假阴性miRNA原因分析 | 第75-76页 |
| 3.5 小结 | 第76-78页 |
| 第四章 miRNA序列致病SNP的识别 | 第78-94页 |
| 4.1 引言 | 第78-79页 |
| 4.2 miRNA序列致病SNP识别方法 | 第79-87页 |
| 4.2.1 数据收集 | 第82-83页 |
| 4.2.2 精神分裂症相关miRNA序列分段 | 第83-84页 |
| 4.2.3 SNP导致的自由能变化检测 | 第84-87页 |
| 4.3 实验结果 | 第87-89页 |
| 4.3.1 精神分裂症相关miRNA序列上的致病SNP（SZ-SNP） | 第87页 |
| 4.3.2 精神分裂症相关miRNA序列上的高频致病SNP | 第87-89页 |
| 4.4 实验分析 | 第89-91页 |
| 4.4.1 精神分裂症相关miRNA序列上无致病SNP原因分析 | 第89-90页 |
| 4.4.2 精神分裂症相关miRNA上已知SNP的高频特性 | 第90页 |
| 4.4.3 已知SNP在精神分裂症相关miRNA分段中的非均匀分布特性 | 第90-91页 |
| 4.4.4 精神分裂症miRNA终端环序列上无已知致病SNP原因分析 | 第91页 |
| 4.5 小结 | 第91-94页 |
| 第五章 功能异常miRNA调控模块识别方法 | 第94-106页 |
| 5.1 引言 | 第94-95页 |
| 5.2 功能异常miRNA调控模块识别方法 | 第95-100页 |
| 5.2.1 miRNA-mRNA调控关系预测 | 第96-97页 |
| 5.2.2 miRNA-mRNA调控系数估计 | 第97-99页 |
| 5.2.3 功能异常的miRNA调控模块识别 | 第99-100页 |
| 5.3 实验结果 | 第100-101页 |
| 5.4 实验分析 | 第101-103页 |
| 5.4.1 异常调控模块中的miRNA及mRNA与疾病的关系分析 | 第101-102页 |
| 5.4.2 miRNA异常调控的mRNA与疾病的关系分析 | 第102-103页 |
| 5.5 小结 | 第103-106页 |
| 第六章 总结与展望 | 第106-110页 |
| 6.1 总结 | 第106-108页 |
| 6.2 后续工作与展望 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-130页 |
| 致谢 | 第130-132页 |
| 作者简介 | 第132-134页 |
