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miRNA识别及复杂疾病中miRNA异常调控研究

摘要第5-7页
ABSTRACT第7-8页
缩略语对照表第11-16页
第一章 绪论第16-38页
    1.1 研究背景与意义第16-18页
        1.1.1 研究背景第16-17页
        1.1.2 研究意义第17-18页
    1.2 miRNA简介第18-27页
        1.2.1 miRNA相关概念第18-20页
        1.2.2 miRNA与复杂疾病第20-22页
        1.2.3 miRNA相关数据库及软件第22-27页
    1.3 研究现状与挑战第27-34页
        1.3.1 国内外研究现状第27-33页
        1.3.2 miRNA识别及其异常调控识别的挑战第33-34页
    1.4 本文主要内容及章节安排第34-38页
        1.4.1 本文主要内容第34-36页
        1.4.2 章节安排第36-38页
第二章 成熟miRNA序列模式抽取方法第38-56页
    2.1 引言第38-39页
    2.2 成熟miRNA序列模式抽取方法第39-42页
        2.2.1 数据准备第39-40页
        2.2.2 成熟miRNA片段序列模式生成方法第40-41页
        2.2.3 成熟miRNA片段序列模式筛选第41-42页
    2.3 实验结果第42-50页
        2.3.1 基于x-联体估计片段序列模式概率第43-44页
        2.3.2 片段序列模式的数量选择第44-47页
        2.3.3 片段序列模式的长度选择第47-50页
    2.4 实验分析第50-54页
        2.4.1 成熟miRNA序列模式显著性分析第50-53页
        2.4.2 成熟miRNA序列模式分类性能分析第53-54页
    2.5 小结第54-56页
第三章 成熟miRNA识别方法——mirPD第56-78页
    3.1 引言第56-57页
    3.2 成熟miRNA计算识别方法——mirPD第57-68页
        3.2.1 数据准备第58页
        3.2.2 长度及频率筛选第58-59页
        3.2.3 成熟miRNA序列模式筛选第59-63页
        3.2.4 候选读段匹配至基因组第63页
        3.2.5 miRNA生物特征筛选第63-68页
    3.3 实验结果第68-74页
    3.4 实验分析第74-76页
        3.4.1 miRNA序列模式筛选:提高效率且降低假阳性率第74页
        3.4.2 候选miRNA前体分组:提高识别精度第74页
        3.4.3 方法应用范围灵活:可选保守性第74-75页
        3.4.4 结果中假阴性miRNA原因分析第75-76页
    3.5 小结第76-78页
第四章 miRNA序列致病SNP的识别第78-94页
    4.1 引言第78-79页
    4.2 miRNA序列致病SNP识别方法第79-87页
        4.2.1 数据收集第82-83页
        4.2.2 精神分裂症相关miRNA序列分段第83-84页
        4.2.3 SNP导致的自由能变化检测第84-87页
    4.3 实验结果第87-89页
        4.3.1 精神分裂症相关miRNA序列上的致病SNP(SZ-SNP)第87页
        4.3.2 精神分裂症相关miRNA序列上的高频致病SNP第87-89页
    4.4 实验分析第89-91页
        4.4.1 精神分裂症相关miRNA序列上无致病SNP原因分析第89-90页
        4.4.2 精神分裂症相关miRNA上已知SNP的高频特性第90页
        4.4.3 已知SNP在精神分裂症相关miRNA分段中的非均匀分布特性第90-91页
        4.4.4 精神分裂症miRNA终端环序列上无已知致病SNP原因分析第91页
    4.5 小结第91-94页
第五章 功能异常miRNA调控模块识别方法第94-106页
    5.1 引言第94-95页
    5.2 功能异常miRNA调控模块识别方法第95-100页
        5.2.1 miRNA-mRNA调控关系预测第96-97页
        5.2.2 miRNA-mRNA调控系数估计第97-99页
        5.2.3 功能异常的miRNA调控模块识别第99-100页
    5.3 实验结果第100-101页
    5.4 实验分析第101-103页
        5.4.1 异常调控模块中的miRNA及mRNA与疾病的关系分析第101-102页
        5.4.2 miRNA异常调控的mRNA与疾病的关系分析第102-103页
    5.5 小结第103-106页
第六章 总结与展望第106-110页
    6.1 总结第106-108页
    6.2 后续工作与展望第108-110页
参考文献第110-130页
致谢第130-132页
作者简介第132-134页

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