中文摘要 | 第4-7页 |
ABSTRACT | 第7-9页 |
英文缩略词表 | 第10-16页 |
第一章 文献综述 | 第16-33页 |
1.1 胃癌的最新流行病学现状 | 第16-17页 |
1.2 circRNAs:肿瘤发生发展研究的新视角 | 第17-27页 |
1.2.1 circRNAs的来源 | 第17-19页 |
1.2.2 circRNAs的生物功能 | 第19-23页 |
1.2.3 circRNAs与肿瘤 | 第23-25页 |
1.2.4 circRNAs数据平台 | 第25-27页 |
1.3 整合组学数据分析方法学研究进展 | 第27-33页 |
1.3.1 组学数据的获取 | 第27-28页 |
1.3.2 组学数据分析中常用的计算生物学技术 | 第28-30页 |
1.3.3 多组学数据整合分析的方法学进展 | 第30-33页 |
第二章 胃癌中以circRNAs为核心的分子调控网络分析 | 第33-70页 |
2.1 前言 | 第33-34页 |
2.2 胃癌组织中circRNAs分子表达谱检测 | 第34-49页 |
2.2.1 实验材料 | 第34-36页 |
2.2.2 实验方法 | 第36-41页 |
2.2.3 实验结果 | 第41-49页 |
2.3 circRNAs/miRNAs/mRNAs分子功能调控网络建模及circRNAs核心功能调控模块提取分析 | 第49-64页 |
2.3.1 实验材料 | 第49-50页 |
2.3.2 实验方法 | 第50-51页 |
2.3.3 实验结果 | 第51-64页 |
2.4 以circTNFRSF11A为中心的促癌调节功能模块提取及功能分析 | 第64-68页 |
2.4.1 实验材料 | 第64页 |
2.4.2 实验方法 | 第64-65页 |
2.4.3 实验结果 | 第65-68页 |
2.5 讨论 | 第68-70页 |
第三章 circTNFRSF11A促进胃癌发生、发展的作用机制研究 | 第70-107页 |
3.1 前言 | 第70-71页 |
3.2 circTNFRSF11A在胃癌组织、细胞系中的表达水平验证 | 第71-80页 |
3.2.1 实验材料 | 第71-73页 |
3.2.2 实验方法 | 第73-79页 |
3.2.3 实验结果 | 第79-80页 |
3.3 circTNFRSF11A表达促进胃癌细胞增殖、侵袭并影响胃癌细胞周期 | 第80-94页 |
3.3.1 实验材料 | 第80-82页 |
3.3.2 实验方法 | 第82-85页 |
3.3.3 实验结果 | 第85-94页 |
3.4 circTNFRSF11A通过let7g/CDK2通路影响胃癌的发生与发展 | 第94-105页 |
3.4.1 实验材料 | 第94-96页 |
3.4.2 实验方法 | 第96-101页 |
3.4.3 实验结果 | 第101-105页 |
3.5 讨论 | 第105-107页 |
第四章 结论 | 第107-108页 |
参考文献 | 第108-127页 |
附录 | 第127-137页 |
附录1 circRNAs表达数据标准化及差异表达分析R语言脚本 | 第127-128页 |
附录2 差异表达Volcano Plot绘制R语言脚本 | 第128-130页 |
附录3 差异表达circRNAs Heatmap Plot绘制R语言脚本 | 第130-131页 |
附录4 基因GO功能注释分析、KEGG代谢通路富集分析及疾病相关分析R语言脚本 | 第131-134页 |
附录5 基因GO功能注释分析、KEGG代谢通路富集分析及疾病相关分析结果的可视化展示柱状图、气泡图以及代谢通路图绘制R语言脚本 | 第134-137页 |
附表1 显著性差异表达circRNAs信息 | 第137-149页 |
附表2 circRNAs分子调控网络节点分子的GO功能注释生物过程(Biological Process)分析结果列表 | 第149-165页 |
附表3 circRNAs分子调控网络节点分子的GO功能注释细胞组分(Cellular Component)分析结果列表 | 第165-168页 |
附表4 circRNAs分子调控网络节点分子的GO功能注释分子功能(Molecular Function)分析结果列表 | 第168-170页 |
作者简介 | 第170-173页 |
致谢 | 第173页 |