基于重测序技术的美洲黑杨×小叶杨亲本变异位点检测分析
| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 本文缩写词表 | 第6-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-22页 |
| 1.1 测序技术的发展历程 | 第9-14页 |
| 1.1.1 第一代测序技术 | 第9-10页 |
| 1.1.2 第二代测序技术 | 第10-13页 |
| 1.1.3 第三代测序技术 | 第13-14页 |
| 1.2 重测序技术的研究进展 | 第14-17页 |
| 1.2.1 重测序技术简介 | 第14-15页 |
| 1.2.2 重测序技术研究现状 | 第15-16页 |
| 1.2.3 重测序技术研究趋势 | 第16页 |
| 1.2.4 重测序技术研究内容 | 第16-17页 |
| 1.3 高通量SNP标记的应用 | 第17-19页 |
| 1.3.1 SNP应用于遗传图谱构建 | 第17-18页 |
| 1.3.2 SNP应用于全基因组关联分析 | 第18页 |
| 1.3.3 SNP应用于数量性状定位研究 | 第18-19页 |
| 1.4 林木中变异位点检测的研究状况 | 第19页 |
| 1.5 课题研究 | 第19-22页 |
| 1.5.1 课题研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 1.5.2 课题研究的内容 | 第20页 |
| 1.5.3 技术路线 | 第20-22页 |
| 第二章 材料与方法 | 第22-33页 |
| 2.1 材料 | 第22-25页 |
| 2.1.1 植物材料的准备 | 第22-23页 |
| 2.1.2 植物基因组DNA的提取与纯化 | 第23-25页 |
| 2.2 方法 | 第25-33页 |
| 2.2.1 文库构建和Illumina测序 | 第25-28页 |
| 2.2.2 数据处理与评估 | 第28-29页 |
| 2.2.3 重测序的生物信息学分析 | 第29-33页 |
| 第三章 结果与分析 | 第33-47页 |
| 3.1 数据质量评估与比对 | 第33-40页 |
| 3.1.1 亲本reads碱基质量分析 | 第33-34页 |
| 3.1.2 亲本reads读长分析 | 第34-36页 |
| 3.1.3 亲本sequence质量分析 | 第36-37页 |
| 3.1.4 亲本reads碱基分布分析 | 第37-40页 |
| 3.2 SNP、INDEL的统计分析结果 | 第40-43页 |
| 3.3 亲本的变异位点比较 | 第43-44页 |
| 3.4 SNP的注释 | 第44-47页 |
| 第四章 结论与讨论 | 第47-49页 |
| 4.1 结论 | 第47页 |
| 4.2 讨论 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-55页 |
| 附录 1 | 第55-56页 |
