| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 选题背景和意义 | 第8-9页 |
| 1.2 研究现状 | 第9-12页 |
| 1.2.1 蛋白质相互作用网络聚类的研究现状 | 第9-10页 |
| 1.2.2 群智能算法研究现状 | 第10-12页 |
| 1.2.3 蛋白质网络聚类评价方法的研究现状 | 第12页 |
| 1.3 研究内容 | 第12-13页 |
| 1.4 论文结构 | 第13-14页 |
| 第2章 蛋白质相互作用网络 | 第14-20页 |
| 2.1 引言 | 第14页 |
| 2.2 PPI网络及其特性 | 第14-16页 |
| 2.3 PPI网络的传统聚类方法 | 第16-17页 |
| 2.4 本章小结 | 第17-20页 |
| 第3章 群智能优化算法 | 第20-24页 |
| 3.1 引言 | 第20页 |
| 3.2 细菌觅食算法 | 第20-21页 |
| 3.2.1 趋向性操作 | 第20-21页 |
| 3.2.2 复制操作 | 第21页 |
| 3.2.3 迁徙操作 | 第21页 |
| 3.3 布谷鸟算法 | 第21-22页 |
| 3.4 本章小结 | 第22-24页 |
| 第4章 基于布谷鸟搜索机理的PPI网络聚类算法研究 | 第24-34页 |
| 4.1 引言 | 第24页 |
| 4.2 相关知识介绍 | 第24-26页 |
| 4.2.1 蛋白质结点之间的相似性 | 第24-25页 |
| 4.2.2 目标函数 | 第25-26页 |
| 4.3 基于布谷鸟搜索机理的PPI网络聚类算法描述 | 第26-28页 |
| 4.3.1 数据的预处理及候选中心点的选取 | 第26-27页 |
| 4.3.2 算法的具体步骤 | 第27页 |
| 4.3.3 聚类过程细节 | 第27-28页 |
| 4.4 性能分析和实验仿真 | 第28页 |
| 4.5 实验内容和结果分析 | 第28-31页 |
| 4.6 本章小结 | 第31-34页 |
| 第5章 PPI网络聚类评价方法的研究与应用 | 第34-46页 |
| 5.1 引言 | 第34页 |
| 5.2 基于功能富集分析的p-value评价分析法 | 第34-35页 |
| 5.3 基于f-measure的评价方法 | 第35-39页 |
| 5.3.1 匹配统计量 | 第35-36页 |
| 5.3.2 基于查准率和查全率的评价方法 | 第36-37页 |
| 5.3.3 HF-MEASURE | 第37-39页 |
| 5.4 其他评价分析方法 | 第39页 |
| 5.5 改进的Sf-measure | 第39-40页 |
| 5.6 实验结果 | 第40-43页 |
| 5.7 结束语 | 第43-46页 |
| 第6章 总结及展望 | 第46-48页 |
| 6.1 总结 | 第46-47页 |
| 6.2 对未来工作的展望 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-54页 |
| 致谢 | 第54-56页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第56页 |
