| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略词 | 第16-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-33页 |
| 1.1 滇池金线鳃概况 | 第18-19页 |
| 1.2 鱼类中半胱氨酸蛋白酶抑制剂研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3 转录组学研究进展 | 第20-27页 |
| 1.3.1 转录组学概念 | 第20-21页 |
| 1.3.2 转录组学研究方法 | 第21-23页 |
| 1.3.3 RNA测序的流程 | 第23-27页 |
| 1.3.3.1 文库构建 | 第24-25页 |
| 1.3.3.2 测序 | 第25-26页 |
| 1.3.3.3 生物信息学分析 | 第26-27页 |
| 1.4 RNA测序技术在鱼类中的研究进展 | 第27-31页 |
| 1.4.1 应用RNA测序技术在鱼类中获得的生物见解 | 第27页 |
| 1.4.2 转录组映射和基因组注释 | 第27-28页 |
| 1.4.3 新的转录物的发现 | 第28-29页 |
| 1.4.4 转录后修饰(RNA剪接) | 第29页 |
| 1.4.5 SNP的发现 | 第29页 |
| 1.4.6 量化转录水平 | 第29-31页 |
| 1.4.6.1 发育生物学 | 第30页 |
| 1.4.6.2 免疫学 | 第30页 |
| 1.4.6.3 生理过程 | 第30-31页 |
| 1.4.6.4 进化生物学 | 第31页 |
| 1.5 论文选题意义及研究内容 | 第31-33页 |
| 第二章 滇池金线鲃的转录组学研究 | 第33-53页 |
| 2.1 实验材料 | 第33-34页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第33页 |
| 2.1.2 主要实验试剂及仪器 | 第33-34页 |
| 2.1.3 其他 | 第34页 |
| 2.2 实验方法 | 第34-36页 |
| 2.2.1 滇池金线鲃肌肉组织的总RNA提取 | 第34-35页 |
| 2.2.2 转录组文库构建与测序 | 第35-36页 |
| 2.2.2.1 测序数据质量统计 | 第35页 |
| 2.2.2.2 转录本组装 | 第35-36页 |
| 2.2.2.3 Unigene功能注释 | 第36页 |
| 2.2.2.4 ORF/CDS预测 | 第36页 |
| 2.3 实验结果 | 第36-52页 |
| 2.3.1 滇池金线鲃肌肉组织总RNA质量检测 | 第36-37页 |
| 2.3.2 测序数据质量统计结果 | 第37-52页 |
| 2.3.2.1 组装转录本数据统计 | 第40-44页 |
| 2.3.2.2 转录本表达量分布 | 第44-45页 |
| 2.3.2.3 Unigene功能注释 | 第45-50页 |
| 2.3.2.4 ORF/CDS预测 | 第50-52页 |
| 2.4 讨论 | 第52-53页 |
| 第三章 滇池金线鲃中Cystatin-J cDNA序列获得及分析 | 第53-68页 |
| 3.1 实验材料 | 第53-54页 |
| 3.1.1 实验动物 | 第53页 |
| 3.1.2 主要实验试剂 | 第53-54页 |
| 3.1.3 主要实验仪器 | 第54页 |
| 3.2 实验方法 | 第54-59页 |
| 3.2.1 反转录合成cDNA第一条链 | 第54-55页 |
| 3.2.1.1 滇池金线鲃肌肉组织总RNA的提取 | 第54-55页 |
| 3.2.1.2 反转录合成 | 第55页 |
| 3.2.2 滇池金线鲃Cystatin-J序列的获得 | 第55-58页 |
| 3.2.2.1 PCR扩增Cystatin-J序列 | 第55-56页 |
| 3.2.2.2 PCR扩增产物的检测及目的片段纯化 | 第56页 |
| 3.2.2.3 连接反应 | 第56-57页 |
| 3.2.2.4 连接产物的转化 | 第57页 |
| 3.2.2.5 阳性克隆的筛选及测序 | 第57-58页 |
| 3.2.3 滇池金线鳃cyatatin-J序列分析 | 第58-59页 |
| 3.3 实验结果 | 第59-66页 |
| 3.3.1 Cystatin-J序列的获得 | 第59页 |
| 3.3.1.1 总RNA提取 | 第59页 |
| 3.3.1.2 PCR扩增结果 | 第59页 |
| 3.3.2 Cystatin-J序列分析 | 第59-66页 |
| 3.3.2.1 Cystatin-J开放阅读框的获得 | 第59-60页 |
| 3.3.2.2 理化性质 | 第60页 |
| 3.3.2.3 信号肽预测与糖基化位点预测 | 第60-61页 |
| 3.3.2.4 二级结构分析 | 第61-62页 |
| 3.3.2.5 Cystatin-J三维结构预测 | 第62-63页 |
| 3.3.2.6 多重序列比对 | 第63-64页 |
| 3.3.2.7 Cystatin-J蛋白同源物的进化分析 | 第64-66页 |
| 3.4 讨论 | 第66-68页 |
| 第四章 滇池金线鲃Cystatin-J的原核表达、纯化及活性检测 | 第68-83页 |
| 4.1 实验材料 | 第68-69页 |
| 4.1.1 主要实验试剂及菌株 | 第68-69页 |
| 4.1.2 主要实验仪器 | 第69页 |
| 4.2 实验方法 | 第69-75页 |
| 4.2.1 原核表达 | 第69-73页 |
| 4.2.1.1 Cystatin-J基因克隆 | 第69-71页 |
| 4.2.1.2 Cystatin-J表达载体构建 | 第71-72页 |
| 4.2.1.3 rCystatin-J重组蛋白的表达 | 第72-73页 |
| 4.2.2 rCystatin-J重组蛋白的纯化 | 第73页 |
| 4.2.2.1 表达产物的纯化 | 第73页 |
| 4.2.2.2 肠激酶酶切及目的蛋白纯化 | 第73页 |
| 4.2.3 重组蛋白rCystatin-J一步法酸纯化 | 第73-74页 |
| 4.2.3.1 不同醋酸浓度对纯化效果的影响 | 第73-74页 |
| 4.2.3.2 不同处理条件对纯化效果的影响 | 第74页 |
| 4.2.4 rCystatin-J的活性检测 | 第74-75页 |
| 4.2.4.1 抑菌活性检测 | 第74页 |
| 4.2.4.2 对cathepsin B的抑制活性检测 | 第74-75页 |
| 4.2.4.3 Cystatin对组织蛋白酶B抑制作用的酸碱稳定性检测 | 第75页 |
| 4.3 实验结果 | 第75-81页 |
| 4.3.1 原核表达 | 第75-76页 |
| 4.3.2 蛋白纯化 | 第76-77页 |
| 4.3.3 重组蛋白酸纯化 | 第77-79页 |
| 4.3.4 Cystatin-J的活性检测 | 第79-81页 |
| 4.3.4.1 抑菌活性 | 第79页 |
| 4.3.4.2 对cathepsin B的抑制活性检测 | 第79-80页 |
| 4.3.4.3 8μM rCystatin-J在不同pH条件下对cathepsin B的抑制率 | 第80-81页 |
| 4.4 讨论 | 第81-83页 |
| 第五章 结论 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-94页 |
| 附录A 攻读硕士期间研究成果 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
