| 摘要 | 第10-14页 |
| ABSTRACT | 第14-17页 |
| 第一章 绪论 | 第18-23页 |
| 1.1 酶的概述 | 第18-21页 |
| 1.1.1 酶的概念及特点 | 第18页 |
| 1.1.2 酶的催化机制 | 第18-19页 |
| 1.1.3 酶促反应动力学 | 第19-21页 |
| 1.2 酶的应用前景 | 第21页 |
| 1.3 本论文的研究目的 | 第21页 |
| 参考文献 | 第21-23页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第23-27页 |
| 2.1 量子化学方法 | 第23-24页 |
| 2.2 分子动力学方法 | 第24-25页 |
| 2.3 量子力学与分子力学(QM/MM)组合方法 | 第25页 |
| 参考文献 | 第25-27页 |
| 第三章 色氨酸裂解酶的理论研究 | 第27-44页 |
| 3.1 前言 | 第27-28页 |
| 3.2 计算方法 | 第28-30页 |
| 3.2.1 计算模型 | 第28-29页 |
| 3.2.2 QM/MM计算 | 第29-30页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第30-38页 |
| 3.3.1 酶-底物复合物的结构 | 第30-31页 |
| 3.3.2 反应机理 | 第31-37页 |
| 3.3.3 残基静电分析 | 第37-38页 |
| 3.4 结论 | 第38页 |
| 参考文献 | 第38-44页 |
| 第四章 烟曲霉毒素B内过氧化酶的理论研究 | 第44-65页 |
| 4.1 前言 | 第44-46页 |
| 4.2 计算方法 | 第46-48页 |
| 4.2.1 模型构建 | 第46-47页 |
| 4.2.2 QM/MM计算 | 第47-48页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第48-55页 |
| 4.3.1 Fe~(IV)=O复合物的结构 | 第48-49页 |
| 4.3.2 反应物的自然轨道 | 第49-50页 |
| 4.3.3 氢抽取反应 | 第50-53页 |
| 4.3.4 底物脱氢和环氧化 | 第53-55页 |
| 4.4 结论 | 第55页 |
| 参考文献 | 第55-65页 |
| 第五章 细胞色素P450酶CYP161C2的理论研究 | 第65-83页 |
| 5.1 前言 | 第65-66页 |
| 5.2 计算方法 | 第66-68页 |
| 5.2.1 动力学模拟 | 第66-67页 |
| 5.2.2 QM/MM计算 | 第67-68页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第68-75页 |
| 5.3.1 Cpd I的结构 | 第69-70页 |
| 5.3.2 反应路径 | 第70-74页 |
| 5.3.3 底物类似物的结果 | 第74-75页 |
| 5.4 结论 | 第75页 |
| 参考文献 | 第75-83页 |
| 第六章 水杨酸水解酶的理论研究 | 第83-98页 |
| 6.1 前言 | 第83-84页 |
| 6.2 计算方法 | 第84-86页 |
| 6.2.1 模型 | 第84-85页 |
| 6.2.2 QM/MM方法 | 第85-86页 |
| 6.3 结果和讨论 | 第86-91页 |
| 6.3.1 优化的反应物 | 第86页 |
| 6.3.2 SALH与中性底物的反应机理 | 第86-87页 |
| 6.3.3 SALH与去质子化底物的反应机理 | 第87-91页 |
| 6.4 结论 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-98页 |
| 硕士期间发表论文 | 第98-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 附已发表论文 | 第101-122页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第122页 |