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外源基因诱导表达引发细胞反应的大肠杆菌定量蛋白质组学研究

中文摘要第8-10页
Abstract第10-11页
第一章 大肠杆菌SILAC方法研究第12-46页
    1.1 研究背景第12-13页
    1.2 材料与仪器第13-17页
        1.2.1 菌株第13-14页
        1.2.2 试剂第14页
        1.2.3 主要溶液的配制第14-17页
        1.2.4 仪器第17页
    1.3 实验方法第17-30页
        1.3.1 培养基基础成分及浓度的确定第17-20页
        1.3.2 生长曲线的测定第20页
        1.3.3 重标氨基酸的选择第20-21页
        1.3.4 精氨酸重标及标记效率测试第21-23页
        1.3.5 赖氨酸重标及标记效率的检测第23-24页
        1.3.6 无谷氨酸,有机物加倍,赖氨酸重标及标记效率的检测第24-25页
        1.3.7 无谷氨酸和天冬氨酸,赖氨酸重标及标记效率的检测第25-27页
        1.3.8 无谷氨酸和天冬氨酸,添加铵盐,赖氨酸重标及标记效率的检测第27-28页
        1.3.9 比较几种重标培养基中菌体的生长速度第28-30页
    1.4 结果与讨论第30-45页
        1.4.1 M9结合SC氨基酸组成培养条件下的生长曲线第30-32页
        1.4.2 精氨酸标记效率第32-33页
        1.4.3 赖氨酸标记效率第33-35页
        1.4.4 无谷氨酸,有机物加倍的条件下,赖氨酸重标的标记效率第35-38页
        1.4.5 无谷氨酸和天冬氨酸条件下,重标赖氨酸标记效率第38-40页
        1.4.6 无谷氨酸和天冬氨酸,添加铵盐的条件下赖氨酸重标效率的检测第40-43页
        1.4.7 几种大肠杆菌标记方法的生长曲线的比较第43-45页
    1.5 小结第45-46页
第二章 零差异实验确定数据过滤标准第46-54页
    2.1 研究背景第46页
    2.2 材料与仪器第46-47页
    2.3 实验方法第47-48页
        2.3.1 purenull实验样品的制备第47页
        2.3.2 液质联用第47页
        2.3.3 数据分析第47-48页
    2.4 结果与讨论第48-52页
        2.4.1 蛋白鉴定及定量第48页
        2.4.2 不同S/N卡值下的蛋白鉴定及定量第48-51页
        2.4.3 定量精度分析第51-52页
    2.5 小结第52-54页
第三章 SILAC方法比较IPTG诱导前后蛋白质组变化第54-75页
    3.1 背景介绍第54-55页
    3.2 材料与仪器第55页
    3.3 实验方法第55-60页
        3.3.1 比较有无IPTG处理条件下生长速度的变化第55-56页
        3.3.2 SDS-PAGE比较表达差异第56页
        3.3.3 SILAC标记实验第56-57页
        3.3.4 SILAC正标实验,即诱导前轻标与诱导后重标混合后分析第57-58页
        3.3.5 SILAC反标实验,即诱导前重标与诱导后轻标混合后进行分析第58页
        3.3.6 电泳定量第58-59页
        3.3.7 信号通路分析第59页
        3.3.8 电镜检测诱导前后菌体形态变化第59-60页
        3.3.9 目标蛋白可溶性分析第60页
    3.4 结果与讨论第60-73页
        3.4.1 生长曲线的比较第60-62页
        3.4.2 SDS-PAGE电泳比较图第62-63页
        3.4.3 SILAC正标(诱导前轻标vs诱导后重标)实验结果分析第63-64页
        3.4.4 SILAC反标(诱导前重标vs诱导后轻标)实验结果分析第64-65页
        3.4.5 考马斯亮蓝染色比较内源蛋白表达量变化第65-67页
        3.4.6 信号通路分析第67-71页
        3.4.7 诱导前后菌体表面积及形态的变化第71-72页
        3.4.8 目标蛋白可溶性分析第72-73页
    3.5 小结第73-75页
综述第75-84页
参考文献第84-89页
在读期间发表与待发表的文章第89-91页
致谢第91-92页
附表第92-200页
    附表1:缩略词表第92-94页
    附表2:诱导后在两组SILAC试验中log2Ratio(before/after)值均大于0.2的蛋白第94-95页
    附表3:诱导后在两组SILAC实验中log2Ratio(before/after)值介于-0.2之0.2之间的蛋白第95-98页
    附表4:诱导后在两组SILAC实验中log2Ratio(before/after)值都大于0.2,即诱导后表达下调的蛋白第98-162页
    附表5:其他共同定量的蛋白第162-171页
    附表6:其他鉴定蛋白第171-200页

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