| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 玉米S-CMS育性恢复基因Rf3的精细定位和克隆 | 第13-36页 |
| 1 文献综述 | 第13-21页 |
| 1.1 细胞质雄性不育 | 第13-14页 |
| 1.2 CMS胞质不育基因 | 第14-16页 |
| 1.3 CMS核恢复基因与育性恢复机理假说 | 第16-18页 |
| 1.4 玉米S-CMS育性恢复的遗传研究 | 第18页 |
| 1.5 DNA分子标记及遗传连锁图 | 第18-20页 |
| 1.6 BAC文库进展 | 第20页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 2 材料和方法 | 第21-25页 |
| 2.1 植物材料 | 第21页 |
| 2.2 花粉育性鉴定 | 第21页 |
| 2.3 基因组总DNA的提取 | 第21-22页 |
| 2.4 标记开发 | 第22-23页 |
| 2.4.1 SSR标记分析 | 第22页 |
| 2.4.2 STS标记 | 第22页 |
| 2.4.3 标记的检测 | 第22-23页 |
| 2.5 连锁分析 | 第23页 |
| 2.6 PPR分析 | 第23-24页 |
| 2.7 亲本材料的RFLP分析 | 第24页 |
| 2.8 BAC文库的构建与利用 | 第24-25页 |
| 2.8.1 文库构建 | 第24页 |
| 2.8.2 杂交膜制备 | 第24页 |
| 2.8.3 探针制备和标记 | 第24页 |
| 2.8.4 文库筛选 | 第24-25页 |
| 2.8.5 阳性克隆contig构建 | 第25页 |
| 3 结果与分析 | 第25-31页 |
| 3.1 定位群体花粉育性及遗传分析 | 第25-26页 |
| 3.2 标记的筛选 | 第26-27页 |
| 3.3 Rf3基因的定位分析 | 第27页 |
| 3.4 PPR候选基因分析 | 第27-29页 |
| 3.5 基于BAC策略的Rf3基因的精细定位 | 第29-31页 |
| 3.5.1 BAC文库质量的鉴定 | 第29-30页 |
| 3.5.2 BAC文库筛选 | 第30-31页 |
| 3.5.3 阳性克隆contig | 第31页 |
| 4 讨论 | 第31-36页 |
| 4.1 利用NIL实现控制质量性状基因精细定位的利弊 | 第31-32页 |
| 4.2 玉米S-CMS花粉育性鉴定标准的确定 | 第32-33页 |
| 4.3 以B73参考基因组序列开发标记的风险 | 第33-34页 |
| 4.4 构建玉米S—CMS基因组BAC文库的必要性 | 第34页 |
| 4.5 以RG紧密连锁标记实现育性恢复基因图位克隆的可行性 | 第34-35页 |
| 4.6 PPR基因作为Rf3候选基因的可能性 | 第35-36页 |
| 第二章 玉米生长后期干旱胁迫下复杂性状的全基因组关联分析 | 第36-64页 |
| 1 文献综述 | 第36-44页 |
| 1.1 干旱对玉米产量的影响 | 第36-37页 |
| 1.2 玉米耐旱性概述 | 第37页 |
| 1.3 耐旱相关性状与鉴定 | 第37-38页 |
| 1.4 耐旱性的生理生化基础 | 第38-39页 |
| 1.4.1 气孔调节 | 第38页 |
| 1.4.2 抗氧化防御 | 第38页 |
| 1.4.3 渗透调节 | 第38-39页 |
| 1.4.4 LEA蛋白 | 第39页 |
| 1.5 耐旱性的遗传与分子生物学研究 | 第39-40页 |
| 1.6 玉米耐旱性的遗传改良 | 第40-41页 |
| 1.7 关联分析概述 | 第41-42页 |
| 1.7.1 连锁不平衡 | 第41页 |
| 1.7.1.1 连锁不平衡的概念和度量 | 第41页 |
| 1.7.1.2 影响LD水平的因素 | 第41页 |
| 1.7.2 关联分析 | 第41-42页 |
| 1.7.2.1 关联分析的概念 | 第41-42页 |
| 1.7.2.2 LD水平对关联分析的影响 | 第42页 |
| 1.8 关联分析的应用与发展 | 第42-43页 |
| 1.9 本研究的目的和意义 | 第43-44页 |
| 2 材料与方法 | 第44-48页 |
| 2.1 关联分析材料 | 第44页 |
| 2.2 田间种植与干旱处理 | 第44页 |
| 2.2.1 田间种植 | 第44页 |
| 2.2.2 干旱处理 | 第44页 |
| 2.3 农艺性状考察 | 第44-45页 |
| 2.4 SNP基因型分析 | 第45页 |
| 2.4.1 玉米基因组DNA提取 | 第45页 |
| 2.4.2 SNP基因型分型 | 第45页 |
| 2.5 部分SNP以及关联材料的评估 | 第45-46页 |
| 2.6 关联分析 | 第46-47页 |
| 2.6.1 遗传多样性分析 | 第46页 |
| 2.6.2 群体结构分析 | 第46页 |
| 2.6.3 全基因组关联分析 | 第46-47页 |
| 2.7 关联SNP标记与已知抗旱QTL比较分析 | 第47-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-59页 |
| 3.1 不同环境下干旱处理和对照的表型分析 | 第48-49页 |
| 3.2 表型相关分析 | 第49页 |
| 3.3 SNP基因分型 | 第49-51页 |
| 3.4 全基因组关联分析 | 第51-52页 |
| 3.5 关联SNP位点基因的功能分析 | 第52-53页 |
| 3.6 关联标记与已定位QTL比较分析 | 第53-58页 |
| 3.7 候选基因分析 | 第58-59页 |
| 4 讨论 | 第59-64页 |
| 4.1 干旱处理时期及抗旱性指标的选择 | 第59页 |
| 4.2 对MaizeSNP50芯片的评价 | 第59-60页 |
| 4.3 SNP芯片在遗传多样性分析中的应用 | 第60页 |
| 4.4 玉米抗旱性GWAS分析结果的利用价值 | 第60-61页 |
| 4.5 GWAS研究所揭示的玉米抗旱性的复杂性 | 第61页 |
| 4.6 耐旱候选基因的确定 | 第61-64页 |
| 参考文献 | 第64-83页 |
| 附录 | 第83-111页 |
| 附录1 玉米总DNA的提取 | 第83-85页 |
| 附录2 聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第85-87页 |
| 附录3 玉米雄花育性的分级标准 | 第87页 |
| 附录4 PCR产物回收连接克隆测序 | 第87-89页 |
| 附录5 BAC文库杂交显影洗膜 | 第89-90页 |
| 附录6 IBM2 2008 neighbor图谱rf3位点合成引物表 | 第90-93页 |
| 附录7 候选基因列表及其功能注释 | 第93-103页 |
| 附录8 关联分析所用玉米材料编号及系谱 | 第103-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 在读期间发表的论文 | 第112页 |
