| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第14-33页 |
| 1.1 课题目的和意义 | 第14-15页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第14-15页 |
| 1.1.2 研究意义与目的 | 第15页 |
| 1.2 课题相关的生物学背景 | 第15-21页 |
| 1.2.1 固有无序化蛋白质的早期研究 | 第16-18页 |
| 1.2.2 固有无序化蛋白质区域的定义 | 第18-19页 |
| 1.2.3 固有无序化蛋白质区域上氨基酸序列的特性 | 第19页 |
| 1.2.4 固有无序化蛋白质区域的结构和功能 | 第19-21页 |
| 1.2.5 固有无序化蛋白质区域的广泛分布性 | 第21页 |
| 1.3 国内外相关工作研究现状 | 第21-31页 |
| 1.3.1 固有无序化蛋白质区域预测 | 第21-24页 |
| 1.3.2 固有无序化蛋白质的功能标注 | 第24-27页 |
| 1.3.3 固有无序化蛋白质在蛋白质相互作用网络中的作用 | 第27-30页 |
| 1.3.4 固有无序化蛋白质与疾病的研究 | 第30-31页 |
| 1.4 本课题的主要研究内容 | 第31-33页 |
| 第2章 基于潜在变量的贝叶斯决策树模型预测固有无序化蛋白质区域 | 第33-57页 |
| 2.1 引言 | 第33-34页 |
| 2.2 基于潜在变量的贝叶斯决策树 | 第34-45页 |
| 2.2.1 贝叶斯决策树模型 | 第34-35页 |
| 2.2.2 基于潜在变量的贝叶斯决策树模型的构建 | 第35-38页 |
| 2.2.3 基于MH抽样算法的马尔科夫链蒙特卡洛推断树T | 第38-45页 |
| 2.3 模拟数据的结果与分析 | 第45-49页 |
| 2.3.1 模拟样本集合的构建 | 第45页 |
| 2.3.2 先验分布及参数的设定 | 第45-46页 |
| 2.3.3 模拟样本实验结果比较 | 第46-49页 |
| 2.4 实验数据的结果与分析 | 第49-55页 |
| 2.4.1 实验数据的获取 | 第49-50页 |
| 2.4.2 分类属性的选取 | 第50-52页 |
| 2.4.3 参数设置和评价指标 | 第52-53页 |
| 2.4.4 实验结果分析 | 第53-55页 |
| 2.5 本章小结 | 第55-57页 |
| 第3章 完全固有无序化蛋白质的功能标注 | 第57-76页 |
| 3.1 引言 | 第57-58页 |
| 3.2 基于氨基酸残基距离的特征向量 | 第58-62页 |
| 3.2.1 基于近距离相邻氨基酸残基特征 | 第58-59页 |
| 3.2.2 基于远距离相邻氨基酸残基的特征 | 第59-60页 |
| 3.2.3 特征向量的归一化与加权 | 第60-62页 |
| 3.3 功能标注方法的实现 | 第62-68页 |
| 3.3.1 特征相关性分析 | 第62-63页 |
| 3.3.2 潜在语义分析 | 第63-65页 |
| 3.3.3 构造支持向量机分类器 | 第65-67页 |
| 3.3.4 工作框架 | 第67-68页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第68-75页 |
| 3.4.1 实验数据的获取 | 第68-70页 |
| 3.4.2 参数设置与评价指标 | 第70-71页 |
| 3.4.3 实验结果分析 | 第71-74页 |
| 3.4.4 真实数据验证与讨论 | 第74-75页 |
| 3.5 本章小结 | 第75-76页 |
| 第4章 固有无序化蛋白质在人类蛋白质相互作用网络中的作用 | 第76-94页 |
| 4.1 引言 | 第76-77页 |
| 4.2 多源蛋白质相互作用数据统计建模 | 第77-81页 |
| 4.2.1 低通量实验数据 | 第77页 |
| 4.2.2 高通量Y2H实验数据 | 第77-78页 |
| 4.2.3 高通量MPC实验数据 | 第78-80页 |
| 4.2.4 其他物种的实验数据 | 第80-81页 |
| 4.2.5 基于蛋白质信息的预测数据 | 第81页 |
| 4.3 层次贝叶斯模型推断人类蛋白质相互作用网络 | 第81-88页 |
| 4.3.1 蛋白质相互作用网络统计框架 | 第82页 |
| 4.3.2 层次贝叶斯模型的构建 | 第82-85页 |
| 4.3.3 蒙特卡洛期望最大化算法估计模型参数 | 第85-88页 |
| 4.4 实验数据与结果分析 | 第88-93页 |
| 4.4.1 实验数据的获取 | 第88-89页 |
| 4.4.2 高置信度人类蛋白质相互作用网络的构建 | 第89-90页 |
| 4.4.3 固有无序化在网络中的作用分析 | 第90-93页 |
| 4.5 本章小结 | 第93-94页 |
| 第5章 基于固有无序化变化倾向来推断单核苷酸变异与疾病之间的关系 | 第94-107页 |
| 5.1 引言 | 第94页 |
| 5.2 分析流程 | 第94-97页 |
| 5.2.1 蛋白质序列的检索 | 第95-96页 |
| 5.2.2 基因变异到蛋白质变异的映射 | 第96-97页 |
| 5.2.3 评估有序/无序化转变的倾向 | 第97页 |
| 5.3 生物假设的提出和分析 | 第97-100页 |
| 5.3.1 单核苷酸变异导致的固有无序化/有序化转变是有害的 | 第98页 |
| 5.3.2 固有无序化倾向具有上下文相关性 | 第98-99页 |
| 5.3.3 固有无序化变化倾向是评价单核苷酸变异的重要指标 | 第99-100页 |
| 5.4 实验数据与结果分析 | 第100-106页 |
| 5.4.1 实验数据的获取 | 第100页 |
| 5.4.2 实验结果分析和生物假设分析 | 第100-106页 |
| 5.5 本章小结 | 第106-107页 |
| 结论 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-118页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第118-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 个人简历 | 第121页 |
