| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-42页 |
| 1.1 复杂系统 | 第12-21页 |
| 1.1.1 复杂系统的认识 | 第12-13页 |
| 1.1.2 复杂系统的自适应性与敏感性 | 第13-16页 |
| 1.1.3 复杂网络 | 第16-18页 |
| 1.1.4 复杂网络上的Kuramoto模型 | 第18-21页 |
| 1.2 系统生物学 | 第21-39页 |
| 1.2.1 系统生物学简介 | 第21-24页 |
| 1.2.1.1 系统生物学的研究内容 | 第22-23页 |
| 1.2.1.2 系统生物学的研究方法 | 第23-24页 |
| 1.2.2 生物网络 | 第24-34页 |
| 1.2.2.1 生物网络的特性 | 第25-27页 |
| 1.2.2.2 昼夜节律及其网络 | 第27-29页 |
| 1.2.2.3 p53 基因调控网络 | 第29-34页 |
| 1.2.3 生物分子反应的数学模型 | 第34-39页 |
| 1.3 本文的主要研究内容 | 第39-42页 |
| 第二章 基于SCN区域差异的昼夜节律与时差调整 | 第42-60页 |
| 2.1 用相位同步讨论哺乳动物的昼夜节律 | 第42-50页 |
| 2.1.1 问题背景 | 第42-44页 |
| 2.1.2 SCN网络上一个新的Kuramoto模型 | 第44-46页 |
| 2.1.3 SCN振子的相位分析 | 第46-50页 |
| 2.1.4 结论与讨论 | 第50页 |
| 2.2 基于SCN区域异质性的时差调整 | 第50-60页 |
| 2.2.1 问题背景 | 第51-52页 |
| 2.2.2 SCN网络上的时差模型 | 第52-53页 |
| 2.2.3 时差的参数分析 | 第53-57页 |
| 2.2.4 结论与讨论 | 第57-60页 |
| 第三章 P53 的翻译后修饰中的行为分析 | 第60-78页 |
| 3.1 问题背景 | 第60-66页 |
| 3.2 模型与方法 | 第66-69页 |
| 3.2.1 一个简化的p53 调控网络 | 第66-67页 |
| 3.2.2 p53 动力学模型 | 第67-69页 |
| 3.3 结果与分析 | 第69-76页 |
| 3.3.1 DSBs不变情形下p53 的动力学 | 第69-71页 |
| 3.3.2 DSBs修复情形下p53 的动力学 | 第71-75页 |
| 3.3.3 UV照射下p53 的动力学 | 第75-76页 |
| 3.4 结论与讨论 | 第76-78页 |
| 第四章 简单生物模型的适应性和敏感性分析 | 第78-96页 |
| 4.1 动力系统的敏感性与自适应性 | 第78-86页 |
| 4.1.1 问题背景 | 第78-79页 |
| 4.1.2 一般吸引子的敏感性与自适应性 | 第79-81页 |
| 4.1.3 一个简单生物实例分析 | 第81-85页 |
| 4.1.4 结论 | 第85-86页 |
| 4.2 一个生物模型的卷吸行为 | 第86-96页 |
| 4.2.1 问题背景 | 第86页 |
| 4.2.2 基础知识 | 第86-88页 |
| 4.2.3 一个p53 模型的周期行为的卷吸 | 第88-91页 |
| 4.2.4 数值模拟 | 第91-93页 |
| 4.2.5 结论与讨论 | 第93-96页 |
| 第五章 结论与展望 | 第96-98页 |
| 5.1 全文总结 | 第96-97页 |
| 5.2 展望 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-108页 |
| 作者在攻读博士学位期间公开发表的论文 | 第108-110页 |
| 致谢 | 第110页 |