| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-16页 |
| 英文缩略表 | 第16-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-33页 |
| ·梅花鹿概述 | 第17-18页 |
| ·梅花鹿生物学特征 | 第17页 |
| ·梅花鹿亚种及分布 | 第17-18页 |
| ·课题研究背景 | 第18-19页 |
| ·参考基因组 | 第18页 |
| ·SNP 与 SNP 标记 | 第18-19页 |
| ·新一代高通量测序平台及数据 | 第19-23页 |
| ·新一代高通量测序平台 | 第19-22页 |
| ·新一代测序数据及其特点 | 第22-23页 |
| ·传统基因组测序技术与策略 | 第23-24页 |
| ·基于鸟枪法的基因组测序 | 第23页 |
| ·鸟枪法测序的序列组装 | 第23-24页 |
| ·新一代测序技术在全基因组测序中的应用 | 第24-28页 |
| ·全基因组从头测序 | 第25页 |
| ·全基因组重测序 | 第25页 |
| ·新一代基因组测序数据处理及其常用软件 | 第25-28页 |
| ·畜禽基因组及其 SNP 研究现状 | 第28-31页 |
| ·中国梅花鹿基因组研究意义 | 第31页 |
| ·本论文框架 | 第31-33页 |
| 第二章 中国梅花鹿基因组初步组装 | 第33-52页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·试验材料、数据及设备 | 第33-34页 |
| ·试验材料及数据 | 第33-34页 |
| ·试验设备 | 第34页 |
| ·SOLiD 测序数据质量评估和统计 | 第34-37页 |
| ·梅花鹿基因组组装 | 第37-51页 |
| ·梅花鹿基因组组装策略 | 第37-38页 |
| ·全局从头组装 | 第38-39页 |
| ·评估插入长度大小 | 第39-40页 |
| ·鹿参考序列组装 | 第40-42页 |
| ·参考向导局部组装 | 第42-44页 |
| ·共线性局部组装 | 第44-45页 |
| ·评估基因组组装质量 | 第45-48页 |
| ·全局从头组装、参考向导局部组装和共线性局部组装结果 | 第48-49页 |
| ·序列框架组装 | 第49-51页 |
| ·本章小结 | 第51-52页 |
| 第三章 中国梅花鹿基因组初步分析 | 第52-66页 |
| ·引言 | 第52页 |
| ·试验数据及设备 | 第52页 |
| ·试验数据 | 第52页 |
| ·试验设备 | 第52页 |
| ·覆盖率与 GC 含量 | 第52-57页 |
| ·基因组重叠群测序覆盖率及与 GC 含量关系 | 第52-54页 |
| ·基因组不同区域测序覆盖率及与 GC 含量关系 | 第54-55页 |
| ·鹿、牛基因组比较覆盖率及与 GC 含量关系 | 第55-57页 |
| ·微卫星标记 | 第57-58页 |
| ·重复序列 | 第58-59页 |
| ·鹿转录组与基因组比较 | 第59-60页 |
| ·鹿、牛基因组不同区域的微小变异 | 第60-64页 |
| ·鹿、牛基因组不同区域比对统计 | 第61-62页 |
| ·鹿、牛基因组不同区域的 SNP 转换/颠换比率 | 第62页 |
| ·鹿、牛基因组不同区域的 1bp-6bp Indel | 第62-63页 |
| ·鹿、牛基因组不同区域的 SNP 和总 1bp-6bp Indel | 第63页 |
| ·鹿、牛基因组不同区域 SNP 与总 1bp-6bp Indel 的相关关系 | 第63-64页 |
| ·鹿、牛与人、黑猩猩的基因组 SNP 变异数据比较 | 第64页 |
| ·本章小结 | 第64-66页 |
| 第四章 梅花鹿基因组单核苷酸多态性研究 | 第66-80页 |
| ·引言 | 第66页 |
| ·试验数据及设备 | 第66页 |
| ·试验数据 | 第66页 |
| ·试验设备 | 第66页 |
| ·梅花鹿基因组 SNP 位点 | 第66-71页 |
| ·筛选基因组 SNP 位点 | 第66-68页 |
| ·评估基因组 SNP 位点杂合率 | 第68-71页 |
| ·鹿基因组 SNP 位点比较 | 第71-77页 |
| ·梅花鹿基因组 SNP 位点与鹿 SNP 标签数据比较 | 第71-75页 |
| ·梅花鹿基因组 SNP 位点与白尾鹿基因组 SNP 位点比较 | 第75-77页 |
| ·鹿基因组水平系统进化 | 第77-79页 |
| ·本章小节 | 第79-80页 |
| 第五章 梅花鹿线粒体基因组组装及分析 | 第80-84页 |
| ·引言 | 第80页 |
| ·材料和方法 | 第80-81页 |
| ·试验数据 | 第80页 |
| ·试验设备 | 第80页 |
| ·试验方法 | 第80-81页 |
| ·结果与分析 | 第81-82页 |
| ·讨论 | 第82-84页 |
| 第六章 全文总结 | 第84-86页 |
| ·结论 | 第84页 |
| ·创新点 | 第84页 |
| ·有待进一步研究内容 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 作者简历 | 第94页 |
