| 摘要 | 第5-8页 |
| abstract | 第8-11页 |
| 第1章 绪论 | 第17-38页 |
| 1.1 蛋白质组学方法研究概述 | 第17-26页 |
| 1.1.1 蛋白质组学的分离方法 | 第18-20页 |
| 1.1.2 蛋白质组学的鉴定方法 | 第20-21页 |
| 1.1.3 蛋白质组学的定量方法 | 第21-25页 |
| 1.1.4 蛋白质组学的生物信息学技术 | 第25-26页 |
| 1.2 基于蛋白质组学的方法应用 | 第26-30页 |
| 1.2.1 在疾病研究中的应用 | 第26-28页 |
| 1.2.1.1 PD生物标志物的质谱鉴定 | 第26-27页 |
| 1.2.1.2 AD生物标志物的质谱鉴定 | 第27页 |
| 1.2.1.3 其他神经退行性疾病 | 第27-28页 |
| 1.2.1.4 临床诊断分析 | 第28页 |
| 1.2.2 在医药领域中的应用 | 第28-29页 |
| 1.2.2.1 药物及其代谢产物分析 | 第28页 |
| 1.2.2.2 天然产物化学成分分析 | 第28-29页 |
| 1.2.2.3 残留物分析 | 第29页 |
| 1.2.3 在代谢组学中的应用 | 第29-30页 |
| 1.3 色谱保留时间在蛋白质组学研究中的应用 | 第30-36页 |
| 1.3.1 保留时间的预测方法 | 第30-33页 |
| 1.3.2 保留时间的应用 | 第33-36页 |
| 1.4 课题研究思路 | 第36-38页 |
| 第2章 实验部分 | 第38-55页 |
| 2.1 实验材料 | 第38-40页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第38页 |
| 2.1.2 药品试剂 | 第38-39页 |
| 2.1.3 实验仪器耗材 | 第39-40页 |
| 2.2 实验方法 | 第40-55页 |
| 2.2.1 溶液配制 | 第40-41页 |
| 2.2.2 动物实验 | 第41-43页 |
| 2.2.2.1 正常大鼠饲养 | 第41页 |
| 2.2.2.2 PD模型的建立 | 第41页 |
| 2.2.2.3 阿扑吗啡诱导转圈 | 第41-42页 |
| 2.2.2.4 酪氨酸羟化酶免疫组化实验 | 第42页 |
| 2.2.2.5 大鼠重离子辐射 | 第42-43页 |
| 2.2.3 目标肽段优选方法的建立 | 第43-44页 |
| 2.2.4 保留时间预测 | 第44-45页 |
| 2.2.4.1 基于ELUDE的保留时间预测 | 第44页 |
| 2.2.4.2 基于SSRCalc的保留时间预测 | 第44-45页 |
| 2.2.5 保留时间校正方法的建立 | 第45-47页 |
| 2.2.5.1 标准肽段溶液配制 | 第45页 |
| 2.2.5.2 标准肽段的保留时间预测 | 第45页 |
| 2.2.5.3 标准肽段的LC-MS/MS分析 | 第45-46页 |
| 2.2.5.4 数据分析 | 第46页 |
| 2.2.5.5 保留时间校正 | 第46-47页 |
| 2.2.6 校正方法的评价 | 第47-49页 |
| 2.2.6.1 正常大鼠脑组织取材 | 第47页 |
| 2.2.6.2 正常大鼠组织蛋白提取 | 第47页 |
| 2.2.6.3 蛋白浓度测定 | 第47页 |
| 2.2.6.4 样品酶切 | 第47页 |
| 2.2.6.5 固相萃取脱盐 | 第47-48页 |
| 2.2.6.6 HPLC-MS/MS分析 | 第48页 |
| 2.2.6.7 数据分析 | 第48页 |
| 2.2.6.8 肽段保留预测 | 第48页 |
| 2.2.6.9 肽段保留校正 | 第48-49页 |
| 2.2.7 保留时间校正软件的开发 | 第49页 |
| 2.2.8 靶向蛋白质数据库的开发 | 第49页 |
| 2.2.9 基于目标肽段优选和保留时间校正的新策略在标准蛋白样品中的应用研究 | 第49-51页 |
| 2.2.9.1 目标蛋白（肽段）筛选 | 第49页 |
| 2.2.9.2 目标肽段的保留时间预测和校正 | 第49页 |
| 2.2.9.3 肽段样品制备 | 第49页 |
| 2.2.9.4 标准蛋白样品制备 | 第49-50页 |
| 2.2.9.5 HPLC-MS/MS分析 | 第50-51页 |
| 2.2.9.6 数据分析 | 第51页 |
| 2.2.10 基于目标肽段优选和保留时间校正的新策略在PD模型大鼠中的应用研究 | 第51-52页 |
| 2.2.10.1 目标蛋白（肽段）优选 | 第51页 |
| 2.2.10.2 目标肽段的保留时间预测和校正 | 第51页 |
| 2.2.10.3 PD大鼠脑组织取材 | 第51页 |
| 2.2.10.4 PD大鼠组织蛋白提取 | 第51页 |
| 2.2.10.5 蛋白浓度测定 | 第51页 |
| 2.2.10.6 蛋白酶切 | 第51页 |
| 2.2.10.7 固相萃取脱盐 | 第51页 |
| 2.2.10.8 一维强阳离子交换色谱（SCX）分离 | 第51-52页 |
| 2.2.10.9 HPLC-MS/MS分析 | 第52页 |
| 2.2.10.10 数据分析 | 第52页 |
| 2.2.11 基于目标肽段优选和保留时间校正的新策略在空间生物学效应中的应用研究 | 第52-55页 |
| 2.2.11.1 重离子辐射大鼠脑组织取材 | 第52页 |
| 2.2.11.2 重离子辐射大鼠脑组织蛋白提取 | 第52-53页 |
| 2.2.11.3 蛋白浓度测定 | 第53页 |
| 2.2.11.4 蛋白酶切 | 第53页 |
| 2.2.11.5 ~(18)O标记 | 第53页 |
| 2.2.11.6 固相萃取脱盐 | 第53页 |
| 2.2.11.7 一维高pH反相液相色谱分离 | 第53页 |
| 2.2.11.8 HPLC-MS/MS分析 | 第53-54页 |
| 2.2.11.9 数据分析 | 第54页 |
| 2.2.11.10 目标蛋白（肽段）优选 | 第54页 |
| 2.2.11.11 目标肽段的保留时间预测和校正 | 第54-55页 |
| 第3章 结果与讨论 | 第55-115页 |
| 3.1 目标蛋白（肽段）的筛选 | 第55-62页 |
| 3.1.1 特异性肽段 | 第56页 |
| 3.1.2 离子化效率 | 第56-58页 |
| 3.1.3 其他因素 | 第58-62页 |
| 3.2 色谱保留时间预测和校正方法的评价 | 第62-83页 |
| 3.2.1 基于标准肽段的校正算法的实现 | 第66-70页 |
| 3.2.2 校正模式的选择 | 第70-72页 |
| 3.2.3 校正方法的评价 | 第72-83页 |
| 3.2.3.1 整体评价 | 第73-76页 |
| 3.2.3.2 区间评价 | 第76-80页 |
| 3.2.3.3 不同分离系统评价 | 第80-83页 |
| 3.3 基于新策略的功能软件的设计与开发 | 第83-93页 |
| 3.3.1 基于标准肽段区间校正的保留时间校正软件设计与开发 | 第83-87页 |
| 3.3.1.1 需求分析 | 第83页 |
| 3.3.1.2 设计与实现 | 第83-87页 |
| 3.3.2 基于靶向驱动的蛋白质组学目标蛋白（肽段）数据库 | 第87-93页 |
| 3.3.2.1 需求分析 | 第87-88页 |
| 3.3.2.2 设计与实现 | 第88-93页 |
| 3.4 基于目标肽段优选和保留时间校正的新策略在简单样体系中的应用 | 第93-96页 |
| 3.4.1 肽段混合物体系 | 第94页 |
| 3.4.2 标准蛋白混合物体系 | 第94-96页 |
| 3.5 基于目标肽段优选和保留时间校正的新策略在PD大鼠模型中的应用 | 第96-110页 |
| 3.5.1 PD大鼠模型的评价 | 第96页 |
| 3.5.1.1 行为学观察 | 第96页 |
| 3.5.1.2 脑组织形态学观察 | 第96页 |
| 3.5.2 基于通路驱动的蛋白质组学分析 | 第96-104页 |
| 3.5.3 基于细胞器驱动的蛋白质组学分析 | 第104-110页 |
| 3.6 基于空间环境生物学效应的蛋白质组学分析 | 第110-115页 |
| 3.6.1 基于无目标驱动的~(18)O标记的蛋白质组学分析 | 第110-112页 |
| 3.6.2 基于新策略的蛋白质组学分析 | 第112-115页 |
| 结论 | 第115-117页 |
| 参考文献 | 第117-137页 |
| 攻读学位期间发表论文清单 | 第137-139页 |
| 致谢 | 第139-140页 |
