| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-29页 |
| 1.1 青蛤的研究背景 | 第12-15页 |
| 1.1.1 青蛤概述 | 第12页 |
| 1.1.2 青蛤的养殖现状 | 第12-13页 |
| 1.1.3 病原菌侵染与青蛤病害 | 第13-14页 |
| 1.1.4 贝类免疫相关研究背景 | 第14-15页 |
| 1.1.4.1 贝类转录组测序的研究背景 | 第14页 |
| 1.1.4.2 贝类的免疫防御机制及相关免疫因子的研究 | 第14-15页 |
| 1.2 转录组、转录组学及其研究方法 | 第15-20页 |
| 1.2.1 转录组与转录组学 | 第15-16页 |
| 1.2.2 转录组研究的重要性 | 第16-17页 |
| 1.2.3 转录组研究的主要技术 | 第17-20页 |
| 1.3 测序技术研究进展 | 第20-26页 |
| 1.3.1 第一代测序技术 | 第20-21页 |
| 1.3.2 第二代高通量测序技术 | 第21页 |
| 1.3.3 常见的高通量测序平台 | 第21-25页 |
| 1.3.4 第三代测序技术 | 第25-26页 |
| 1.4 转录组Miseq测序技术 | 第26页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第26-27页 |
| 1.6 本研究的创新点 | 第27-28页 |
| 1.7 本研究的技术路线 | 第28-29页 |
| 第二章 青蛤转录组文库的构建及序列测定 | 第29-44页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-30页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第29页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第29页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第29页 |
| 2.1.4 培养基和试剂的配置 | 第29-30页 |
| 2.2. 实验方法 | 第30-35页 |
| 2.2.1 鳗弧菌及藤黄微球菌菌液的制备 | 第30页 |
| 2.2.2 青蛤暂养与鳗弧菌及藤黄微球菌侵染实验 | 第30-31页 |
| 2.2.3 总RNA的提取 | 第31-32页 |
| 2.2.4 mRNA的纯化 | 第32页 |
| 2.2.5 转录组文库的构建 | 第32-35页 |
| 2.3 实验结果 | 第35-42页 |
| 2.3.1 青蛤总RNA提取和鉴定 | 第35-36页 |
| 2.3.2 文库的浓度检测 | 第36-37页 |
| 2.3.3 Agilent 2100 Bioanalyzer文库检测 | 第37页 |
| 2.3.4 测序 | 第37-42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-44页 |
| 第三章 青蛤转录组序列的高级分析 | 第44-75页 |
| 3.1 实验方法 | 第45-50页 |
| 3.1.1 De novo RNA转录组整体分析流程 | 第45页 |
| 3.1.2 测序原始数据质量控制 | 第45-46页 |
| 3.1.2.1 原始数据(raw data)的预处理 | 第45-46页 |
| 3.1.2.2 数据过滤 | 第46页 |
| 3.1.2.3 测序数据量统计一 | 第46页 |
| 3.1.3 转录组测序数据的组装拼接(Transcriptome Assembly Analysis) | 第46-47页 |
| 3.1.4 Unigene编码蛋白框ORF预测分析 | 第47-48页 |
| 3.1.5 蛋白数据库比对 | 第48页 |
| 3.1.6 Unigene GO注释分析 | 第48-49页 |
| 3.1.7 Unigene Pathway生物通路注释 | 第49页 |
| 3.1.8 Unigene表达量分析 | 第49-50页 |
| 3.2 实验结果 | 第50-70页 |
| 3.2.1 测序数据量统计 | 第50-51页 |
| 3.2.2 转录组测序数据的组装拼接效果基本统计 | 第51页 |
| 3.2.3 Unigene拼接序列高级统计 | 第51-56页 |
| 3.2.4 ORF数目与长度统计 | 第56页 |
| 3.2.5 Unigene NR数据库比对分析 | 第56-59页 |
| 3.2.6 Unigene Uniprot数据库比对分析 | 第59-63页 |
| 3.2.7 Unigne GO注释分析 | 第63-65页 |
| 3.2.8 Pathway通路包含Unigene总量以及免疫相关基因数目统计 | 第65-67页 |
| 3.2.9 Unigene差异表达分析 | 第67-70页 |
| 3.3 讨论 | 第70-75页 |
| 第四章 青蛤Toll 2及Toll通路信号分子MyD88 cDNA序列分析 | 第75-87页 |
| 4.1 青蛤Toll 2基因的分析 | 第76-81页 |
| 4.1.1 青蛤Toll 2基因的序列分析 | 第76-79页 |
| 4.1.2 青蛤Toll 2基因空间结构预测 | 第79页 |
| 4.1.3 青蛤Toll 2基因的系统学分析 | 第79-81页 |
| 4.2 青蛤MyD88基因的分析 | 第81-85页 |
| 4.2.1 青蛤MyD88基因的序列分析 | 第81-83页 |
| 4.2.2 青蛤MyD88基因空间结构预测 | 第83-84页 |
| 4.2.3 青蛤MyD88基因的系统学分析 | 第84-85页 |
| 4.3 讨论 | 第85-87页 |
| 第五章 结论 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-96页 |
| 附录 | 第96-97页 |
| 致谢 | 第97页 |
