| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-25页 |
| 1.1 合成生物学与最小基因组 | 第8-9页 |
| 1.1.1 合成生物学的发展与面临的问题 | 第8页 |
| 1.1.2 最小基因组（minimal genome）的提出 | 第8-9页 |
| 1.2 基因组最小化 | 第9-16页 |
| 1.2.1 基因必须性的预测及确定 | 第9-10页 |
| 1.2.2 基因组最小化的研究策略 | 第10页 |
| 1.2.3 基因组最小化的研究方法 | 第10-16页 |
| 1.3 基因组最小化研究现状 | 第16-17页 |
| 1.4 主要模式菌株的基因组最小化应用研究进展 | 第17-22页 |
| 1.4.1 大肠杆菌 | 第17-19页 |
| 1.4.2 枯草芽孢杆菌 | 第19-21页 |
| 1.4.3 谷氨酸棒杆菌 | 第21页 |
| 1.4.4 其它微生物 | 第21-22页 |
| 1.5 枯草芽孢杆菌作为最小基因组的宿主菌株 | 第22-23页 |
| 1.5.1 枯草芽孢杆菌特性 | 第22页 |
| 1.5.2 枯草芽孢杆菌的 marker-free 基因改造策略 | 第22-23页 |
| 1.6 核黄素及其生产菌株 | 第23页 |
| 1.7 本课题的选题背景与研究内容 | 第23-25页 |
| 1.7.1 选题背景 | 第23-24页 |
| 1.7.2 研究内容 | 第24-25页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第25-41页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-32页 |
| 2.1.1 实验菌种和质粒 | 第25-26页 |
| 2.1.2 实验主要仪器 | 第26-27页 |
| 2.1.3 实验药品 | 第27-29页 |
| 2.1.4 实验主要溶液 | 第29-30页 |
| 2.1.5 实验用到的培养基 | 第30-32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-41页 |
| 2.2.1 CaCl_2法-大肠杆菌感受态细胞的制备与转化 | 第32-33页 |
| 2.2.2 大肠杆菌质粒的提取 | 第33页 |
| 2.2.3 基因组 DNA 提取 | 第33-34页 |
| 2.2.4 DNA 片段的回收纯化 | 第34-35页 |
| 2.2.5 PCR 扩增体系 | 第35-36页 |
| 2.2.6 DNA 的酶切体系 | 第36页 |
| 2.2.7 DNA 片段的酶连体系 | 第36-37页 |
| 2.2.8 琼脂糖凝胶电泳 | 第37页 |
| 2.2.9 枯草芽孢杆菌的 Spizzen 转化 | 第37页 |
| 2.2.10 菌落 PCR 验证重组质粒的转化 | 第37-38页 |
| 2.2.11 生长曲线的测定 | 第38-39页 |
| 2.2.12 发酵液中各物质含量的测定 | 第39页 |
| 2.2.13 引物 | 第39页 |
| 2.2.14 marker-free 基因操作方法 | 第39-41页 |
| 第三章 实验结果与讨论 | 第41-73页 |
| 3.1 B.subtilis 的基因组简化策略 | 第41页 |
| 3.2 skin 区基因的敲除 | 第41-55页 |
| 3.2.1 skin 区 yqbn-yqbk 基因的无痕敲除 | 第42-46页 |
| 3.2.2 skin 区 yqbP-yqbC 基因的无痕敲除 | 第46-50页 |
| 3.2.3 skin 区 svcB-spoIIIC 基因的无痕敲除 | 第50-55页 |
| 3.3 pks 区基因的敲除 | 第55-61页 |
| 3.3.1 pks 区 pksB-pksL 基因的无痕敲除 | 第55-58页 |
| 3.3.2 pks 区 pksB- pksR 基因的无痕敲除 | 第58-61页 |
| 3.4 skin 区以 168RibC+Δpks2 为出发菌株 | 第61-64页 |
| 3.4.1 skin 区 svcB-yqcF 基因的无痕敲除 | 第61-63页 |
| 3.4.2 skin 区 svcB-spoIIIC 基因的无痕敲除 | 第63-64页 |
| 3.5 prophages3 区基因的无痕敲除 | 第64-66页 |
| 3.5.1 prophages3 区基因上下游同源臂的扩增 | 第64-65页 |
| 3.5.2 敲除质粒的构建过程 | 第65页 |
| 3.5.3 Spizizen 转化得到目的基因敲除菌株 | 第65-66页 |
| 3.6 SPβ区部分基因的无痕敲除 | 第66-70页 |
| 3.6.1 SPβ区 yotM-yoqA 基因的无痕敲除 | 第66-68页 |
| 3.6.2 SPβ区 yotM-yomR 基因的无痕敲除 | 第68-70页 |
| 3.7 基因组简化菌株的生理表征 | 第70-73页 |
| 第四章 结论与展望 | 第73-76页 |
| 4.1 实验主要结论 | 第73-74页 |
| 4.2 展望 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第82-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
