| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第11-23页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第11-12页 |
| 1.2 木糖发酵重组酵母的研究 | 第12-15页 |
| 1.2.1 木糖代谢的研究 | 第12-13页 |
| 1.2.2 木糖发酵酵母代谢工程的研究 | 第13-14页 |
| 1.2.3 原生质体融合和基因组重排 | 第14-15页 |
| 1.3 转录组研究进展 | 第15-18页 |
| 1.3.1 转录组研究的基本方法 | 第15-16页 |
| 1.3.2 前沿的转录组测序研究 | 第16-18页 |
| 1.4 生物信息学分析及其相关应用 | 第18-21页 |
| 1.4.1 依赖参考基因组的转录组的比对分析及应用 | 第19-20页 |
| 1.4.2 无参考基因组的组装及分析 | 第20-21页 |
| 1.5 研究目的及意义 | 第21-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-29页 |
| 2.1 菌种 | 第23页 |
| 2.2 RNA提取与测序 | 第23-24页 |
| 2.2.1 发酵培养基 | 第23页 |
| 2.2.2 重排酵母RNA抽提步骤 | 第23页 |
| 2.2.3 mRNA建库与测序 | 第23-24页 |
| 2.3 技术路线 | 第24-25页 |
| 2.4 转录组的组装 | 第25-26页 |
| 2.4.1 数据预处理 | 第25页 |
| 2.4.2 转录组数据组装 | 第25-26页 |
| 2.5 Unigenes功能注释 | 第26-27页 |
| 2.6 基因差异表达分析 | 第27-28页 |
| 2.7 重排酵母转录本序列特征分析 | 第28-29页 |
| 2.7.1 重排转录本序列分析 | 第28页 |
| 2.7.2 简单重复序列的搜索 | 第28-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-45页 |
| 3.1 转录组测序与组装 | 第29-31页 |
| 3.2 转录组功能注释 | 第31-32页 |
| 3.3 COG分类 | 第32-34页 |
| 3.4 GO分类 | 第34-35页 |
| 3.5 KEGG代谢通路分析 | 第35-36页 |
| 3.6 差异表达分析 | 第36-39页 |
| 3.7 木糖代谢途径的分析 | 第39-41页 |
| 3.8 转录本的特征分析 | 第41-42页 |
| 3.9 SSR分析 | 第42-45页 |
| 4 结论与讨论 | 第45-48页 |
| 4.1 结论 | 第45页 |
| 4.2 讨论 | 第45-48页 |
| 4.2.1 基因组重排方法 | 第45-46页 |
| 4.2.2 差异表达分析 | 第46页 |
| 4.2.3 木糖代谢途径的表达 | 第46-47页 |
| 4.2.4 创新性 | 第47页 |
| 4.2.5 不足与展望 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-53页 |
| 附录 | 第53-56页 |
| 致谢 | 第56页 |