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水稻代谢组学的生物信息学分析及遗传基础的研究

中文摘要第7-9页
ABSTRACT第9-10页
缩略词表第11-12页
1 前言第12-33页
    1.1 植物代谢组学第12-18页
        1.1.1 植物代谢组学的概念第12-14页
        1.1.2 植物代谢组学的发展第14页
        1.1.3 植物代谢组的检测技术第14-16页
        1.1.4 植物代谢组学的重要性第16-18页
    1.2 生物信息学及其在植物代谢组学的应用第18-25页
        1.2.1 生物信息学的概念第18-20页
        1.2.2 生物信息学在植物组学研究的作用第20-22页
        1.2.3 生物信息学在植物代谢组学的应用第22-25页
    1.3 植物代谢组学的全基因组关联分析第25-32页
        1.3.1 全基因组关联分析第25-27页
        1.3.2 全基因组关联分析的特点第27-29页
        1.3.3 水稻代谢组学的全基因组关联分析第29-30页
        1.3.4 水稻m GWAS对功能基因组学的应用第30-32页
    1.4 本研究的目的和意义第32-33页
2 材料与方法第33-42页
    2.1 水稻材料来源和样品准备第33-34页
        2.1.1 水稻材料来源第33页
        2.1.2 水稻群体叶片部位样品的准备第33页
        2.1.3 水稻群体种子部位样品的准备第33-34页
    2.2 化学试剂第34页
    2.3 样品提取第34-35页
    2.4 代谢数据的处理第35页
    2.5 农艺性状的表型测量第35-36页
    2.6 用于叶片代谢数据分析的生物信息方法第36-37页
        2.6.1 统计分析第36页
        2.6.2 水稻群体结构的分析第36-37页
    2.7 用于种子代谢数据分析的生物信息方法第37-38页
        2.7.1 统计分析第37页
        2.7.2 GGM计算第37-38页
        2.7.3 共表达分析第38页
        2.7.4 不同基因家族的进化树分析第38页
    2.8 全基因组关联分析第38-39页
    2.9 m GWAS热点统计第39页
    2.10 同源位点的共定位分析第39-40页
    2.11 m GWAS与p GWAS的并行分析第40页
    2.12 载体构建与转化第40页
    2.13 体外表达及体外反应实验第40-41页
    2.14 基因表达量分析第41-42页
3 结果与分析第42-99页
    3.1 水稻代谢组的基础研究第42-58页
        3.1.1 水稻代谢物在群体中的自然变异第42-51页
        3.1.2 水稻代谢物的相关性分析第51-55页
        3.1.3 水稻叶片与种子之间的代谢分析第55-58页
    3.2 水稻代谢组的全基因组关联分析第58-67页
        3.2.1 水稻种子代谢全基因组关联分析统计第58-63页
        3.2.2 水稻叶片与种子代谢遗传基础的比较第63-67页
    3.3 基于m GWAS的水稻功能基因组学的研究第67-89页
        3.3.1 水稻代谢相关的候选基因的鉴定第67-75页
        3.3.2 物种间比较m GWAS方法的应用第75-82页
        3.3.3 水稻代谢物的鉴定第82-89页
    3.4 水稻农艺性状与代谢性状的遗传关系第89-99页
        3.4.1 农艺性状的全基因组关联分析第89-93页
        3.4.2 农艺性状与代谢性状GWAS比较分析第93-99页
4 讨论第99-106页
    4.1 利用生物信息学来促进水稻代谢组的基础研究第99-100页
    4.2 水稻m GWAS分析的探讨第100-102页
    4.3 生物信息学对功能基因组学研究的重要性第102-104页
        4.3.1 结合其他组学以促进代谢相关基因的鉴定第102-103页
        4.3.2 水稻与玉米m GWAS的比较第103页
        4.3.3 生物信息学可以促进代谢物的鉴定第103-104页
    4.4 代谢与农艺性状GWAS的共定位第104-106页
5 参考文献第106-119页
附录第119-125页
    附录Ⅰ:部分实验的详细操作程序第119-120页
    附录Ⅱ:本研究所用的引物列表第120-121页
    附录III:自然品种中粳稻与籼稻之间类黄酮含量比较第121-123页
    附录Ⅳ:作者简介第123-125页
        个人简介第123页
        在读期间发表论文第123-125页
致谢第125-127页

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