中文摘要 | 第7-9页 |
ABSTRACT | 第9-10页 |
缩略词表 | 第11-12页 |
1 前言 | 第12-33页 |
1.1 植物代谢组学 | 第12-18页 |
1.1.1 植物代谢组学的概念 | 第12-14页 |
1.1.2 植物代谢组学的发展 | 第14页 |
1.1.3 植物代谢组的检测技术 | 第14-16页 |
1.1.4 植物代谢组学的重要性 | 第16-18页 |
1.2 生物信息学及其在植物代谢组学的应用 | 第18-25页 |
1.2.1 生物信息学的概念 | 第18-20页 |
1.2.2 生物信息学在植物组学研究的作用 | 第20-22页 |
1.2.3 生物信息学在植物代谢组学的应用 | 第22-25页 |
1.3 植物代谢组学的全基因组关联分析 | 第25-32页 |
1.3.1 全基因组关联分析 | 第25-27页 |
1.3.2 全基因组关联分析的特点 | 第27-29页 |
1.3.3 水稻代谢组学的全基因组关联分析 | 第29-30页 |
1.3.4 水稻m GWAS对功能基因组学的应用 | 第30-32页 |
1.4 本研究的目的和意义 | 第32-33页 |
2 材料与方法 | 第33-42页 |
2.1 水稻材料来源和样品准备 | 第33-34页 |
2.1.1 水稻材料来源 | 第33页 |
2.1.2 水稻群体叶片部位样品的准备 | 第33页 |
2.1.3 水稻群体种子部位样品的准备 | 第33-34页 |
2.2 化学试剂 | 第34页 |
2.3 样品提取 | 第34-35页 |
2.4 代谢数据的处理 | 第35页 |
2.5 农艺性状的表型测量 | 第35-36页 |
2.6 用于叶片代谢数据分析的生物信息方法 | 第36-37页 |
2.6.1 统计分析 | 第36页 |
2.6.2 水稻群体结构的分析 | 第36-37页 |
2.7 用于种子代谢数据分析的生物信息方法 | 第37-38页 |
2.7.1 统计分析 | 第37页 |
2.7.2 GGM计算 | 第37-38页 |
2.7.3 共表达分析 | 第38页 |
2.7.4 不同基因家族的进化树分析 | 第38页 |
2.8 全基因组关联分析 | 第38-39页 |
2.9 m GWAS热点统计 | 第39页 |
2.10 同源位点的共定位分析 | 第39-40页 |
2.11 m GWAS与p GWAS的并行分析 | 第40页 |
2.12 载体构建与转化 | 第40页 |
2.13 体外表达及体外反应实验 | 第40-41页 |
2.14 基因表达量分析 | 第41-42页 |
3 结果与分析 | 第42-99页 |
3.1 水稻代谢组的基础研究 | 第42-58页 |
3.1.1 水稻代谢物在群体中的自然变异 | 第42-51页 |
3.1.2 水稻代谢物的相关性分析 | 第51-55页 |
3.1.3 水稻叶片与种子之间的代谢分析 | 第55-58页 |
3.2 水稻代谢组的全基因组关联分析 | 第58-67页 |
3.2.1 水稻种子代谢全基因组关联分析统计 | 第58-63页 |
3.2.2 水稻叶片与种子代谢遗传基础的比较 | 第63-67页 |
3.3 基于m GWAS的水稻功能基因组学的研究 | 第67-89页 |
3.3.1 水稻代谢相关的候选基因的鉴定 | 第67-75页 |
3.3.2 物种间比较m GWAS方法的应用 | 第75-82页 |
3.3.3 水稻代谢物的鉴定 | 第82-89页 |
3.4 水稻农艺性状与代谢性状的遗传关系 | 第89-99页 |
3.4.1 农艺性状的全基因组关联分析 | 第89-93页 |
3.4.2 农艺性状与代谢性状GWAS比较分析 | 第93-99页 |
4 讨论 | 第99-106页 |
4.1 利用生物信息学来促进水稻代谢组的基础研究 | 第99-100页 |
4.2 水稻m GWAS分析的探讨 | 第100-102页 |
4.3 生物信息学对功能基因组学研究的重要性 | 第102-104页 |
4.3.1 结合其他组学以促进代谢相关基因的鉴定 | 第102-103页 |
4.3.2 水稻与玉米m GWAS的比较 | 第103页 |
4.3.3 生物信息学可以促进代谢物的鉴定 | 第103-104页 |
4.4 代谢与农艺性状GWAS的共定位 | 第104-106页 |
5 参考文献 | 第106-119页 |
附录 | 第119-125页 |
附录Ⅰ:部分实验的详细操作程序 | 第119-120页 |
附录Ⅱ:本研究所用的引物列表 | 第120-121页 |
附录III:自然品种中粳稻与籼稻之间类黄酮含量比较 | 第121-123页 |
附录Ⅳ:作者简介 | 第123-125页 |
个人简介 | 第123页 |
在读期间发表论文 | 第123-125页 |
致谢 | 第125-127页 |