| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 缩略词 | 第10-14页 |
| 1 前言 | 第14-36页 |
| 1.1 高等植物与CMS | 第14页 |
| 1.2 高等植物CMS研究的相关策略 | 第14-15页 |
| 1.3 单分子实时测序技术在基因组研究中的应用 | 第15-18页 |
| 1.3.1 实时单分子测序技术的原理 | 第16-17页 |
| 1.3.2 SMRT测序的特点 | 第17页 |
| 1.3.3 SMRT测序技术的应用 | 第17-18页 |
| 1.4 高等植物线粒体与CMS | 第18-34页 |
| 1.4.1 高等植物线粒体基因组的研究 | 第18-19页 |
| 1.4.2 高等植物线粒体基因的结构 | 第19-23页 |
| 1.4.3 高等植物线粒体基因的组成 | 第23页 |
| 1.4.4 高等植物线粒体与CMS | 第23-30页 |
| 1.4.5 高等植物CMS作用的分子机制 | 第30-32页 |
| 1.4.6 高等植物CMS育性恢复研究 | 第32-34页 |
| 1.5 红麻细胞CMS机理研究进展 | 第34-35页 |
| 1.6 本研究的目的意义 | 第35-36页 |
| 2 红麻UG93B线粒体全基因组测序和完成图构建 | 第36-57页 |
| 2.1 材料与方法 | 第36-45页 |
| 2.1.1 研究材料 | 第36页 |
| 2.1.2 仪器和试剂 | 第36-39页 |
| 2.1.3 红麻线粒体DNA(mtDNA)的提取 | 第39-41页 |
| 2.1.4 红麻UG93B线粒体全基因组文库的构建与测序 | 第41页 |
| 2.1.5 红麻UG93B线粒体基因组数据的预处理 | 第41-42页 |
| 2.1.6 红麻UG93B线粒体全基因组的序列组装 | 第42-44页 |
| 2.1.7 红麻UG93B线粒体全基因组基因注释及功能分析 | 第44页 |
| 2.1.8 红麻UG93B线粒体基因组重复序列预测 | 第44-45页 |
| 2.2 结果与分析 | 第45-55页 |
| 2.2.1 红麻UG93B mtDNA提取结果和mtDNA样品质量检测 | 第45-46页 |
| 2.2.2 红麻UG93B线粒体基因组测序数据统计和质量分析 | 第46-48页 |
| 2.2.3 红麻UG93B线粒体DNA的序列组装 | 第48-50页 |
| 2.2.4 红麻UG93B线粒体DNA的基因预测和功能分析 | 第50-52页 |
| 2.2.5 红麻UG93B线粒体DNA的重复序列分析 | 第52-55页 |
| 2.3 讨论 | 第55-57页 |
| 2.3.1 红麻线粒体全基因组测序 | 第55页 |
| 2.3.2 红麻线粒体基因组的基因分析 | 第55-57页 |
| 3 红麻UG93A线粒体基因组重测序及其序列分析 | 第57-66页 |
| 3.1 材料与方法 | 第57-59页 |
| 3.1.1 研究材料 | 第57页 |
| 3.1.2 仪器和试剂 | 第57-58页 |
| 3.1.3 研究方法 | 第58页 |
| 3.1.4 红麻UG93A线粒体DNA的提取和质量鉴定 | 第58页 |
| 3.1.5 红麻UG93A线粒体基因组文库构建与重测序 | 第58-59页 |
| 3.1.6 重测序数据的比较基因组分析 | 第59页 |
| 3.2 结果与分析 | 第59-64页 |
| 3.2.1 红麻UG93A线粒体基因组的提取和质量检测 | 第59页 |
| 3.2.2 红麻UG93A线粒体重测序的生物信息学分析 | 第59-64页 |
| 3.3 讨论 | 第64-66页 |
| 3.3.1 红麻UG93A线粒体基因组的变异特点 | 第64页 |
| 3.3.2 红麻UG93A线粒体基因组的结构特点 | 第64-66页 |
| 4 红麻线粒体基因转录本研究 | 第66-79页 |
| 4.1 材料和方法 | 第66-75页 |
| 4.1.1 研究材料 | 第66页 |
| 4.1.2 主要的实验仪器和试剂 | 第66-67页 |
| 4.1.3 Northern Blot探针引物序列设计与合成 | 第67-68页 |
| 4.1.4 Northern Blot探针的制备 | 第68-69页 |
| 4.1.5 红麻总花药RNA的提取 | 第69页 |
| 4.1.6 红麻线粒体基因Northern Blot分析 | 第69-75页 |
| 4.2 结果与分析 | 第75-77页 |
| 4.2.1 红麻花药总RNA的提取 | 第75页 |
| 4.2.2 红麻线粒体基因转录本表达分析 | 第75-77页 |
| 4.3 讨论 | 第77-79页 |
| 4.3.1 线粒体全基因组比较研究的基本策略 | 第77页 |
| 4.3.2 不同胞质中红麻线粒体基因的差异表达 | 第77-78页 |
| 4.3.3 与红麻CMS相关基因的转录特征 | 第78-79页 |
| 5 红麻不同胞质atp8基因的比较分析及细胞质雄性不育分子标记的开发 | 第79-99页 |
| 5.1 材料和方法 | 第79-91页 |
| 5.1.1 研究材料 | 第79页 |
| 5.1.2 主要仪器和试剂 | 第79-81页 |
| 5.1.3 红麻总DNA的提取 | 第81-82页 |
| 5.1.4 红麻花药总RNA的提取 | 第82-83页 |
| 5.1.5 cDNA的合成 | 第83-84页 |
| 5.1.6 基因的扩増 | 第84-85页 |
| 5.1.7 目的片段回收克隆与测序 | 第85-88页 |
| 5.1.8 Real Time荧光定量分析 | 第88-89页 |
| 5.1.9 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析 | 第89-91页 |
| 5.2 结果与分析 | 第91-97页 |
| 5.2.1 红麻总DNA和总RNA的提取 | 第91-92页 |
| 5.2.2 红麻不育胞质和可育胞质atp8 3’端侧翼序列的分析 | 第92-94页 |
| 5.2.3 atp8在不育胞质和可育胞质相对表达分析 | 第94-96页 |
| 5.2.4 与红麻雄性不育胞质相关的分子标记开发 | 第96-97页 |
| 5.3 讨论 | 第97-99页 |
| 5.3.1 红麻atp8及其3’侧翼序列在不同胞质中的特征 | 第97页 |
| 5.3.2 红麻MSC分子标记的应用 | 第97-99页 |
| 6 全文结论与讨论 | 第99-102页 |
| 6.1 主要结论 | 第99-100页 |
| 6.2 本研究的创新点 | 第100页 |
| 6.3 问题与展望 | 第100-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-117页 |
| 附录 | 第117-126页 |
| 研究生期间科研、学术活动、论文发表和专利发明情况 | 第126-127页 |
