| 第一章 绪论 | 第10-36页 |
| §1.1 引言 | 第10-12页 |
| §1.2 分子生物学概论 | 第12-18页 |
| §1.2.1 核酸、蛋白质和遗传信息 | 第12-15页 |
| §1.2.2 中心法则、遗传密码和变异 | 第15-17页 |
| §1.2.3 系统发育分析 | 第17-18页 |
| §1.3 序列比对方法及多序列比对算法研究进展 | 第18-31页 |
| §1.3.1 渐进比对(Progressive alignment)算法 | 第21-27页 |
| §1.3.2 迭代比对算法(Iterative alignment) | 第27-31页 |
| §1.4 国内研究现状 | 第31-32页 |
| §1.5 本文主要研究内容及组织方式 | 第32-36页 |
| 第二章 迭代渐进多序列比对算法IPMSA | 第36-56页 |
| §2.1 概述 | 第36-41页 |
| §2.2 ClustalW算法的优缺点 | 第41-44页 |
| §2.3 一个新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA | 第44-46页 |
| §2.4 多序列比对算法评价基准数据集BAliBASE以及评价标准 | 第46-49页 |
| §2.4.1 多序列比对算法评价基准数据集BAliBASE | 第46-48页 |
| §2.4.2 多序列比对算法评价标准SPS、CS | 第48-49页 |
| §2.4.3 统计有效性(Statistical validation) | 第49页 |
| §2.5 与其它比对算法的比较研究 | 第49-51页 |
| §2.6 在lidy上的应用 | 第51-54页 |
| §2.7 本章小结 | 第54-56页 |
| 第三章 基于信息差异度量的多序列比对算法MASID | 第56-72页 |
| §3.1 引言 | 第56-57页 |
| §3.2 信息差异度量方法 | 第57-63页 |
| §3.2.1 完全信息集CIS | 第57-58页 |
| §3.2.2 FDOD函数 | 第58-61页 |
| §3.2.3 蛋白质序列、比对序列的完全信息集以及FDOD函数在距离计算中的应用 | 第61-63页 |
| §3.3 MSAID算法 | 第63-65页 |
| §3.4 和其他多序列比对算法的比较研究 | 第65-66页 |
| §3.5 比较结果 | 第66-69页 |
| §3.5.1 MSAID-1与ClustalW的比较 | 第66页 |
| §3.5.2 与类似的迭代渐进比对算法的比较 | 第66-67页 |
| §3.5.3 与其他多序列比对方法的比较 | 第67-68页 |
| §3.5.4 FDOD度量的有效性 | 第68-69页 |
| §3.6 应用到1r69 | 第69-71页 |
| §3.7 本章小结 | 第71-72页 |
| 第四章 重构全基因组系统发育树方法FNJ | 第72-86页 |
| §4.1 概述 | 第72-74页 |
| §4.2 构建系统发育树的方法 | 第74-77页 |
| §4.3 DNA序列之间距离的一种度量 | 第77-81页 |
| §4.4 基于信息差异度量重构全基因组系统发育树方法FNJ | 第81-82页 |
| §4.5 FNJ方法在SARS冠状病毒与其他冠状病毒种系进化分析中的应用 | 第82-84页 |
| §4.6 本章小结 | 第84-86页 |
| 第五章 生物信息学多序列比对算法研究系统 | 第86-94页 |
| §5.1 系统目标及功能 | 第86-87页 |
| §5.2 系统功能模块划分 | 第87-93页 |
| §5.2.1 序列文件管理 | 第88-89页 |
| §5.2.2 序列比对算法选择 | 第89-90页 |
| §5.2.3 基于BAliBASE的算法评估 | 第90-91页 |
| §5.2.4 重构系统发育树 | 第91-92页 |
| §5.2.5 其他辅助功能 | 第92-93页 |
| §5.3 本章小结 | 第93-94页 |
| 第六章 结论与展望 | 第94-97页 |
| 参考文献： | 第97-109页 |
| 作者攻读博士学位期间参加的科研项目和发表的学术论文 | 第109-110页 |
| 学位论文创新点摘要 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 大连理工大学学位论文版权使用授权书 | 第112页 |
