| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-18页 |
| 1.1 CRISPR-Cas系统的发现 | 第11-12页 |
| 1.2 CRISPR-Cas系统的研究现状 | 第12-16页 |
| 1.2.1 一类CRISPR-Cas系统 | 第12-15页 |
| 1.2.2 二类CRISPR-Cas系统 | 第15-16页 |
| 1.3 本论文的工作 | 第16-18页 |
| 第二章 Cas蛋白识别和功能域注释网站的构建 | 第18-27页 |
| 2.1 引言 | 第18-19页 |
| 2.2 材料和方法 | 第19-20页 |
| 2.2.1 数据的收集和模型的构建 | 第19-20页 |
| 2.2.2 HMMCAS网络服务的实现 | 第20页 |
| 2.3 输入和选项 | 第20页 |
| 2.4 输出 | 第20-23页 |
| 2.4.1 Cas蛋白的识别 | 第20-21页 |
| 2.4.2 假定cas操纵子的识别 | 第21-22页 |
| 2.4.3 单个Cas蛋白的功能域注释 | 第22-23页 |
| 2.5 HMMCAS网站的输入标准和警告 | 第23页 |
| 2.6 案例研究 | 第23-26页 |
| 2.7 本章总结 | 第26-27页 |
| 第三章 基于cas位点结构组成对Ⅱ型系统的分类 | 第27-39页 |
| 3.1 引言 | 第27页 |
| 3.2 材料和方法 | 第27-28页 |
| 3.2.1 细菌和古细菌参考基因组中cas基因的识别 | 第27-28页 |
| 3.2.2 类型和亚型分类 | 第28页 |
| 3.2.3 系统发育树构建 | 第28页 |
| 3.3 结果与分析 | 第28-38页 |
| 3.3.1 cas基因的识别 | 第28-29页 |
| 3.3.2 CRISPR-Cas系统在参考基因组中的分布 | 第29-30页 |
| 3.3.3 Ⅱ型系统的分类 | 第30-38页 |
| 3.4 讨论 | 第38-39页 |
| 第四章 cas位点编码毒蛋白-抗毒蛋白以及Argonaute蛋白 | 第39-56页 |
| 4.1 引言 | 第39页 |
| 4.2 材料和方法 | 第39-40页 |
| 4.2.1 cas位点功能未知基因的收集与注释 | 第39-40页 |
| 4.2.2 系统发育树构建 | 第40页 |
| 4.2.3 序列logo展示与基因上下文展示 | 第40页 |
| 4.3 结果与分析 | 第40-46页 |
| 4.3.1 功能未知基因的收集与注释 | 第40页 |
| 4.3.2 cas位点编码毒蛋白 | 第40-43页 |
| 4.3.3 cas位点编码抗毒蛋白 | 第43-45页 |
| 4.3.4 cas位点编码Ago蛋白 | 第45-46页 |
| 4.4 讨论与小结 | 第46-56页 |
| 第五章 总结和展望 | 第56-58页 |
| 5.1 全文总结 | 第56-57页 |
| 5.2 后续工作展望 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 附录 | 第59-70页 |
| 参考文献 | 第70-78页 |
| 攻硕期间取得的研究成果 | 第78页 |
