| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第11-35页 |
| 1.1 组学数据背景下的生物信息学 | 第11-25页 |
| 1.1.1 对组学数据处理的特殊挑战 | 第11-12页 |
| 1.1.2 组学研究的基本内容 | 第12-25页 |
| 1.1.2.1 基因组序列的获得 | 第12-19页 |
| 1.1.2.2 第二代测序数据的处理策略 | 第19-25页 |
| 1.2 基于组学数据的个性化分析——研究实例 | 第25-33页 |
| 1.3 本论文的主要研究内容 | 第33-35页 |
| 第2章 核小体定位微进化与基因表达噪音的关联研究 | 第35-71页 |
| 2.1 引言 | 第35-38页 |
| 2.2 材料和方法 | 第38-40页 |
| 2.2.1 实验材料的制备 | 第38-39页 |
| 2.2.2 核小体组测序与结果分析 | 第39-40页 |
| 2.3 结果 | 第40-68页 |
| 2.3.1 MNase测序数据的处理 | 第40-41页 |
| 2.3.2 基于MNase测序数据的核小体定位算法的开发 | 第41-44页 |
| 2.3.3 酵母核小体的动态变化 | 第44-49页 |
| 2.3.4 酵母核小体的动态变化的影响因素 | 第49-53页 |
| 2.3.5 RNA-seq数据的处理 | 第53页 |
| 2.3.6 核小体占据与基因表达的关联 | 第53-61页 |
| 2.3.7 核小体变异与基因表达噪音的关联 | 第61-68页 |
| 2.4 本章讨论与总结 | 第68-71页 |
| 第3章 个性化定量模拟肝癌的代谢 | 第71-89页 |
| 3.1 引言 | 第71-74页 |
| 3.2 材料与方法 | 第74-76页 |
| 3.2.1 正常与癌症肝脏组织表达数据的获取 | 第74-75页 |
| 3.2.2 人类正常组织表达数据与蛋白组数据的获取 | 第75页 |
| 3.2.3 个性化定量模拟肝癌代谢的简要流程 | 第75-76页 |
| 3.3 结果 | 第76-88页 |
| 3.3.1 肝脏细胞的营养摄入(Uptake)组成 | 第76-78页 |
| 3.3.2 肝脏生物质合成反应的确定 | 第78页 |
| 3.3.3 个性化定量肝脏代谢网络的构建与分析 | 第78-81页 |
| 3.3.4 肝癌中差异表达的代谢基因 | 第81-85页 |
| 3.3.5 代谢反应速率与肝癌预后的关系 | 第85-88页 |
| 3.4 本章总结 | 第88-89页 |
| 第4章 论文总结 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-98页 |
| 附录 | 第98-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第119页 |
