| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-25页 |
| ·海洋微生物资源的研究现状 | 第12-13页 |
| ·海洋微生物资源多样性的应用 | 第13-15页 |
| ·海洋微生物代谢产物的多样性 | 第13-14页 |
| ·海洋微生物的生态学功能多样性 | 第14-15页 |
| ·分子生物学在海洋微生物的应用 | 第15-18页 |
| ·16SrRNA在海洋微生物的应用 | 第15-16页 |
| ·gyrB基因在海洋微生物分类中的应用 | 第16-18页 |
| ·海洋细菌新种鉴定 | 第18-22页 |
| ·海洋细菌新种的分类鉴定 | 第18页 |
| ·海洋细菌的命名 | 第18-19页 |
| ·表型特征的分类鉴定 | 第19页 |
| ·生理生化特征分析 | 第19-20页 |
| ·化学特征分析 | 第20页 |
| ·分子水平分类鉴定 | 第20-22页 |
| ·转录组 | 第22-23页 |
| ·高通量测序在转录组测序中的应用 | 第22页 |
| ·转录组测序在微生物中的应用 | 第22-23页 |
| ·本论文研究目的、思路及研究内容 | 第23-25页 |
| 第二章 海洋新属新菌Salinovum rubellum gen.nov., sp. nov. YCWB25~T的分类鉴定 | 第25-50页 |
| ·前言 | 第25-26页 |
| ·实验材料 | 第26-30页 |
| ·实验仪器 | 第26页 |
| ·实验药品 | 第26-28页 |
| ·实验试剂 | 第28-29页 |
| ·培养基 | 第29-30页 |
| ·实验方法 | 第30-39页 |
| ·菌株来源 | 第30页 |
| ·菌种分离 | 第30-31页 |
| ·细菌全基因组DNA的提取 | 第31-32页 |
| ·16SrRNA基因组扩增及序列分析 | 第32页 |
| ·生理生化实验 | 第32-34页 |
| ·细菌中脂肪酸的测定 | 第34-35页 |
| ·YCWB25T基因组DNA（ G+C）mol%含量的测定 | 第35-36页 |
| ·呼吸醌的测定 | 第36-37页 |
| ·细菌磷脂分析 | 第37-39页 |
| ·BOX-PCR指纹图谱分析 | 第39页 |
| ·实验结果与分析 | 第39-47页 |
| ·菌株形态 | 第39-40页 |
| ·16SrRNA序列分析 | 第40-41页 |
| ·菌株生长盐度、pH以及温度生长范围 | 第41-43页 |
| ·API实验结果 | 第43-44页 |
| ·抗生素实验结果 | 第44页 |
| ·（G+C）含量测定 | 第44页 |
| ·呼吸醌测定结果 | 第44-45页 |
| ·菌株磷脂测定结果 | 第45-46页 |
| ·菌株脂肪酸测定结果 | 第46-47页 |
| ·结论 | 第47-48页 |
| ·海洋细菌新属新种Salinovum rubellum gen.nov., sp. nov. YCWB25~T的特征描述 | 第48-50页 |
| 第三章 菌株YCWB25的基因组扫描测序及分析 | 第50-58页 |
| ·前言 | 第50页 |
| ·Illumina Hiseq4000测序实验流程 | 第50-51页 |
| ·基因组DNA收集及片段化 | 第50页 |
| ·文库的构建 | 第50-51页 |
| ·桥式PCR | 第51页 |
| ·Illumina Hiseq4000测序 | 第51页 |
| ·原始测序数据质控 | 第51-52页 |
| ·基因功能注释 | 第52-56页 |
| ·COG功能分析 | 第52-53页 |
| ·KEGG通路分析 | 第53-55页 |
| ·GO注释统计 | 第55-56页 |
| ·讨论 | 第56-58页 |
| 第四章 菌株YCWB25和YCWB25-2 的转录组测序差异分析 | 第58-69页 |
| ·前言 | 第58-59页 |
| ·材料与方法 | 第59页 |
| ·实验试剂与仪器 | 第59页 |
| ·实验方法 | 第59-61页 |
| ·转录组测序 | 第59页 |
| ·原始测序数据质控及统计 | 第59-60页 |
| ·数据过滤 | 第60页 |
| ·基因表达水平统计 | 第60-61页 |
| ·转录组数据分析 | 第61页 |
| ·结果与分析 | 第61-67页 |
| ·转录组测序与组装 | 第61-62页 |
| ·基因表达水平统计 | 第62-63页 |
| ·表达差异分析 | 第63-64页 |
| ·基因蛋白功能注释 | 第64-65页 |
| ·差异基因的KEGG功能注释 | 第65-66页 |
| ·表达模式聚类分析 | 第66-67页 |
| ·讨论 | 第67-69页 |
| ·差异表达基因功能分析 | 第67页 |
| ·差异基因表达的差异蛋白 | 第67-69页 |
| 第五章 总结 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-79页 |
| 读研期间发表及撰写的学术论文 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80页 |
