| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-19页 |
| 本章概要 | 第11页 |
| ·研究背景及意义 | 第11-12页 |
| ·研究现状 | 第12-16页 |
| ·序列比对中的索引技术 | 第13-15页 |
| ·找全的序列比对算法 | 第15-16页 |
| ·找最佳的序列比对算法 | 第16页 |
| ·本文研究内容 | 第16-17页 |
| ·索引技术研究及改进 | 第16-17页 |
| ·基于混合索引的序列比对算法 | 第17页 |
| ·论文组织 | 第17-19页 |
| 第2章 相关技术与知识 | 第19-31页 |
| 本章概要 | 第19页 |
| ·测序平台介绍 | 第19-22页 |
| ·Illunima测序平台 | 第19-20页 |
| ·Roche 454测序平台 | 第20-21页 |
| ·SOLiD测序平台 | 第21页 |
| ·PacBio RS Ⅱ第三代测序平台 | 第21-22页 |
| ·序列比对相关名词介绍 | 第22-25页 |
| ·DNA | 第22-23页 |
| ·Reads | 第23-24页 |
| ·Seeds | 第24页 |
| ·Reference | 第24-25页 |
| ·压缩的全文索引结构 | 第25-28页 |
| ·后缀树(Suffix Tree) | 第25-26页 |
| ·后缀数组(Suffix Array) | 第26-27页 |
| ·压缩的后缀数组(Compressed Suffix Array) | 第27-28页 |
| ·BWT(Burrows-Wheeler Transform) | 第28页 |
| ·序列比对算法的定义及评价标准 | 第28-29页 |
| ·找全的序列比对算法定义 | 第28页 |
| ·找最佳的序列比对算法定义 | 第28-29页 |
| ·序列比对算法的评价标准 | 第29页 |
| ·本章小结 | 第29-31页 |
| 第3章 基于双位索引的二阶BWT技术及算法实现 | 第31-45页 |
| 本章概要 | 第31页 |
| ·Burrows-Wheeler Transform(BWT)技术 | 第31-33页 |
| ·BWT的构造过程 | 第31-32页 |
| ·BWT的解码过程 | 第32-33页 |
| ·基于BWT技术的索引算法 | 第33-35页 |
| ·FM-index的构造 | 第33-35页 |
| ·FM-index的文本还原 | 第35页 |
| ·双位索引的二阶BWT技术 | 第35-41页 |
| ·二阶索引技术结构 | 第36页 |
| ·基于二阶BWT索引的序列比对算法 | 第36-38页 |
| ·算法复杂度分析 | 第38页 |
| ·实验结果与讨论 | 第38-41页 |
| ·算法改进 | 第41-43页 |
| ·改进思想 | 第41-42页 |
| ·实验结果与讨论 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-45页 |
| 第4章 快速混合索引技术及序列比对算法 | 第45-59页 |
| 本章概要 | 第45页 |
| ·Hash索引技术及相关研究 | 第45-50页 |
| ·Hash索引技术 | 第45-46页 |
| ·基于Hash索引的序列比对算法 | 第46-49页 |
| ·BWT与Hash混合索引的优势 | 第49-50页 |
| ·基于混合索引的序列比对算法 | 第50-55页 |
| ·快速混合索引技术 | 第50-51页 |
| ·基于混合索引的序列比对算法 | 第51-53页 |
| ·算法时间性能分析 | 第53页 |
| ·实验结果与讨论 | 第53-55页 |
| ·算法改进 | 第55-57页 |
| ·改进思想 | 第55页 |
| ·Cache有效的BWT转换设计 | 第55-56页 |
| ·改进的序列比对算法 | 第56页 |
| ·实验结果与讨论 | 第56-57页 |
| ·本章小结 | 第57-59页 |
| 第5章 总结 | 第59-63页 |
| 本章概要 | 第59页 |
| ·本文工作 | 第59-61页 |
| ·本文贡献与创新之处 | 第61页 |
| ·进一步工作 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |
| 附录1 插图索引 | 第67-68页 |
| 附录2 表格索引 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-71页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第71-72页 |
| 攻读学位期间参加的科研项目 | 第72页 |
