基于病毒宏基因组学的病原体鉴定及分析
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-24页 |
| ·引言 | 第12页 |
| ·传统的病毒鉴定方法 | 第12-13页 |
| ·高通量测序 | 第13-14页 |
| ·病毒宏基因组学 | 第14-15页 |
| ·基于宏基因组学的病毒样品处理方法 | 第15-18页 |
| ·基于small RNAs的文库构建 | 第15-16页 |
| ·基于total RNA/DNA文库构建 | 第16-17页 |
| ·基于viral RNA/DNA文库构建 | 第17页 |
| ·基于dsRNAs文库构建 | 第17页 |
| ·基于poly(A)RNAs文库构建 | 第17-18页 |
| ·生物信息学分析相关软件 | 第18-24页 |
| ·数据质量检测软件 | 第18-19页 |
| ·聚类软件 | 第19页 |
| ·组装软件 | 第19-20页 |
| ·比对软件 | 第20-21页 |
| ·宏基因组序列分类软件 | 第21-24页 |
| 第2章 槟榔长线形病毒APV1的鉴定与分析 | 第24-42页 |
| ·引言 | 第24-26页 |
| ·实验材料和数据来源 | 第26页 |
| ·实验材料 | 第26页 |
| ·数据来源 | 第26页 |
| ·数据分析方法和步骤流程 | 第26-28页 |
| ·分析结果 | 第28-37页 |
| ·数据统计结果 | 第28-29页 |
| ·APV1病毒序列的鉴定 | 第29-31页 |
| ·APV1基因组序列分析 | 第31-37页 |
| ·讨论与小结 | 第37-42页 |
| 第3章 烟草长线形病毒TV1-AH的鉴定与分析 | 第42-52页 |
| ·引言 | 第42-43页 |
| ·样本及数据来源 | 第43页 |
| ·分析方法过程 | 第43-44页 |
| ·分析结果 | 第44-50页 |
| ·TV1-AH的鉴定 | 第44-46页 |
| ·TV1-AH基因组分析 | 第46-50页 |
| ·讨论与小结 | 第50-52页 |
| 第4章 腹泻婴幼儿粪便样本病毒宏基因组分析 | 第52-66页 |
| ·引言 | 第52页 |
| ·实验材料和实验方法步骤 | 第52-54页 |
| ·实验材料 | 第52-53页 |
| ·实验方法步骤 | 第53-54页 |
| ·数据来源及分析流程 | 第54-56页 |
| ·数据来源 | 第54-55页 |
| ·数据分析流程 | 第55-56页 |
| ·分析结果 | 第56-63页 |
| ·数据前处理结果 | 第56-58页 |
| ·Cd-hit-est聚类结果 | 第58-59页 |
| ·CAP3组装结果 | 第59-60页 |
| ·Sort-ITEMs分类结果 | 第60-61页 |
| ·病毒分析结果 | 第61-63页 |
| ·讨论与小结 | 第63-66页 |
| 第5章 总结讨论 | 第66-70页 |
| 参考文献 | 第70-78页 |
| 致谢 | 第78-80页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第80页 |
