| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-6页 |
| 目录 | 第6-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-21页 |
| ·肠球菌介绍 | 第9-11页 |
| ·全基因组测序技术介绍 | 第11-17页 |
| ·罗氏/454 GS-FLX 平台 | 第12-13页 |
| ·AB SOLiD 平台 | 第13-14页 |
| ·Illumina 的 GA / HiSeq 平台 | 第14-17页 |
| ·全基因组拼接介绍 | 第17-18页 |
| ·全基因组拼接面临的挑战 | 第18-21页 |
| 第二章 屎肠球菌比较基因组和进化分析 | 第21-41页 |
| ·研究背景 | 第21-22页 |
| ·全基因组序列比对分析 | 第22-25页 |
| ·泛基因组和核心基因组分析 | 第25-28页 |
| ·屎肠球菌进化分析 | 第28-33页 |
| ·16S 核糖体 RNA 进化分析 | 第28-30页 |
| ·基于 MLST 进化分析 | 第30-31页 |
| ·核心基因组进化分析 | 第31-33页 |
| ·泛基因组聚类分析 | 第33-36页 |
| ·耐万古霉素菌株在进化树的分布 | 第36页 |
| ·本章小节 | 第36-41页 |
| 第三章 医院屎肠球菌 C309 全基因组分析 | 第41-83页 |
| ·研究背景 | 第41-43页 |
| ·C309 全基因组测序 | 第43-44页 |
| ·测序数据拼接 | 第44-49页 |
| ·454 测序数据拼接 | 第44-45页 |
| ·GAIIx 测序数据拼接 | 第45页 |
| ·SOLiD 测序数据的拼接 | 第45-49页 |
| ·混合拼接三种平台测序数据 | 第49页 |
| ·评估混合拼接的结果 | 第49-52页 |
| ·分析三种平台产生的偏好性 | 第52-57页 |
| ·覆盖深度的偏好性 | 第53页 |
| ·GC 含量的偏好性 | 第53-55页 |
| ·k-mer 多样性的偏好性 | 第55-56页 |
| ·单碱基替换错误的偏好性 | 第56-57页 |
| ·优化混合拼接的参数 | 第57-60页 |
| ·对于混合拼接的指导建议 | 第60页 |
| ·屎肠球菌功能分析 | 第60-76页 |
| ·C309 基因组注释 | 第60-61页 |
| ·COG 功能注释 | 第61-64页 |
| ·KEGG 注释 | 第64-68页 |
| ·致病岛注释 | 第68-69页 |
| ·C309 耐药性研究 | 第69-72页 |
| ·C309 进化分析 | 第72-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-80页 |
| ·对于混合拼接的指导建议 | 第80-81页 |
| ·本章小结 | 第81-83页 |
| 第四章 疾病相关基因的表达敏感性研究 | 第83-97页 |
| ·研究背景 | 第83-84页 |
| ·表达敏感值计算 | 第84-86页 |
| ·易扰基因和非易扰基因的功能分析 | 第86-90页 |
| ·非易扰基因在其相关疾病中的表达 | 第90-91页 |
| ·基因表达敏感性和疾病的关系 | 第91-94页 |
| ·蛋白相互作用网络分析癌症和衰老相关基因的敏感性 | 第94-96页 |
| ·本章小结 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-111页 |
| 英文缩略语 | 第111-113页 |
| 发表文章目录 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114-116页 |