| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-16页 |
| 第1章 绪论 | 第16-37页 |
| ·课题背景 | 第16-17页 |
| ·进化树 | 第17-18页 |
| ·分子数据 | 第18-19页 |
| ·DNA 进化及进化模型 | 第19-27页 |
| ·基本假设 | 第20-22页 |
| ·常见的进化模型 | 第22-27页 |
| ·国内外研究现状及分析 | 第27-34页 |
| ·距离法 | 第28-29页 |
| ·最大简约法 | 第29-30页 |
| ·最大似然法 | 第30-34页 |
| ·算法比较 | 第34页 |
| ·本文主要工作 | 第34-37页 |
| ·研究内容 | 第34-36页 |
| ·研究成果 | 第36-37页 |
| 第2章 基于邻接法的p-ECR 分支交换操作 | 第37-55页 |
| ·引言 | 第37-38页 |
| ·NNI、SPR、TBR 和p-ECR 搜索能力分析 | 第38-44页 |
| ·p-ECRNJ 操作 | 第44-49页 |
| ·实验与讨论 | 第49-54页 |
| ·实验数据 | 第49-50页 |
| ·实验结果 | 第50-54页 |
| ·本章小节 | 第54-55页 |
| 第3章 一种基于 PSO 的进化树构建算法 | 第55-68页 |
| ·引言 | 第55-56页 |
| ·粒子群优化算法 | 第56-60页 |
| ·原理 | 第56-58页 |
| ·特点 | 第58-59页 |
| ·应用 | 第59-60页 |
| ·基于PSO 的进化树构建算法 | 第60-63页 |
| ·实验和讨论 | 第63-67页 |
| ·参数影响 | 第63-64页 |
| ·与其他算法比较 | 第64-67页 |
| ·本章小结 | 第67-68页 |
| 第4章 一种结合QP 和邻接法的进化树构建算法 | 第68-87页 |
| ·引言 | 第68-71页 |
| ·QP 和邻接法的性能分析 | 第71-76页 |
| ·QP 性能分析 | 第71-74页 |
| ·邻接法性能分析 | 第74-76页 |
| ·QPNJ | 第76-79页 |
| ·实验和讨论 | 第79-85页 |
| ·本章小结 | 第85-87页 |
| 第5章 结合同伦方法和 SEM 的进化树构建算法 | 第87-102页 |
| ·引言 | 第87-89页 |
| ·最大似然法和SEM 算法 | 第89-91页 |
| ·基于同伦方法的 SEM 算法 | 第91-94页 |
| ·算法推导 | 第91-93页 |
| ·收敛性证明 | 第93-94页 |
| ·基于HSEM 的进化树构建算法 | 第94-97页 |
| ·实验和讨论 | 第97-100页 |
| ·与SEMPHY 比较 | 第97-99页 |
| ·与其他算法比较 | 第99-100页 |
| ·本章小结 | 第100-102页 |
| 第6章 实例分析 | 第102-116页 |
| ·引言 | 第102页 |
| ·进化关系分析 | 第102-115页 |
| ·30 种昆虫的进化关系分析 | 第102-109页 |
| ·16 种灵长类动物的进化关系分析 | 第109-112页 |
| ·13 种猫科动物的进化关系分析 | 第112-115页 |
| ·本章小结 | 第115-116页 |
| 结 论 | 第116-118页 |
| 参考文献 | 第118-129页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第129-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
| 个人简历 | 第132页 |