| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第一章 引言 | 第10-32页 |
| ·生物信息学与分子进化研究 | 第10-16页 |
| ·病毒基因组工程 | 第16-21页 |
| ·RNA病毒的进化和新生病毒病 | 第21-29页 |
| ·本研究的目的 | 第29-32页 |
| 第二章 SARS冠状病毒基因组的进化分析 | 第32-81页 |
| ·引言 | 第32-57页 |
| ·重组和基因组进化 | 第32-40页 |
| ·序列替代模型和系统发育分析 | 第40-45页 |
| ·贝叶斯推测和系统发育分析 | 第45-50页 |
| ·替代速率和分歧时间的估算方法 | 第50-57页 |
| ·SARS冠状病毒基因组的进化分析 | 第57-81页 |
| ·SARS冠状病毒的基因组特征 | 第57-58页 |
| ·数据和方法 | 第58-63页 |
| ·结果 | 第63-77页 |
| ·讨论 | 第77-81页 |
| 第三章 SARS冠状病毒S蛋白的适应性进化检测 | 第81-146页 |
| ·引言 | 第81-96页 |
| ·适应性进化的检测原理 | 第81-82页 |
| ·适应性进化的检测方法 | 第82-93页 |
| ·预测选择的软件 | 第93-96页 |
| ·SARS冠状病毒S基因适应性进化位点的检测 | 第96-130页 |
| ·数据 | 第96-100页 |
| ·方法 | 第100-102页 |
| ·结果 | 第102-125页 |
| ·讨论 | 第125-130页 |
| ·SARS冠状病毒S基因适应性进化分支的检测 | 第130-146页 |
| ·数据 | 第130-132页 |
| ·方法 | 第132-133页 |
| ·结果 | 第133-144页 |
| ·讨论 | 第144-146页 |
| 第四章 SARS冠状病毒S蛋白的结构生物信息学分析 | 第146-172页 |
| ·引言 | 第146-152页 |
| ·S蛋白受体结合域适应性进化的结构生物信息学分析 | 第152-157页 |
| ·引言 | 第152页 |
| ·数据与方法 | 第152-154页 |
| ·结果与讨论 | 第154-157页 |
| ·S蛋白受体结合域的结构设计 | 第157-162页 |
| ·引言 | 第157页 |
| ·数据与方法 | 第157-158页 |
| ·结果与讨论 | 第158-162页 |
| ·类SARS冠状病毒S蛋白受体结合域的结构预测 | 第162-172页 |
| ·引言 | 第162-163页 |
| ·数据与方法 | 第163-167页 |
| ·结果与讨论 | 第167-172页 |
| 第五章 总结与展望 | 第172-175页 |
| ·小结 | 第172页 |
| ·进一步研究的方向 | 第172-175页 |
| 参考文献 | 第175-191页 |
| 致谢 | 第191-192页 |
| 附录 | 第192-193页 |