| ABSTRACT | 第1-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| CHAPTER 1 Introduction | 第11-14页 |
| ·Microarray Technologies | 第11-12页 |
| ·The Challenge of Statistical Analysis for Gene Expression Data | 第12页 |
| ·Objective of This Research | 第12-14页 |
| CHAPTER 2 Background Knowledge | 第14-27页 |
| ·Types of Microarrays | 第14-16页 |
| ·Gene expression microarrays | 第14-15页 |
| ·Genotyping microarrays | 第15-16页 |
| ·CGH microarrays | 第16页 |
| ·Studies on Microarray Experimental Design | 第16-21页 |
| ·Experimental goal | 第16-17页 |
| ·Sources of variation | 第17-18页 |
| ·Design considerations | 第18-19页 |
| ·Types of microarray experimental design | 第19-21页 |
| ·Statistical Considerations on Microarray Data Analysis | 第21-27页 |
| ·Standardization and normalization | 第21-23页 |
| ·Statistical methods for identifying DEGs | 第23-27页 |
| ·Calculation of test statistic | 第23-24页 |
| ·Multiple hypothesis testing | 第24-27页 |
| CHAPTER 3 Methods for Analyzing Data of Gene Expression Microarrays | 第27-42页 |
| ·Introduction | 第27-29页 |
| ·Method Framework | 第29-32页 |
| ·Linear model | 第29-31页 |
| ·Test statistic constructing and hypothesis test | 第31-32页 |
| ·Estimates of the parameters in the model | 第32页 |
| ·Simulation Strategy | 第32-34页 |
| ·Simulation Results | 第34-37页 |
| ·Discussion | 第37-42页 |
| ·Requisite of an attractive statistical method | 第37页 |
| ·Experimental design and linear model constructing | 第37-39页 |
| ·Estimates of the magnitude of various variations | 第39页 |
| ·Relative expression values with confidence | 第39-40页 |
| ·Random or fixed effects of treatment | 第40-41页 |
| ·Variance stabilizing normalization | 第41-42页 |
| CHAPTER 4 Two Worked Examples of Analysis on Gene Expression Microarray Data | 第42-58页 |
| ·Leukemia Dataset | 第42-46页 |
| ·Description of data set | 第42页 |
| ·Statistical analysis of the data | 第42-43页 |
| ·Assessment of clustering results | 第43页 |
| ·Results | 第43-44页 |
| ·Discussion | 第44-46页 |
| ·Mouse Brain Data | 第46-58页 |
| ·Data description | 第46页 |
| ·Statistical analysis | 第46-48页 |
| ·Strain-specific expression throughout all brain regions | 第48-51页 |
| ·Region-specific expression | 第51-53页 |
| ·Strain-dependent expression in specific region | 第53-55页 |
| ·Biological validation and discussion | 第55-58页 |
| Reference | 第58-65页 |
