| 目录 | 第1-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 引言 | 第14-15页 |
| 第一章 综述 | 第15-30页 |
| ·草菇遗传研究进展 | 第15-17页 |
| ·草菇概述 | 第15页 |
| ·草菇的形态特征 | 第15-16页 |
| ·草菇的生活史 | 第16页 |
| ·草菇遗传研究现状 | 第16-17页 |
| ·草菇 CAZymes 研究进展 | 第17-18页 |
| ·草菇的碳水化合物活性酶(CAZymes) | 第17页 |
| ·草菇 CAZymes 研究现状 | 第17页 |
| ·其他大型真菌 CAZymes 研究概况 | 第17-18页 |
| ·新一代测序研究进展 | 第18-28页 |
| ·代表性的新一代测序技术 | 第19-24页 |
| ·焦磷酸测序法 | 第20-21页 |
| ·可逆终止子 | 第21-22页 |
| ·双碱基编码 | 第22-24页 |
| ·其它新一代测序技术 | 第24-25页 |
| ·新一代测序的应用与生物信息学挑战 | 第25-28页 |
| ·新一代测序的应用 | 第25-27页 |
| ·新一代测序的生物信息学挑战 | 第27-28页 |
| ·大型真菌测序应用概况 | 第28页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第28-30页 |
| ·研究目的 | 第28-29页 |
| ·研究意义 | 第29-30页 |
| 第二章 草菇的 CAZymes 家族 | 第30-37页 |
| ·实验材料 | 第30页 |
| ·菌株 | 第30页 |
| ·草菇基因组数据 | 第30页 |
| ·实验方法 | 第30-31页 |
| ·CAZymes 注释 | 第30页 |
| ·CAZymes 种间比较 | 第30页 |
| ·双聚类分析 | 第30-31页 |
| ·结果与分析 | 第31-35页 |
| ·草菇的 CAZymes 分布情况 | 第31-33页 |
| ·草菇基因组内的糖苷水解酶 | 第31-32页 |
| ·草菇基因组内的糖基转移酶 | 第32页 |
| ·草菇基因组内的多糖裂解酶 | 第32-33页 |
| ·草菇基因组内的糖酯酶 | 第33页 |
| ·草菇的 CAZymes 种间比较 | 第33-34页 |
| ·草菇主要的基质降解酶分布情况 | 第34-35页 |
| ·讨论 | 第35-37页 |
| 第三章 草菇的 DGE 概况 | 第37-44页 |
| ·实验材料 | 第37页 |
| ·草菇表达谱数据 | 第37页 |
| ·草菇基因组数据 | 第37页 |
| ·草菇转录组数据 | 第37页 |
| ·实验方法 | 第37-38页 |
| ·DGE 文库的构建及测序 | 第37页 |
| ·非冗余参考基因数据库的制备 | 第37页 |
| ·参考标签数据库的制备 | 第37-38页 |
| ·标签在基因 3’端定位情况分析 | 第38页 |
| ·结果与分析 | 第38-43页 |
| ·DGE 文库分析 | 第38-40页 |
| ·DGE 文库主要特征 | 第38-39页 |
| ·各 DGE 文库容量饱和度分析 | 第39-40页 |
| ·标签定位分析 | 第40-42页 |
| ·标签在基因 3’端定位情况分析 | 第41页 |
| ·标签在参考基因库的定位情况分析 | 第41-42页 |
| ·各 DGE 文库基因检测结果统计 | 第42-43页 |
| ·讨论 | 第43-44页 |
| 第四章 草菇的全基因表达分析 | 第44-55页 |
| ·实验材料 | 第44页 |
| ·实验方法 | 第44-45页 |
| ·基因表达注释 | 第44页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第44页 |
| ·基因表达模式分析 | 第44页 |
| ·差异表达基因聚类分析 | 第44-45页 |
| ·结果与分析 | 第45-53页 |
| ·全基因表达分析 | 第46页 |
| ·表达基因数量的比较分析 | 第46-49页 |
| ·表达基因比较分析 | 第49-51页 |
| ·碳水化合物代谢相关基因分析 | 第51-53页 |
| ·讨论 | 第53-55页 |
| 第五章 草菇同核体与异核体 CAZymes 表达分析 | 第55-69页 |
| ·实验材料 | 第55页 |
| ·实验方法 | 第55页 |
| ·草菇参考基因数据库内 CAZymes 注释 | 第55页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第55页 |
| ·基因表达模式分析 | 第55页 |
| ·差异表达基因聚类分析 | 第55页 |
| ·结果与分析 | 第55-68页 |
| ·草菇同核体与异核体内主要基质降解酶概况 | 第55-59页 |
| ·草菇参考基因数据库内的主要基质降解酶 | 第55-56页 |
| ·草菇同核体与异核体 CAZymes 编码基因的表达模式 | 第56-58页 |
| ·草菇同核体与异核体 CAZymes 编码基因的差异表达分析 | 第58-59页 |
| ·草菇同核体与异核体的植物纤维素降解 | 第59-62页 |
| ·草菇同核体与异核体纤维素酶编码基因的表达模式 | 第59-60页 |
| ·草菇同核体与异核体纤维素酶编码基因的差异表达分析 | 第60-61页 |
| ·草菇同核体与异核体特有纤维素酶编码基因分析 | 第61-62页 |
| ·草菇同核体与异核体的植物半纤维素降解 | 第62-65页 |
| ·草菇同核体与异核体半纤维素酶编码基因的表达模式 | 第62-63页 |
| ·草菇同核体与异核体半纤维素酶编码基因的差异表达分析 | 第63-64页 |
| ·草菇同核体与异核体特有半纤维素酶编码基因分析 | 第64-65页 |
| ·草菇同核体与异核体的植物果胶降解 | 第65-68页 |
| ·草菇同核体与异核体果胶酶编码基因的表达模式 | 第65-66页 |
| ·草菇同核体与异核体果胶酶编码基因的差异表达分析 | 第66-67页 |
| ·草菇同核体与异核体特有果胶酶编码基因分析 | 第67-68页 |
| ·讨论 | 第68-69页 |
| 结论 | 第69-72页 |
| 参考文献 | 第72-82页 |
| 附录 | 第82-110页 |
| 附录一 草菇基因组内 CAZymes 注释结果 | 第82-90页 |
| 附录二 草菇 DGE 文库规模对定位到的基因总数的影响 | 第90-92页 |
| 附录三 草菇同核体与异核体碳水化合物代谢子途径内的差异表达基因列表 | 第92-94页 |
| 附录四 草菇同核体与异核体 CAZymes 表达情况 | 第94-109页 |
| 附录五 草菇同核体与异核体差异表达的 Cellulases、Hemicellulases 和Pectinases | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110页 |
