| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-6页 |
| 目次 | 第6-13页 |
| 1 绪论 | 第13-25页 |
| ·蛋白质分子三维结构的重要性 | 第13页 |
| ·常见的蛋白质结构模型 | 第13-17页 |
| ·层次结构模型 | 第14-15页 |
| ·CPK原子模型 | 第15页 |
| ·原子—键模型 | 第15-17页 |
| ·分子表面模型 | 第17页 |
| ·现有蛋白质三维结构表示方法的局限性与分子场 | 第17-20页 |
| ·现有蛋白质表示方法的局限性 | 第17-18页 |
| ·分子场 | 第18页 |
| ·分子场的计算 | 第18-20页 |
| ·分子力学方法 | 第19-20页 |
| ·量子化学方法 | 第20页 |
| ·蛋白质分子三维结构与分子场的分析方法 | 第20-23页 |
| ·蛋白质分子的配接问题 | 第20页 |
| ·分子数据场的分析方法 | 第20-23页 |
| ·本文工作 | 第23页 |
| ·本文的章节安排 | 第23-25页 |
| 2 基于极大团理论的分子对接预测 | 第25-43页 |
| ·引言 | 第25-26页 |
| ·相关工作 | 第26-29页 |
| ·穷举法 | 第26页 |
| ·基于分子表面局部点特征的对接预测 | 第26-28页 |
| ·基于分子表面全局特征的对接预测 | 第28-29页 |
| ·背景知识介绍 | 第29-30页 |
| ·极大团 | 第29-30页 |
| ·α形理论 | 第30页 |
| ·基于极大团理论的蛋白质分子对接预测 | 第30-38页 |
| ·蛋白质分子表面的凹腔检测 | 第31-32页 |
| ·蛋白质和凹腔区域的图表示 | 第32-33页 |
| ·利用极大团进行局部匹配 | 第33-34页 |
| ·计算对接变换 | 第34-38页 |
| ·计算旋转变换 | 第35-36页 |
| ·计算平移变换 | 第36-38页 |
| ·确定对接变换 | 第38页 |
| ·实验结果与分析 | 第38-40页 |
| ·本章总结 | 第40-43页 |
| 3 蛋白质分子场的拓扑变化关键区域检测 | 第43-61页 |
| ·引言 | 第43页 |
| ·相关工作 | 第43-45页 |
| ·基于轮廓树的分子场拓扑结构分析 | 第44-45页 |
| ·基于Morse-Smale复形的分子场拓扑结构分析 | 第45页 |
| ·拓扑学背景知识 | 第45-47页 |
| ·Betti数的快速计算 | 第47-54页 |
| ·计算β_0 | 第47-50页 |
| ·计算β_2 | 第50-52页 |
| ·计算β_1 | 第52-53页 |
| ·分子场等值面的Betti数算法 | 第53-54页 |
| ·分子场拓扑关键值的检测与可视化 | 第54-55页 |
| ·实验结果与分析 | 第55-59页 |
| ·电子密度场数据实验结果 | 第55-56页 |
| ·IGFBP4分子场实验结果 | 第56-59页 |
| ·本章总结 | 第59-61页 |
| 4 动态分子场的整体特征分析 | 第61-79页 |
| ·引言 | 第61-62页 |
| ·相关工作 | 第62-66页 |
| ·基于统计特征的分析 | 第62-63页 |
| ·基于拓扑特征的分析 | 第63页 |
| ·基于函数相关性的分析 | 第63-65页 |
| ·基于变换特征的分析 | 第65-66页 |
| ·球面调和分析介绍 | 第66-67页 |
| ·基于球面调和分析的动态分子场分析 | 第67-72页 |
| ·坐标系配准 | 第67-68页 |
| ·分子场的特征向量描述符 | 第68-70页 |
| ·特征向量的计算 | 第70-72页 |
| ·计算分子场相似度 | 第72页 |
| ·实验结果与分析 | 第72-74页 |
| ·HIV-1蛋白酶动态模拟实验结果 | 第72-73页 |
| ·IGFBP4与IGF1对接体系动态模拟实验结果 | 第73-74页 |
| ·本章总结 | 第74-79页 |
| 5 基于信息论的动态分子场局部变构区域分析 | 第79-97页 |
| ·引言 | 第79页 |
| ·相关工作 | 第79-83页 |
| ·特征检测与跟踪 | 第80-81页 |
| ·整体特征分析 | 第81-83页 |
| ·信息论简介 | 第83-84页 |
| ·基于信息论的动态分子场重要性区域分析 | 第84-91页 |
| ·多属性分子场计算 | 第85页 |
| ·计算数据块V_(i,p)的信息熵 | 第85-86页 |
| ·计算数据块V_(i,p)与相邻时刻数据块的相对信息熵 | 第86-87页 |
| ·检测分子场的局部变构区域 | 第87-91页 |
| ·重要性曲线 | 第87-88页 |
| ·重要性曲线聚类 | 第88-90页 |
| ·分析聚类结果 | 第90-91页 |
| ·实验结果与分析 | 第91-96页 |
| ·HIV-1蛋白酶数据的动态分析 | 第91-95页 |
| ·IGFBP4与IGF1对接数据的动态分析 | 第95-96页 |
| ·本章总结 | 第96-97页 |
| 6 总结与展望 | 第97-99页 |
| ·总结 | 第97-98页 |
| ·展望 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-112页 |
| 攻读博士期间主要研究成果 | 第112-114页 |
| 致谢 | 第114页 |