| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-13页 |
| 第一章 前言与研究背景 | 第13-25页 |
| ·笛鲷属鱼类分子系统学研究中尚待解决的问题 | 第13-16页 |
| ·DNA条码(DNA Barcoding)与笛鲷属的分类研究 | 第16页 |
| ·线粒体DNA和核DNA标记的发展与改进系统进化分析 | 第16-20页 |
| ·线粒体DNA标记 | 第16-18页 |
| ·细胞核DNA标记 | 第18-20页 |
| ·nDNA标记研究概况 | 第18-19页 |
| ·RAG基因与分子进化分析 | 第19-20页 |
| ·笛鲷属的物种形成机制 | 第20-24页 |
| ·千姿百态的岩礁鱼类如何分化而来 | 第20页 |
| ·鱼类视觉与成种的关系 | 第20-22页 |
| ·笛鲷属的相关研究基础 | 第22-24页 |
| ·本论文的内容和目标概述 | 第24-25页 |
| 第二章 cox1条码序列测定与应用 | 第25-37页 |
| ·材料与方法 | 第25-26页 |
| ·实验材料 | 第25页 |
| ·总DNA的提取 | 第25-26页 |
| ·目标区段的PCR扩增和序列测定 | 第26页 |
| ·序列核实、对应物种和物种名核对、序列递交 | 第26页 |
| ·系统进化关系分析 | 第26页 |
| ·结果与分析 | 第26-32页 |
| ·样本种类的形态学鉴定 | 第26-29页 |
| ·cox1区段扩增与序列间遗传距离分析 | 第29-30页 |
| ·DNA条码序列核对与递交 | 第30-31页 |
| ·cox1条码序列的分子系统学分析 | 第31-32页 |
| ·讨论 | 第32-37页 |
| ·coxl条码序列获取和分析的潜在干扰 | 第33页 |
| ·cox1条码序列在鱼类物种鉴别的广泛适用性和局限 | 第33-34页 |
| ·cox1条码序列仅适于低阶元系统进化分析 | 第34-37页 |
| 第三章 鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因的适用性分析 | 第37-57页 |
| ·材料与方法 | 第37-39页 |
| ·数据获取及标识 | 第37-38页 |
| ·系统进化分析和评估的方法 | 第38-39页 |
| ·结果与分析 | 第39-43页 |
| ·序列长度和遗传距离分析结果 | 第39页 |
| ·基于十三个基因拼接序列的NJ树 | 第39-40页 |
| ·基于各蛋白编码基因构建的NJ树 | 第40-42页 |
| ·各基因系统进化分析适用性整体评价的结果 | 第42-43页 |
| ·讨论 | 第43-46页 |
| ·高级分类阶元系统进化分析的mtDNA基因选择 | 第43-45页 |
| ·序列长度对系统进化分析的意义 | 第45-46页 |
| 附录3 鲈形目线粒体DNA单基因构建的NJ树 | 第46-57页 |
| 第四章 线粒体DNA基因组全序列的测定与应用分析 | 第57-91页 |
| ·材料与方法 | 第57-60页 |
| ·实验材料和总DNA的提取 | 第57页 |
| ·长距PCR(Long-PCR) | 第57页 |
| ·常规PCR扩增 | 第57-58页 |
| ·序列拼接及全序列的分析 | 第58-60页 |
| ·系统进化分析和评估的方法 | 第60页 |
| ·结果与分析 | 第60-68页 |
| ·Long-PCR扩增结果 | 第60页 |
| ·常规PCR扩增结果 | 第60-61页 |
| ·序列拼接和初步分析结果 | 第61-64页 |
| ·系统进化树 | 第64-66页 |
| ·各基因系统进化分析适用性整体评价的结果 | 第66-68页 |
| ·讨论 | 第68-71页 |
| ·系统进化分析的mtDNA序列选择 | 第68页 |
| ·Pterocaesio tile的分类地位有待确认 | 第68-69页 |
| ·线粒体DNA全序列测定方法探讨 | 第69-71页 |
| 附录4-1 马拉巴笛鲷线粒体DNA基因组全序列 | 第71-80页 |
| 附录4-2 军曹鱼线粒体DNA基因组全序列 | 第80-89页 |
| 附录4-3 笛鲷属线粒体DNA单基因构建的NJ树 | 第89-91页 |
| 第五章 笛鲷属系统进化树构建与物种形成机制初探 | 第91-101页 |
| ·材料与方法 | 第91-92页 |
| ·样本采集与DNA提取 | 第91页 |
| ·PCR扩增与克隆 | 第91-92页 |
| ·数据分析 | 第92页 |
| ·结果与分析 | 第92-98页 |
| ·序列测定和递交结果 | 第92-93页 |
| ·序列组成分析结果 | 第93-94页 |
| ·笛鲷属DNA条码序列聚类结果 | 第94页 |
| ·笛鲷属的系统进化分析结果 | 第94-95页 |
| ·LWS进化树分析结果 | 第95-98页 |
| ·讨论 | 第98-101页 |
| ·笛鲷属mtDNA cox1条码应用于典型样本筛选 | 第98页 |
| ·笛鲷属的系统进化树 | 第98-99页 |
| ·笛鲷属长波段敏感视蛋白基因(LWS)的进化与物种形成 | 第99-101页 |
| 第七章 总结 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-111页 |
| 攻读博士学位期间发表的与学位论文相关的学术论文 | 第111-113页 |
| 致谢 | 第113-115页 |
