| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-22页 |
| ·课题研究背景 | 第11-18页 |
| ·环肽纳米管简介及其研究进展 | 第11-15页 |
| ·生物水通道简介 | 第15-16页 |
| ·PNTs 模拟生物水通道研究进展 | 第16-18页 |
| ·课题的提出及研究内容和目标 | 第18-19页 |
| 参考文献 | 第19-22页 |
| 第二章 计算理论和方法 | 第22-34页 |
| ·分子动力学模拟简介 | 第22-24页 |
| ·分子力场 | 第24-25页 |
| ·MD 模拟中边界条件 | 第25-27页 |
| ·MD 模拟中的系综 | 第27-28页 |
| ·MD 模拟退火搜索分子平衡构象 | 第28-29页 |
| ·MD 模拟中自由能的计算 | 第29-30页 |
| ·常用的MD 模拟软件 | 第30-32页 |
| 参考文献 | 第32-34页 |
| 第三章 三种跨膜环肽纳米管8×cyclo(WL)_(n=3,4,5)-PNT/POPE 的构造与预平衡 | 第34-50页 |
| ·引言 | 第34-36页 |
| ·模型构造和MD 模拟方法 | 第36-38页 |
| ·模型构造 | 第36-37页 |
| ·MD 模拟方法 | 第37-38页 |
| ·结果与讨论 | 第38-48页 |
| ·8×cyclo(WL)4-PNT 的预平衡 | 第38-41页 |
| ·POPE 脂膜的预平衡 | 第41-43页 |
| ·8×cyclo(WL)n=3,4,5-PNT/POPE 的预平衡 | 第43-48页 |
| ·小结 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-50页 |
| 第四章 跨膜环肽纳米管8×cyclo(WL)4-PNT/POPE 中水链结构的MD 研究 | 第50-65页 |
| ·引言 | 第50-51页 |
| ·模拟体系的构造和MD 模拟方法 | 第51-52页 |
| ·模拟体系的构造 | 第51页 |
| ·MD 模拟方法 | 第51-52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-63页 |
| ·纳米管内的水链结构 | 第52-57页 |
| ·环肽纳米管中的氢键网络 | 第57-60页 |
| ·管内水分子的偶极取向 | 第60-63页 |
| ·小结 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-65页 |
| 第五章 水分子在三种跨膜环肽纳米管8×cyclo(WL)n=3,4,5-PNT/POPE 中传输特性的MD 研究 | 第65-83页 |
| ·引言 | 第65-66页 |
| ·模拟体系的构建和理论方法 | 第66-69页 |
| ·模拟体系的构建 | 第66页 |
| ·理论方法 | 第66-68页 |
| ·MD 模拟方法 | 第68-69页 |
| ·结果与讨论 | 第69-80页 |
| ·平衡MD 模拟 | 第69-74页 |
| ·非平衡MD 模拟 | 第74-78页 |
| ·pf /pd 的值 | 第78-80页 |
| ·小结 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-83页 |
| 全文结论 | 第83-86页 |
| 硕士期间发表论文 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
