| 摘要 | 第12-14页 |
| Abstract | 第14-16页 |
| 第一章 大豆胞囊线虫与大豆互作的研究进展 | 第17-32页 |
| 1.1 大豆胞囊线虫病及其危害 | 第17-22页 |
| 1.1.1 大豆胞囊线虫病的分布及症状 | 第17页 |
| 1.1.2 大豆胞囊线虫的形态、侵染过程及生活史 | 第17-20页 |
| 1.1.3 大豆胞囊线虫致病机制和致病相关基因的研究方法 | 第20-22页 |
| 1.2 大豆对大豆胞囊线虫响应的研究方法 | 第22-27页 |
| 1.2.1 组学在大豆与大豆胞囊线虫互作中的应用 | 第22-25页 |
| 1.2.2 分子生物学在大豆与大豆胞囊线虫互作中的应用 | 第25页 |
| 1.2.3 其他技术在大豆与大豆胞囊线虫互作中的应用 | 第25-27页 |
| 1.3 大豆抗线虫相关基因的研究进展 | 第27-32页 |
| 1.3.1 R基因 | 第27-28页 |
| 1.3.2 糖代谢相关基因 | 第28-29页 |
| 1.3.3 其他代谢相关基因 | 第29-32页 |
| 第二章 大豆胞囊线虫胁迫下灰皮支黑豆转录组学研究 | 第32-47页 |
| 2.1 材料与方法 | 第33-35页 |
| 2.1.1 植物生长与大豆胞囊线虫的接种 | 第33页 |
| 2.1.2 线虫侵染试验 | 第33页 |
| 2.1.3 RNA提取反转录以及cDNA文库的构建 | 第33-34页 |
| 2.1.4 测序数据的基因组匹配、注释和分析 | 第34页 |
| 2.1.5 功能注释以及代谢途径富集 | 第34-35页 |
| 2.1.6 qRT-PCR试验 | 第35页 |
| 2.2 结果 | 第35-44页 |
| 2.2.1 大豆胞囊线虫幼虫在灰皮支黑豆和辽豆15的发育差异 | 第35-36页 |
| 2.2.2 RNA-Seq的质量检测、基因组mapping和转录组分析 | 第36-37页 |
| 2.2.3 灰皮支黑豆转录组分析 | 第37-38页 |
| 2.2.4 qPCR鉴定RNASeq数据 | 第38-39页 |
| 2.2.5 功能和聚类分析 | 第39-40页 |
| 2.2.6 代谢途径的富集分析 | 第40-42页 |
| 2.2.7 激素处理对大豆胞囊线虫侵染及其发育的影响 | 第42-44页 |
| 2.3 讨论 | 第44-46页 |
| 2.4 小结 | 第46-47页 |
| 第三章 SCN寄生阶段灰皮支黑豆和辽豆15转录组及蛋白质相互作用网络研究 | 第47-59页 |
| 3.1 材料与方法 | 第47-50页 |
| 3.1.1 试验样本的制备与数据集 | 第47页 |
| 3.1.2 转录组测序数据分析 | 第47-48页 |
| 3.1.3 差异表达分析 | 第48页 |
| 3.1.4 功能注释 | 第48页 |
| 3.1.5 蛋白质相互作用网络的构建与分析 | 第48-50页 |
| 3.2 结果 | 第50-56页 |
| 3.2.1 转录组测序分析 | 第50-51页 |
| 3.2.2 功能富集分析 | 第51-55页 |
| 3.2.3 蛋白质相互作用网络 | 第55-56页 |
| 3.3 讨论 | 第56-58页 |
| 3.4 小结 | 第58-59页 |
| 第四章 灰皮支黑豆与野生大豆响应大豆胞囊线虫侵染的转录组及蛋白质互作网络分析 | 第59-67页 |
| 4.1 材料与方法 | 第59-60页 |
| 4.1.1 数据资源 | 第59页 |
| 4.1.2 转录组分析 | 第59页 |
| 4.1.3 差异表达分析 | 第59-60页 |
| 4.1.4 功能注释 | 第60页 |
| 4.1.5 蛋白质相互作用网络 | 第60页 |
| 4.2 结果 | 第60-65页 |
| 4.2.1 转录组测序分析 | 第60-61页 |
| 4.2.2 差异表达基因的功能注释 | 第61-64页 |
| 4.2.3 灰皮支黑豆和野生大豆S54与SCN互作的蛋白质相互作用网络 | 第64-65页 |
| 4.3 讨论 | 第65-66页 |
| 4.4 小结 | 第66-67页 |
| 第五章 大豆胞囊线虫与灰皮支黑豆互作蛋白质网络的构建及网络关键节点功能预测 | 第67-80页 |
| 5.1 材料与方法 | 第68-69页 |
| 5.1.1 数据集 | 第68页 |
| 5.1.2 数据标准化处理 | 第68页 |
| 5.1.3 工具软件 | 第68页 |
| 5.1.4 数据分析 | 第68-69页 |
| 5.2 结果 | 第69-77页 |
| 5.2.1 SCN胁迫下灰皮支黑豆蛋白质相互作用网络的构建与网络属性分析 | 第69-72页 |
| 5.2.2 灰皮支黑豆网络节点的富集分析 | 第72-73页 |
| 5.2.3 灰皮支黑豆防御与免疫相关网络的构建与功能注释 | 第73-75页 |
| 5.2.4 灰皮支黑豆与大豆胞囊线虫互作的网络模块的挖掘 | 第75-77页 |
| 5.3 讨论 | 第77-78页 |
| 5.4 小结 | 第78-80页 |
| 第六章 抗线虫大豆与SCN互作的蛋白质网络分析及抗线虫机制初探 | 第80-93页 |
| 6.1 材料与方法 | 第80-81页 |
| 6.1.1 数据集 | 第80页 |
| 6.1.2 数据分析 | 第80-81页 |
| 6.2 结果 | 第81-91页 |
| 6.2.1 抗胞囊线虫大豆在大豆胞囊线虫侵染后的基因表达 | 第81页 |
| 6.2.2 抗线虫大豆响应大豆胞囊线虫侵染的蛋白质相互作用网络 | 第81-90页 |
| 6.2.3 抗胞囊线虫大豆网络Hub节点在网络中的作用 | 第90-91页 |
| 6.3 讨论 | 第91-92页 |
| 6.4 小结 | 第92-93页 |
| 第七章 全文结论 | 第93-95页 |
| 7.1 大豆胞囊线虫胁迫下灰皮支黑豆转录组学研究 | 第93页 |
| 7.2 SCN寄生阶段灰皮支黑豆和辽豆15转录组及蛋白质相互作用网络研究 | 第93页 |
| 7.3 灰皮支黑豆与野生大豆响应大豆胞囊线虫侵染的转录组及蛋白质互作网络分析 | 第93-94页 |
| 7.4 大豆胞囊线虫与灰皮支黑豆互作蛋白质网络构建及网络关键节点功能预测 | 第94页 |
| 7.5 抗线虫大豆与SCN互作蛋白质网络分析及抗线虫机制初探 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-103页 |
| 附录 | 第103-105页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
