| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第1章 玉米17个农艺性状的全基因组关联分析 | 第13-43页 |
| 1.1 前言 | 第13-20页 |
| 1.1.1 研究问题的由来 | 第13-14页 |
| 1.1.2 复杂农艺性状的关联分析研究 | 第14-16页 |
| 1.1.3 基因型推算 | 第16-19页 |
| 1.1.4 关联分析的统计模型 | 第19-20页 |
| 1.2 材料与方法 | 第20-27页 |
| 1.2.1 关联群体及其表型鉴定 | 第20页 |
| 1.2.2 QTL定位 | 第20-21页 |
| 1.2.3 基本的统计分析和混合线性模型关联分析 | 第21-23页 |
| 1.2.4 基因型推算及其准确率 | 第23-24页 |
| 1.2.5 表型模拟方法 | 第24-25页 |
| 1.2.6 Anderson-Darling检验 | 第25-27页 |
| 1.3 结果与分析 | 第27-40页 |
| 1.3.1 17个农艺性状的表型变异 | 第27-31页 |
| 1.3.2 SNPs映射和推算 | 第31页 |
| 1.3.3 推算基因型提高关联分析的检测效力 | 第31-32页 |
| 1.3.4 使用MLM对17个农艺性状进行全基因组关联分析 | 第32-33页 |
| 1.3.5 Anderson-Darling test,关联分析的可选模型 | 第33-36页 |
| 1.3.6 不同的关联分析模型的比较 | 第36-38页 |
| 1.3.7 QTL和关联分析候选基因的共定位分析 | 第38-40页 |
| 1.4 讨论 | 第40-43页 |
| 第2章 MO17和大刍草(ZEA MAYS SSP.MEXICANA)基因组组装 | 第43-78页 |
| 2.1 前言 | 第43-46页 |
| 2.1.1 研究可行性 | 第43-44页 |
| 2.1.2 大刍草(teosinte)简介 | 第44-45页 |
| 2.1.3 自发突变研究的意义 | 第45-46页 |
| 2.2 材料和方法 | 第46-60页 |
| 2.2.1 材料种植和测序建库所用的DNA提取 | 第46页 |
| 2.2.2 短插入片段(paired-end)库和长插入片段(mate-pair)库的构建 | 第46-47页 |
| 2.2.3 PacBio DNA测序 | 第47页 |
| 2.2.4 测序短片段(reads)的质量控制和文库插入片段大小估计 | 第47-49页 |
| 2.2.5 使用Illumina和PacBio长reads进行混合组装 | 第49-50页 |
| 2.2.6 TM104的NRGene组装 | 第50-53页 |
| 2.2.7 scaffolds锚定 | 第53页 |
| 2.2.8 基因注释 | 第53-54页 |
| 2.2.9 正选择分析 | 第54-55页 |
| 2.2.10 重复序列的鉴定 | 第55-56页 |
| 2.2.11 小插入缺失(InDels)的分析 | 第56页 |
| 2.2.12 获得/缺失变异(PAVs)的检测 | 第56页 |
| 2.2.13 SNP鉴定及其交叉验证 | 第56-57页 |
| 2.2.14 自发点突变的鉴定和突变速率的计算 | 第57-58页 |
| 2.2.15 基因渗透 | 第58-59页 |
| 2.2.16 表型鉴定和QTL定位 | 第59-60页 |
| 2.3 结果与分析 | 第60-76页 |
| 2.3.1 基于全新的遗传设计进行基因组组装 | 第60-66页 |
| 2.3.2 不同基因组间结构变异的鉴定 | 第66-71页 |
| 2.3.3 mexicana基因组对现代玉米适应性和改良的贡献 | 第71-72页 |
| 2.3.4 玉米基因组的自发突变的模式 | 第72-76页 |
| 2.4 讨论 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-100页 |
| 附录 | 第100-130页 |
| 作者简介及发表论文 | 第130-132页 |
| 致谢 | 第132-133页 |
