| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| List of Abbreviations | 第15-16页 |
| 1 Introduction | 第16-29页 |
| 1.1 Poultry Escherichia coli | 第16页 |
| 1.2 Antibiotic Resistance in Poultry E. coli | 第16-19页 |
| 1.3 Resistant Factors | 第19-20页 |
| 1.4 β-lactamases | 第20页 |
| 1.5 Biofilm Formation | 第20-21页 |
| 1.6 Adhesion, Invasion and Intracellular Survivability | 第21-22页 |
| 1.7 Virulent Factors | 第22-23页 |
| 1.8 Whole Genome Resequencing | 第23-24页 |
| 1.9 ARDB and VFDB | 第24-25页 |
| 1.10 RNA-Seq Based Transcriptome Sequencing | 第25-26页 |
| 1.11 Zoonotic importance of Poultry E. coli | 第26-27页 |
| 1.12 Aims and Objectives of Study | 第27-29页 |
| 2 Materials and Methods | 第29-59页 |
| 2.1 Bacterial Strains | 第29页 |
| 2.2 Species Confirmation and Antimicrobial Susceptibility Test | 第29页 |
| 2.3 Identification of β-Lactamase Producing Isolates | 第29-31页 |
| 2.3.1 Phenotypic Confirmation by Double-disk Synergy Test | 第30页 |
| 2.3.2 Genotypic Confirmation PCR | 第30-31页 |
| 2.4 Antibiotic Resistant Genes Identification | 第31-35页 |
| 2.5 Adhesion, Invasion and Intracellular Survivability Assays | 第35-37页 |
| 2.5.1 Growth Conditions | 第35-36页 |
| 2.5.2 Adhesion and Invasion Assays | 第36页 |
| 2.5.3 Intracellular Survivability Assay | 第36-37页 |
| 2.6 Biofilm Formation Assay | 第37页 |
| 2.7 Determination of Lethal Dose 50 (LD50) | 第37-38页 |
| 2.8 Virulent Genes Identification | 第38-41页 |
| 2.9 Whole Genome Resequencing | 第41-48页 |
| 2.9.1 Sample Preparation | 第41页 |
| 2.9.2 Illumina Platform | 第41-42页 |
| 2.9.3 Bioinformatics Analysis | 第42-43页 |
| 2.9.4 Genome Sequencing and Assembly | 第43页 |
| 2.9.5 Data Filtering | 第43-44页 |
| 2.9.6 Genome Assembly | 第44页 |
| 2.9.7 Comparative Genomics Analysis | 第44-45页 |
| 2.9.8 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Detection | 第45-46页 |
| 2.9.9 Species Evolutionary Relationship | 第46页 |
| 2.9.10 Identification of Acquired Antibiotic Resistance and Virulence Genes | 第46-48页 |
| 2.10 RNA-Seq Based transcriptome analysis | 第48-58页 |
| 2.10.1 RNA extraction and purification | 第48-51页 |
| 2.10.2 RNA-Seq protocol | 第51-55页 |
| 2.10.3 Validation of library | 第55页 |
| 2.10.4 Differential gene expression analysis | 第55-56页 |
| 2.10.5 Bioinformatics analysis | 第56页 |
| 2.10.6 Validation by RT-qPCR | 第56-58页 |
| 2.11 Statistical Analysis | 第58-59页 |
| 3 Results | 第59-104页 |
| 3.1 Bacterial Isolation and Antimicrobial Susceptibility Test | 第59-63页 |
| 3.2 β-Lactamase Identification | 第63-66页 |
| 3.2.1 Phenotypic Confirmation by Double-disk Synergy Test | 第63-65页 |
| 3.2.2 Genotypic Confirmation by PCR | 第65-66页 |
| 3.3 Antibiotic Resistant Genes Identification by PCR | 第66-68页 |
| 3.4 Adhesion, Invasion and Survivability Assay | 第68-72页 |
| 3.4.1 Caco-2 Cells | 第68-69页 |
| 3.4.2 RAW 264.7 Cells | 第69-72页 |
| 3.5 Biofilm Formation | 第72页 |
| 3.6 Determination of Lethal Dose (LD50) | 第72-73页 |
| 3.7 Virulent Genes Identification by PCR | 第73-76页 |
| 3.8 Whole Genome Resequencing Analysis | 第76-90页 |
| 3.8.1 Overview of Illumina Data | 第76页 |
| 3.8.2 Genome Profile | 第76页 |
| 3.8.3 Genome Assembly | 第76-78页 |
| 3.8.4 Comparative genomics | 第78页 |
| 3.8.5 Reference Genome Homology | 第78-79页 |
| 3.8.6 SNP Detection and Annotation | 第79-82页 |
| 3.8.7 Ka/Ks Mutation Ratio | 第82-83页 |
| 3.8.8 InDel Detection and Annotation | 第83-85页 |
| 3.8.9 Species Evolution | 第85-86页 |
| 3.8.10 Identification of Acquired Resistance and Virulence Genes | 第86-90页 |
| 3.9 RNA-Seq Based Transcriptome Analysis | 第90-104页 |
| 3.9.1 RNA Extraction and Quality | 第90-91页 |
| 3.9.2 Library Construction and Quality | 第91-92页 |
| 3.9.3 Quality of Raw Sequencing Reads | 第92-93页 |
| 3.9.4 Differential Gene Analysis | 第93页 |
| 3.9.5 Bioinformatics analysis | 第93-96页 |
| 3.9.6 Up-regulated Genes | 第96-100页 |
| 3.9.7 Down-regulated genes | 第100-101页 |
| 3.9.8 Validation of RNA-Seq Results by RT-qPCR | 第101-104页 |
| 4 Discussion | 第104-124页 |
| 4.1 Antibiotic Resistance and Multidrug Resistance | 第104-105页 |
| 4.2 Detection of β-lactamase Producing Isolates | 第105-106页 |
| 4.3 Detection of Resistant Genes | 第106页 |
| 4.4 Biofilm Formation | 第106-107页 |
| 4.5 Adhesion, Invasion and Intracellular Survivability | 第107-108页 |
| 4.6 Identification of Virulent Genes | 第108-109页 |
| 4.7 Whole Genome Resequencing | 第109-111页 |
| 4.8 Resistance Determinants and Their Regulatory Mechanism | 第111-114页 |
| 4.9 Virulence Determinants and Their Regulatory Mechanism | 第114-117页 |
| 4.10 Metal Homeostasis | 第117-119页 |
| 4.11 Stress Tolerance | 第119-121页 |
| 4.12 Mobile Genetic Elements | 第121-122页 |
| 4.13 Conclusion | 第122-124页 |
| 5 Summary | 第124-127页 |
| 6 References | 第127-147页 |
| 7 Appendix | 第147-262页 |
| 7.1 Supplementary Methods | 第147-149页 |
| 7.2 Supplementary Materials | 第149-262页 |
| 8 Acknowledgement | 第262-263页 |
| 9 Publications | 第263-265页 |
| 10 CURRICULUM VITAE | 第265-268页 |
