| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 缩略词表 | 第8-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-27页 |
| 1.体细胞重编程技术简介 | 第11-17页 |
| 1.1 体细胞核移植介导的重编程技术 | 第12-13页 |
| 1.2 外源转录因子诱导的重编程技术 | 第13-14页 |
| 1.3 转分化 | 第14-15页 |
| 1.3.1 谱系重编程(LR) | 第14-15页 |
| 1.3.2 直接重编程(PDR) | 第15页 |
| 1.4 其他重编程技术 | 第15-16页 |
| 1.4.1 MicroRNA介导的重编程 | 第15页 |
| 1.4.2 小分子诱导介导的重编程 | 第15-16页 |
| 1.4.3 细胞融合 | 第16页 |
| 1.5 提高重编程效率的策略 | 第16-17页 |
| 2.转录因子和小分子在体细胞重编程过程中发挥重要作用 | 第17-21页 |
| 2.1 体细胞重编程过程中的转录因子调控 | 第18-19页 |
| 2.2 体细胞重编程过程中的小分子调控 | 第19-21页 |
| 3.体细胞重编程相关的表观遗传修饰 | 第21-27页 |
| 3.1 染色质状态 | 第22-23页 |
| 3.2 DNA甲基化/去甲基化 | 第23-24页 |
| 3.3 RNA甲基化 | 第24-25页 |
| 3.4 组蛋白修饰 | 第25-27页 |
| 第二章 利用单细胞克隆胚胎转录组挖掘体细胞重编程新的分子标记 | 第27-83页 |
| 1.引言 | 第27-28页 |
| 2.数据来源和分析方法 | 第28-32页 |
| 2.1 数据来源 | 第28-29页 |
| 2.2 RNA-seq数据分析 | 第29-30页 |
| 2.3 差异表达分析 | 第30-31页 |
| 2.4 基因功能富集分析 | 第31页 |
| 2.5 统计分析与可视化 | 第31-32页 |
| 3.结果 | 第32-78页 |
| 3.1 核移植转录组图谱的全局分析 | 第32-36页 |
| 3.1.1 体细胞核移植的过程示意图 | 第32页 |
| 3.1.2 组内表达数据的可靠性分析 | 第32-33页 |
| 3.1.3 转录组进化关系分析 | 第33-34页 |
| 3.1.4 差异表达基因数目 | 第34-35页 |
| 3.1.5 PCA全局表达谱分析 | 第35-36页 |
| 3.2 核移植2-cell阻滞和未阻滞胚胎的转录组分析 | 第36-45页 |
| 3.2.1 WT胚胎的ZGA分析 | 第36-38页 |
| 3.2.2 核移植2-细胞表达谱系分析 | 第38-40页 |
| 3.2.3 核移植胚胎2-细胞激活基因 | 第40-42页 |
| 3.2.4 ZGA基因聚类分析 | 第42-45页 |
| 3.3 核移植4-细胞阻滞或未阻滞胚胎的转录组分析 | 第45-51页 |
| 3.3.1 差异表达基因 | 第45-46页 |
| 3.3.2 差异表达基因功能分析 | 第46-51页 |
| 3.4 核移植胚胎阻滞关键分子标记的识别 | 第51-66页 |
| 3.4.1 转录因子表达分析 | 第51-55页 |
| 3.4.2 核移植重编程相关小分子表达分析 | 第55-57页 |
| 3.4.3 多能性维持基因分析 | 第57-60页 |
| 3.4.4 DNA去甲基化酶 | 第60-63页 |
| 3.4.7 RNA去甲基化基因 | 第63-64页 |
| 3.4.8 共表达网络分析 | 第64-66页 |
| 3.5 组蛋白去甲基化酶可以克服SCNT胚胎发育阻滞 | 第66-78页 |
| 3.5.1 Kdm4b/4d可以克服SCNT胚胎ZGA的缺陷 | 第66-74页 |
| 3.5.1.1 T-SNE分析 | 第67页 |
| 3.5.1.2 差异表达基因分析 | 第67-68页 |
| 3.5.1.3 聚类分析 | 第68-69页 |
| 3.5.1.4 关键激活基因的识别 | 第69-74页 |
| 3.5.2 Kdm5b可以克服核移植4-细胞发育阻滞 | 第74-77页 |
| 3.5.2.1 T-SNE分析 | 第74-75页 |
| 3.5.2.2 差异表达分析 | 第75-76页 |
| 3.5.2.3 关键激活基因识别 | 第76-77页 |
| 3.5.3 基因共表达网络分析 | 第77-78页 |
| 4.讨论 | 第78-82页 |
| 5.展望 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-92页 |
| 附录 | 第92-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第98页 |
