| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略词说明 | 第10-13页 |
| 第一章 综述肠道菌群与结直肠癌相关性的宏基因组学研究进展 | 第13-20页 |
| 1.1 引言 | 第13页 |
| 1.2 人体肠道菌群概述 | 第13-14页 |
| 1.3 宏基因组学概述 | 第14-15页 |
| 1.4 肠道菌群的宏基因组学研究 | 第15-16页 |
| 1.5 肠道菌群与结直肠癌的研究进展 | 第16-18页 |
| 1.5.1 利用肠道黏膜样品 | 第16-17页 |
| 1.5.2 利用粪便样品 | 第17-18页 |
| 1.6 肠道菌群与结直肠癌发生的模式 | 第18-20页 |
| 1.6.1 Alpha-bug模型 | 第18页 |
| 1.6.2 Driver-passenger模型 | 第18-20页 |
| 第二章 论文选题意义及研究内容 | 第20-22页 |
| 第三章 肠道菌群的检测和鉴定 | 第22-43页 |
| 3.1 材料和方法 | 第22-37页 |
| 3.1.1 实验试剂和仪器 | 第22-23页 |
| 3.1.2 研究对象的选择和样本的收集 | 第23-27页 |
| 3.1.3 样品制备和DNA提取 | 第27-29页 |
| 3.1.4 454-扩增子焦磷酸测序 | 第29-35页 |
| 3.1.5 测序数据质量控制 | 第35-36页 |
| 3.1.6 细菌OTU的鉴定 | 第36页 |
| 3.1.7 统计学分析 | 第36-37页 |
| 3.2 结果 | 第37-41页 |
| 3.2.1 两组研究对象性别比、年龄及BMI的比较 | 第37页 |
| 3.2.2 样本收集与数据的获取 | 第37-41页 |
| 3.3 讨论 | 第41-42页 |
| 3.4 小结 | 第42-43页 |
| 第四章 Driver细菌和Passenger细菌的鉴定及其共发生关系 | 第43-56页 |
| 4.1 正常肠道、腺瘤性息肉和结直肠癌黏膜附着肠道菌群的主成分分析 | 第43-45页 |
| 4.2 Driver细菌和Passenger细菌的初步鉴定 | 第45-51页 |
| 4.3 Driver细菌和Passenger细菌的共发生网络分析 | 第51-53页 |
| 4.4 讨论 | 第53-55页 |
| 4.5 小结 | 第55-56页 |
| 第五章 总结和展望 | 第56-59页 |
| 5.1 总结 | 第56-57页 |
| 5.2 展望 | 第57-59页 |
| 5.2.1 样本量 | 第57页 |
| 5.2.2 结直肠癌发展阶段的缺失 | 第57页 |
| 5.2.3 益生菌和益生元对于肠道菌群的调节 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-64页 |
| 致谢 | 第64-66页 |
| 附录A：攻读硕士期间论文发表情况 | 第66页 |
