| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 英文缩写符号及中英文对照表 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-23页 |
| 1.1 引言 | 第13页 |
| 1.2 种子植物胚珠的形态结构与演化研究 | 第13-16页 |
| 1.2.1 被子植物胚珠形态结构与演化研究 | 第13-15页 |
| 1.2.2 裸子植物胚珠形态结构与演化研究 | 第15-16页 |
| 1.3 胚珠的起源 | 第16-17页 |
| 1.4 胚珠的分子生物学研究 | 第17-18页 |
| 1.4.1 被子植物胚珠分子生物学研究 | 第17页 |
| 1.4.2 裸子植物胚珠的分子生物学研究 | 第17-18页 |
| 1.5 胚珠与营养器官间的特征性比较 | 第18-19页 |
| 1.6 银杏的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.6.1 银杏的起源与演化 | 第19页 |
| 1.6.2 银杏生殖生物学以及分子生物学研究 | 第19-20页 |
| 1.7 RNA-seq技术的研究与应用 | 第20-22页 |
| 1.7.1 测序技术的发展历程 | 第20-21页 |
| 1.7.2 转录组测序的概念及应用研究 | 第21页 |
| 1.7.3 转录组测序与数字基因表达谱(DGE)测序的关系 | 第21-22页 |
| 1.7.4 裸子植物转录组联合数字基因表达谱测序应用研究 | 第22页 |
| 1.8 本研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-37页 |
| 2.1 银杏叶片转录组样品的采集、制备与测序 | 第23-25页 |
| 2.1.1 植物材料与处理 | 第23页 |
| 2.1.2 试验主要仪器与试剂 | 第23页 |
| 2.1.3 所需试剂的配制 | 第23-24页 |
| 2.1.4 试验方法 | 第24-25页 |
| 2.2 银杏叶片转录组数据分析 | 第25-27页 |
| 2.2.1 数据过滤 | 第25页 |
| 2.2.2 序列组装 | 第25-26页 |
| 2.2.3 Unigene的功能注释 | 第26-27页 |
| 2.3 银杏叶片与胚珠的表达谱样品采集、制备与测序 | 第27-28页 |
| 2.3.1 植物材料与处理 | 第27页 |
| 2.3.2 试验主要仪器与试剂 | 第27页 |
| 2.3.3 所需试剂的配制 | 第27页 |
| 2.3.4 试验方法 | 第27-28页 |
| 2.4 银杏叶片与胚珠表达谱测序分析 | 第28-31页 |
| 2.4.1 测序流程 | 第28页 |
| 2.4.2 数据的过滤 | 第28页 |
| 2.4.3 测序质量评估 | 第28-29页 |
| 2.4.4 数据比对统计 | 第29页 |
| 2.4.5 饱和度分析 | 第29页 |
| 2.4.6 随机性分析 | 第29页 |
| 2.4.7 基因表达定量 | 第29页 |
| 2.4.8 差异表达基因的筛选 | 第29-30页 |
| 2.4.9 差异基因表达模式聚类分析 | 第30页 |
| 2.4.10 差异基因的GO功能分类及显著性富集分析 | 第30页 |
| 2.4.11 KEGG pathway显著性富集分析 | 第30-31页 |
| 2.5 银杏叶片与胚珠的形态及解剖学观察 | 第31-32页 |
| 2.5.1 植物材料 | 第31页 |
| 2.5.2 试验主要仪器与试剂 | 第31页 |
| 2.5.3 所需试剂的配制 | 第31页 |
| 2.5.4 试验方法 | 第31-32页 |
| 2.6 荧光定量PCR验证实验 | 第32-37页 |
| 2.6.1 植物材料 | 第32页 |
| 2.6.2 试验主要仪器与试剂 | 第32-33页 |
| 2.6.3 试验方法 | 第33-36页 |
| 2.6.4 相对表达水平的计算方法 | 第36-37页 |
| 第三章 结果与分析 | 第37-70页 |
| 3.1 银杏叶片与胚珠总RNA提取质量评估 | 第37页 |
| 3.2 银杏叶片高通量测序与序列组装 | 第37-39页 |
| 3.2.1 转录组测序产量统计及质量评估 | 第37-38页 |
| 3.2.2 序列de novo组装及质量评估 | 第38-39页 |
| 3.3 Unigenes的功能注释 | 第39-46页 |
| 3.3.1 5个数据库的注释信息 | 第39-42页 |
| 3.3.2 代谢途径的分析 | 第42-44页 |
| 3.3.3 转录因子分析 | 第44页 |
| 3.3.4 发育相关基因 | 第44-46页 |
| 3.4 银杏叶片与胚珠数字基因表达谱分析结果 | 第46-58页 |
| 3.4.1 DGE参考序列的组成 | 第46-47页 |
| 3.4.2 测序质量及序列比对结果 | 第47-49页 |
| 3.4.3 基因表达定量分析 | 第49-53页 |
| 3.4.4 差异表达基因的筛选 | 第53-54页 |
| 3.4.5 差异表达基因GO及KEGG功能显著性富集分析 | 第54-58页 |
| 3.5 主要功能类群的高度差异表达基因的确定及荧光定量验证 | 第58-62页 |
| 3.5.1 主要功能类群的高度差异表达基因的确定 | 第58-61页 |
| 3.5.2 荧光定量验证 | 第61-62页 |
| 3.6 叶片与胚珠的形态与结构比较 | 第62-63页 |
| 3.7 光合过程相关的共同表达基因确定及荧光定量验证 | 第63-70页 |
| 3.7.1 光合过程相关的共同表达基因确定 | 第63-68页 |
| 3.7.2 荧光定量验证 | 第68-70页 |
| 第四章 小结与讨论 | 第70-74页 |
| 4.1 高通量测序、组装、功能注释和DEG构建 | 第70-71页 |
| 4.2 器官间差异表达功能基因的确定 | 第71-72页 |
| 4.3 银杏叶片与胚珠间的同源性比较 | 第72-73页 |
| 4.4 银杏胚珠与其他种子植物胚珠发育基因的比较 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 在学期间发表的学术论文 | 第83-84页 |
