| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 课题研究背景及意义 | 第10-11页 |
| 1.2 研究现状及发展趋势 | 第11-15页 |
| 1.2.1 相关研究工作 | 第11-14页 |
| 1.2.2 存在的问题 | 第14-15页 |
| 1.3 本文组织结构 | 第15-16页 |
| 第2章 精确串匹配算法综述和其他概念介绍 | 第16-31页 |
| 2.1 基于前缀搜索的算法 | 第17-20页 |
| 2.1.1 Knuth-Morris-Pratt算法 | 第17-19页 |
| 2.1.2 Shift-And/Shift-Or算法 | 第19-20页 |
| 2.2 基于后缀搜索的算法 | 第20-23页 |
| 2.2.1 BM算法 | 第20-23页 |
| 2.2.2 QS算法 | 第23页 |
| 2.3 基于子串搜索的算法 | 第23-25页 |
| 2.3.1 BOM算法 | 第23-24页 |
| 2.3.2 SBDM算法和SBOM算法 | 第24-25页 |
| 2.4 生物信息学基本概念 | 第25-28页 |
| 2.4.1 核酸 | 第25页 |
| 2.4.2 蛋白质 | 第25-26页 |
| 2.4.3 高通量测序结果FASTA格式 | 第26-27页 |
| 2.4.4 高通量测序结果FASTQ格式 | 第27-28页 |
| 2.5 Intel SSE指令集介绍 | 第28-31页 |
| 第3章 IEPSM算法设计与实现 | 第31-40页 |
| 3.1 位并行 | 第31-32页 |
| 3.2 块字符 | 第32页 |
| 3.3 Four-Russians | 第32-33页 |
| 3.4 模拟指令介绍 | 第33-36页 |
| 3.4.1 字长比较指令 | 第33-34页 |
| 3.4.2 字长匹配指令 | 第34-35页 |
| 3.4.3 字长翻转指令 | 第35-36页 |
| 3.4.4 字长CRC码计算指令 | 第36页 |
| 3.5 串长大于等于 12 | 第36-38页 |
| 3.6 串长大于等于4且小于 12 | 第38-40页 |
| 第4章 算法实验结果与分析 | 第40-47页 |
| 4.1 测试环境 | 第40页 |
| 4.2 测试算法选取 | 第40页 |
| 4.3 测试集选取 | 第40-41页 |
| 4.4 参数调优实验 | 第41-42页 |
| 4.5 算法对比实验 | 第42-47页 |
| 4.5.1 算法效率 | 第42-46页 |
| 4.5.2 算法灵活性 | 第46-47页 |
| 第5章 云平台下串匹配算法的集成实现 | 第47-54页 |
| 5.1 基于Hadoop的云平台搭建 | 第47-50页 |
| 5.2 系统设计和演示 | 第50-53页 |
| 5.3 系统实现模块 | 第53-54页 |
| 5.3.1 类RMNote | 第53页 |
| 5.3.2 类GetData | 第53页 |
| 5.3.3 类NodeJob | 第53-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-58页 |
| 攻读学位期间发表论文与研究成果清单 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |