| 摘要 | 第7-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 一 前言 | 第10-14页 |
| 1.1 基因表达调控的研究 | 第10-11页 |
| 1.2 水稻的研究现状 | 第11-12页 |
| 1.3 水稻与稻瘟病菌的互作 | 第12-13页 |
| 1.4 转录组测序的应用 | 第13页 |
| 1.5 研究意义 | 第13-14页 |
| 二 材料与方法 | 第14-25页 |
| 2.1 实验材料 | 第14页 |
| 2.1.1 水稻品种的选择 | 第14页 |
| 2.1.2 菌株选择 | 第14页 |
| 2.2 实验方法 | 第14-18页 |
| 2.2.1 实验材料处理流程 | 第14页 |
| 2.2.2 稻瘟病菌致病性实验 | 第14页 |
| 2.2.3 RNA的提取 | 第14-15页 |
| 2.2.4 cDNA文库的构建 | 第15-16页 |
| 2.2.5 Real-time PCR验证 | 第16-18页 |
| 2.3 生物信息学分析 | 第18-25页 |
| 2.3.1 转录组测序及测序质量检测 | 第18页 |
| 2.3.2 测序数据过滤 | 第18-20页 |
| 2.3.3 短序列reads比对到参考基因组 | 第20页 |
| 2.3.4 转录本的拼接及合并 | 第20页 |
| 2.3.5 表达丰度计算 | 第20-21页 |
| 2.3.6 重复性检验及表达量数据检验 | 第21页 |
| 2.3.7 差异表达分析 | 第21-22页 |
| 2.3.8 GO (Gene Ontology)功能富集和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes)信号通路富集分析 | 第22-23页 |
| 2.3.9 表达趋势分析 | 第23页 |
| 2.3.10 比较基因组分析 | 第23-24页 |
| 2.3.11 核酸多态性分析 | 第24-25页 |
| 三 实验结果 | 第25-40页 |
| 3.1 所选菌株对水稻的致病性检验 | 第25页 |
| 3.2 测序数据过滤 | 第25页 |
| 3.3 Reads比对结果及基因覆盖度统计 | 第25-29页 |
| 3.4 重复性检验及表达量验证 | 第29-30页 |
| 3.5 差异表达分析 | 第30-33页 |
| 3.6 NPB和93-11两种水稻基因组的比较分析 | 第33-35页 |
| 3.7 直系同源基因的表达差异 | 第35-36页 |
| 3.8 表达差异与高水平核酸多态性显著相关 | 第36-37页 |
| 3.9 转录因子结合位点在特异响应基因中呈现多态性 | 第37-40页 |
| 四 结论与讨论 | 第40-42页 |
| 4.1 基因的表达调控 | 第40页 |
| 4.2 粳稻与籼稻对稻瘟病菌的不同抗性 | 第40页 |
| 4.3 转录组水平揭示水稻同源基因的差异表达模式 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-48页 |
| 攻读学位期间的学术论文与研究成果 | 第48-49页 |
| 致谢 | 第49页 |
