| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 英文缩略词表 | 第9-10页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 第1章 前言 | 第13-23页 |
| 1.1 引言 | 第13-14页 |
| 1.2 真菌非编码RNA | 第14-17页 |
| 1.2.1 真菌非编码RNA的发现 | 第14-15页 |
| 1.2.2 真菌非编码RNA的种类 | 第15页 |
| 1.2.3 真菌非编码RNA的生物学功能 | 第15-16页 |
| 1.2.4 真菌非编码RNA研究新策略与重要发现 | 第16-17页 |
| 1.3 白色念珠菌 | 第17-20页 |
| 1.3.1 白色念珠菌的基本特征 | 第17-18页 |
| 1.3.3 白色念珠菌的形态转换及其调控 | 第18-20页 |
| 1.3.4 白色念珠菌非编码RNA研究现状 | 第20页 |
| 1.4 白色念珠菌非编码RNA研究意义 | 第20-21页 |
| 1.5 本课题研究的目的与意义 | 第21-23页 |
| 第2章 实验材料 | 第23-26页 |
| 2.1 样本来源 | 第23页 |
| 2.2 主要仪器设备 | 第23-24页 |
| 2.3 试剂与耗材 | 第24页 |
| 2.3.1 白色念珠菌培养试剂与耗材 | 第24页 |
| 2.3.2 分子实验试剂与耗材 | 第24页 |
| 2.4 使用的数据库及分析软件 | 第24-26页 |
| 第3章 实验方法 | 第26-35页 |
| 3.1 白色念珠菌菌丝诱导 | 第26-27页 |
| 3.1.1 培养基配制 | 第26页 |
| 3.1.2 菌丝诱导实验步骤 | 第26-27页 |
| 3.2 白色念珠菌酵母型与菌丝型细胞总RNA提取与质检 | 第27-29页 |
| 3.2.1 试剂配制 | 第27页 |
| 3.2.2 热酚法提取总RNA | 第27-28页 |
| 3.2.3 总RNA质量检测 | 第28-29页 |
| 3.3 白色念珠菌小RNA建库与测序 | 第29-31页 |
| 3.3.1 小RNA文库的构建与测序 | 第29页 |
| 3.3.2 高通量测序相关的基本概念 | 第29-30页 |
| 3.3.3 原始数据的特点与基本处理 | 第30-31页 |
| 3.4 小RNA测序数据的生物信息学分析 | 第31-35页 |
| 3.4.1 小RNA数据的基本信息统计 | 第32页 |
| 3.4.2 小RNA数据的基因组定位与分布情况 | 第32-33页 |
| 3.4.3 小RNA在C. albicans已知非编码RNA库上的分布情况 | 第33页 |
| 3.4.4 定位在已知小RNA类群上的reads信息分析 | 第33页 |
| 3.4.5 候选miRNA-like小分子RNA基因的挖掘 | 第33-34页 |
| 3.4.6 不同样品基因表达谱特征与基因表达差异分析 | 第34-35页 |
| 第4章 实验结果 | 第35-63页 |
| 4.1 白色念珠菌菌丝诱导 | 第35-36页 |
| 4.2 白色念珠菌酵母型与菌丝型细胞总RNA提取与质检 | 第36-37页 |
| 4.2.1 1%琼脂糖凝胶电泳检测总RNA质量 | 第36-37页 |
| 4.2.2 Agilent2100检测总RNA质量 | 第37页 |
| 4.3 小RNA测序所得原始数据的基本处理 | 第37-38页 |
| 4.4 小RNA clean reads的基本信息统计 | 第38-44页 |
| 4.4.1 小RNA clean reads长度分布统计 | 第38-40页 |
| 4.4.2 小RNA clean reads碱基质量分布与碱基偏好性 | 第40-44页 |
| 4.5 小RNA clean reads的基因组定位与分布 | 第44-48页 |
| 4.6 源于已知非编码RNA的小RNA特征分析 | 第48-53页 |
| 4.7 候选miRNA-like基因的挖掘 | 第53-56页 |
| 4.8 基因差异表达分析 | 第56-63页 |
| 第5章 讨论 | 第63-66页 |
| 5.1 白色念珠菌菌丝诱导与总RNA提取 | 第63-64页 |
| 5.2 高通量测序是分析真菌非编码RNA的重要方法 | 第64页 |
| 5.3 白色念珠菌功能性非编码RNA研究的重要性 | 第64-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第71页 |
