| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-22页 |
| ·引言 | 第14页 |
| ·黄萎病菌致病机制的研究进展 | 第14-21页 |
| ·黄萎病菌的侵染过程 | 第14-16页 |
| ·黄萎病菌的致病因子 | 第16-18页 |
| ·黄萎病菌致病机制研究方法 | 第18-20页 |
| ·植物病原菌基因组学研究进展 | 第20-21页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第21-22页 |
| 第二章 高毒菌株 VDG1 和低毒菌株 VDG2 的全基因组测序及比较分析 | 第22-71页 |
| ·引言 | 第22页 |
| ·材料与方法 | 第22-27页 |
| ·菌株来源及致病性特征 | 第22-23页 |
| ·菌株致病性检验 | 第23页 |
| ·基因组 DNA 提取 | 第23页 |
| ·基因组测序及组装 | 第23-24页 |
| ·基因组组分预测与注释 | 第24-25页 |
| ·种间基因家族聚类 | 第25页 |
| ·菌株特异基因筛选 | 第25页 |
| ·基因水平转移分析 | 第25-26页 |
| ·遗传密码子应用率分析 | 第26页 |
| ·基因定向敲除 | 第26-27页 |
| ·结果与分析 | 第27-68页 |
| ·基因组测序及组装 | 第27-30页 |
| ·基因组基本特征 | 第30-35页 |
| ·与其他植物致病真菌的同源基因聚类 | 第35-38页 |
| ·CAZY 酶类与 PHI 相关基因 | 第38-45页 |
| ·分泌蛋白 | 第45-50页 |
| ·激酶和转录因子 | 第50-52页 |
| ·转运系统相关 | 第52-56页 |
| ·菌株特异基因 | 第56-64页 |
| ·菌株特异基因在群体中的分布 | 第64-65页 |
| ·VDG1 特异基因的突变体 | 第65-68页 |
| ·讨论 | 第68-71页 |
| 第三章 不同毒力菌株重测序分析 | 第71-90页 |
| ·引言 | 第71页 |
| ·材料与方法 | 第71-74页 |
| ·重测序菌株与基因组 DNA 提取 | 第71-72页 |
| ·重测序与 mapping | 第72页 |
| ·菌株 SNP 获取和质量评测 | 第72-73页 |
| ·多菌株进化树构建 | 第73-74页 |
| ·mapping 以及 unmapped reads 组装与注释 | 第74页 |
| ·群体间 PAV 基因的鉴定 | 第74页 |
| ·结果与分析 | 第74-87页 |
| ·测序，与参照基因组 mapping | 第74-77页 |
| ·SNP 统计分析 | 第77-78页 |
| ·种群进化 | 第78-83页 |
| ·两组病原菌重测序数据 unmapped reads 组装分析 | 第83-84页 |
| ·种群间 PAV 基因 | 第84-86页 |
| ·重测序菌株在我国主要产棉区的分布 | 第86-87页 |
| ·讨论 | 第87-90页 |
| 第四章 全文结论 | 第90-92页 |
| ·深入了解我国黄萎病菌种群的遗传学基础 | 第90页 |
| ·黄萎病菌致病机制研究的基因组学平台 | 第90页 |
| ·获得大量黄萎病菌致病相关基因 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-103页 |
| 附录 | 第103-106页 |
| 附表 1 菌株 VDG1 和 VDG2 基因 NOG 注释归类 | 第103-104页 |
| 附表 2 菌株 VDG1 和 VDG2 KEGG 注释聚类 | 第104-105页 |
| 附表 3 本项研究所用引物 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 作者简历 | 第107页 |
