| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-13页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第9-10页 |
| 1.1.1 生物信息学 | 第9页 |
| 1.1.2 基因组学和蛋白质组学 | 第9-10页 |
| 1.2 蛋白质相互作用和蛋白质信号通路 | 第10页 |
| 1.3 研究意义 | 第10-11页 |
| 1.4 国内外研究现状 | 第11-12页 |
| 1.5 本文的主要工作及组织结构 | 第12-13页 |
| 第二章 基本概念和相关技术 | 第13-20页 |
| 2.1 基本概念 | 第13-18页 |
| 2.1.0 氨基酸 | 第13-14页 |
| 2.1.1 蛋白质 | 第14-15页 |
| 2.1.2 蛋白质相互作用网络 | 第15-16页 |
| 2.1.3 信号通路 | 第16-17页 |
| 2.1.4 源节点和靶节点 | 第17-18页 |
| 2.2 相关技术 | 第18-19页 |
| 2.2.1 节点权值 | 第18页 |
| 2.2.2 遗传算法 | 第18页 |
| 2.2.3 模拟退火算法 | 第18-19页 |
| 2.3 本章小结 | 第19-20页 |
| 第三章 基于节点权值的蛋白质相互作用网络的简化 | 第20-40页 |
| 3.1 数据选取 | 第20-21页 |
| 3.2 基于节点权值的蛋白质相互作用网络的简化流程 | 第21-22页 |
| 3.3 信号通路的源节点和靶节点 | 第22-25页 |
| 3.4 基于节点权值的蛋白质相互作用网络的简化 | 第25-26页 |
| 3.4.1 利用权值处理网络 | 第25页 |
| 3.4.2 利用节点权值处理蛋白质相互作用网络 | 第25-26页 |
| 3.5 信号通路搜索 | 第26-28页 |
| 3.6 反向处理蛋白质相互作用网络 | 第28页 |
| 3.7 结果输出 | 第28-29页 |
| 3.8 结果分析 | 第29-39页 |
| 3.9 本章小结 | 第39-40页 |
| 第四章 基于遗传算法和模拟退火法的信号通路提取 | 第40-49页 |
| 4.1 基于遗传算法的信号通路提取 | 第40-44页 |
| 4.1.1 遗传算法 | 第40-41页 |
| 4.1.2 遗传算法结果分析 | 第41-44页 |
| 4.2 基于模拟退火法的信号通路提取 | 第44-46页 |
| 4.2.1 模拟退火法信号通路息提取算法过程 | 第44-45页 |
| 4.2.2 模拟退火法提取信号通路结果分析 | 第45-46页 |
| 4.3 遗传算法与模拟退火算法提取蛋白质网络对比 | 第46-47页 |
| 4.4 与现有方法比较 | 第47-48页 |
| 4.5 本章小结 | 第48-49页 |
| 总结 | 第49-51页 |
| 数据分析 | 第49页 |
| 算法分析 | 第49-51页 |
| 1．极大程度简化拓扑结构 | 第49-50页 |
| 2．覆盖率和召回率 | 第50页 |
| 3．可扩展性和灵活性 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 附表1根据节点权值简化后的蛋白质相互作用网络 | 第55-67页 |
| 攻读博士/硕士学位期间取得的研究成果 | 第67-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 附件 | 第69页 |