| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第13-39页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第13-17页 |
| 1.1.1 动脉血栓的危害及形成 | 第13-15页 |
| 1.1.2 炎症级联反应过程 | 第15-17页 |
| 1.2 止血和血栓形成过程中的重要分子对 | 第17-23页 |
| 1.2.1 VWF-A3和胶原 | 第17-19页 |
| 1.2.2 VWF-A1和GPIba | 第19-21页 |
| 1.2.3 抗血栓单克隆抗体 | 第21-23页 |
| 1.3 炎症级联反应过程中的关键分子 | 第23-29页 |
| 1.3.1 PSGL-1 | 第23-26页 |
| 1.3.2 ERM蛋白 | 第26-27页 |
| 1.3.3 整合素LFA-1 | 第27-29页 |
| 1.4 国内外研究现状 | 第29-36页 |
| 1.4.1 抗血栓单克隆抗体药物的表位及互补位残基识别 | 第29-31页 |
| 1.4.2 ERM蛋白的激活机制 | 第31-33页 |
| 1.4.3 力学信号介导的整合素LFA-1 的激活 | 第33-36页 |
| 1.5 科学问题的提出与论文研究的主要内容 | 第36-38页 |
| 1.5.1 科学问题的提出 | 第36-37页 |
| 1.5.2 论文研究的主要内容 | 第37-38页 |
| 1.6 论文结构安排 | 第38-39页 |
| 第2章 计算方法与材料 | 第39-47页 |
| 2.1 分子动力学模拟方法 | 第39-43页 |
| 2.1.1 分子动力学模拟的原理 | 第39-41页 |
| 2.1.2 拉伸分子动力学模拟 | 第41-43页 |
| 2.1.3 自由分子动力学模拟 | 第43页 |
| 2.2 分子动力学模拟的软件和硬件 | 第43-47页 |
| 2.2.1 分子动力学模拟的流程 | 第44-45页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟设备 | 第45-47页 |
| 第3章 基于残基相互作用指数的抗原表位以及抗体互补位残基识别 | 第47-72页 |
| 3.1 引言 | 第47-49页 |
| 3.2 材料与方法 | 第49-52页 |
| 3.2.1 分子动力学模拟 | 第49-50页 |
| 3.2.2 氢键 | 第50页 |
| 3.2.3 氢键稳定性指数 | 第50-51页 |
| 3.2.4 残基相互作用指数 | 第51-52页 |
| 3.3 结果 | 第52-69页 |
| 3.3.1 利用HBSI和RII识别 82D6A3/VWF-A3复合物接触面的表位以及互补位残基 | 第52-55页 |
| 3.3.2 基于HBSI和RII识别 6B4/GPIbα复合物接触面处的表位以及互补位残基 | 第55-58页 |
| 3.3.3 利用HBSI和RII识别VWF-A1/GPIbα复合物接触面处的关键残基 | 第58-64页 |
| 3.3.4 两种指数的错误发现率、特异性和敏感性分析 | 第64-65页 |
| 3.3.5 HBSI和RII计算过程中中热稳定性比重以及阈值的选取 | 第65-68页 |
| 3.3.6 残基相互作用指数的优势 | 第68-69页 |
| 3.4 讨论 | 第69-70页 |
| 3.5 本章小结 | 第70-72页 |
| 第4章 力学信号介导的非对称低聚体ERM蛋白激活 | 第72-88页 |
| 4.1 引言 | 第72-74页 |
| 4.2 材料与方法 | 第74-76页 |
| 4.2.1 体系构建 | 第74-75页 |
| 4.2.2 能量最小化和平衡 | 第75页 |
| 4.2.3 拉伸分子动力学模拟 | 第75-76页 |
| 4.3 结果 | 第76-85页 |
| 4.3.1 Radixin/PSGL-1 复合物的解离 | 第76-79页 |
| 4.3.2 FERM domain与tail domain的解离 | 第79-83页 |
| 4.3.3 力学信号可以介导非对称低聚体ERM蛋白的激活 | 第83-85页 |
| 4.4 讨论 | 第85-87页 |
| 4.5 本章小结 | 第87-88页 |
| 第5章 力学信号可以稳定LFA-1 aI结构域于激活状态 | 第88-117页 |
| 5.1 引言 | 第88-89页 |
| 5.2 材料与方法 | 第89-92页 |
| 5.2.1 体系构建和准备 | 第89-90页 |
| 5.2.2 拉伸动力学模拟 | 第90页 |
| 5.2.3 表征LFA-1 亲和力状态的几何参数 | 第90-92页 |
| 5.3 结果 | 第92-112页 |
| 5.3.1 α7 螺旋的上移介导α1 螺旋内移到低亲和力水平，并且破坏了接触面处的极性和疏水相互作用 | 第92-96页 |
| 5.3.2 α1 螺旋的外移破坏了β5α6 环链与ICAM-1 的相互作用 | 第96-101页 |
| 5.3.3 α7 螺旋下移可以引起a1 螺旋的内移，进而介导β5α6 环链与ICAM-1形成氢键相互作用 | 第101-107页 |
| 5.3.4 外力可以介导α7 螺旋的下移以及α1 螺旋的内移，进而稳定αI结构域于中间亲和力状态 | 第107-112页 |
| 5.4 讨论 | 第112-115页 |
| 5.5 本章小结 | 第115-117页 |
| 总结与展望 | 第117-119页 |
| 参考文献 | 第119-131页 |
| 附录 | 第131-134页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第134-136页 |
| 致谢 | 第136-137页 |
| 附件 | 第137页 |
