| 中文摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略词 | 第10-11页 |
| 文献综述 转录组高通量测序技术及其应用 | 第11-22页 |
| 1. 转录组概述 | 第11页 |
| 2. RNA-SEQ技术原理 | 第11-14页 |
| 2.1 454测序技术原理 | 第12-13页 |
| 2.2 Solexa测序技术原理 | 第13页 |
| 2.3 SOLID测序技术原理 | 第13-14页 |
| 3. 测序平台的选择 | 第14-15页 |
| 3.1 Roche/454 | 第14页 |
| 3.2 Illumina/Solexa | 第14页 |
| 3.3 ABI/SOLiD | 第14-15页 |
| 4. 转录组测序数据的基本处理 | 第15-18页 |
| 4.1 数据处理 | 第15页 |
| 4.2 数据组装与读长定位 | 第15-16页 |
| 4.3 基因表达水平估计 | 第16页 |
| 4.4 基因注释及分类 | 第16-17页 |
| 4.5 分子网络构建 | 第17-18页 |
| 5. RNA-SEQ技术优势及面临的问题 | 第18-19页 |
| 6. RNA-SEQ的应用 | 第19-22页 |
| 6.1 在植物中的应用 | 第19-20页 |
| 6.2 在动物中的应用 | 第20-22页 |
| 实验研究 | 第22-82页 |
| 1. 前言 | 第22-23页 |
| 2. 材料与方法 | 第23-31页 |
| 2.1 材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第23页 |
| 2.1.2 病毒 | 第23页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第23页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第23-24页 |
| 2.2 方法 | 第24-31页 |
| 2.2.1 人工感染及样品采集 | 第24页 |
| 2.2.2 DEV检查 | 第24-25页 |
| 2.2.2.1 DEV DNA提取 | 第24-25页 |
| 2.2.2.2 DEV核酸PCR检测 | 第25页 |
| 2.2.3 RNA-Seq测序的样品准备 | 第25-26页 |
| 2.2.3.1 组织RNA的提取 | 第25-26页 |
| 2.2.3.2 组织RNA的质量检测 | 第26页 |
| 2.2.4 文库构建与测序 | 第26页 |
| 2.2.5 测序数据处理与分析 | 第26-28页 |
| 2.2.5.1 原始数据处理与分析 | 第27页 |
| 2.2.5.2 基因差异表达分析 | 第27页 |
| 2.2.5.3 差异表达基因聚类 | 第27页 |
| 2.2.5.4 差异表达基因GO分类 | 第27-28页 |
| 2.2.5.5 差异表达基因KEGG富集分析 | 第28页 |
| 2.2.6 差异表达基因免疫相关基因的筛选 | 第28页 |
| 2.2.7 差异表达基因模式分析和网络分析 | 第28-29页 |
| 2.2.7.1 差异表达基因动态表达模式分析 | 第28页 |
| 2.2.7.2 构建差异表达免疫相关基因功能网络及基因网络 | 第28-29页 |
| 2.2.8 差异表达基因的qPCR验证 | 第29-31页 |
| 2.2.8.1 引物设计 | 第29页 |
| 2.2.8.2 cDNA合成 | 第29-30页 |
| 2.2.8.3 构建标准曲线 | 第30页 |
| 2.2.8.4 目的基因相对表达量的qPCR检测 | 第30-31页 |
| 3. 结果 | 第31-77页 |
| 3.1 DEV核酸PCR检查 | 第31页 |
| 3.2 脾脏组织总RNA的提取 | 第31-33页 |
| 3.3 转录组测序数据评估 | 第33-38页 |
| 3.3.1 测序数据处理与分析 | 第33-34页 |
| 3.3.2 Clean reads质量分析 | 第34-36页 |
| 3.3.2.1 碱基位点质量分数评估 | 第34-36页 |
| 3.3.3 参考序列比对分析 | 第36-37页 |
| 3.3.4 基因组结构分析 | 第37-38页 |
| 3.4 基因差异表达分析 | 第38-49页 |
| 3.4.1 基因表达水平分析 | 第38-39页 |
| 3.4.2 差异表达基因筛选与分析 | 第39-49页 |
| 3.4.2.1 差异表达基因筛选 | 第39-40页 |
| 3.4.2.2 差异表达基因火山图 | 第40-41页 |
| 3.4.2.3 差异表达基因维恩图 | 第41-49页 |
| 3.5 差异基因层次聚类分析 | 第49页 |
| 3.6 差异表达基因GO注释 | 第49-53页 |
| 3.6.1 差异表达基因GO注释统计 | 第49-53页 |
| 3.7 差异表达基因KEGG注释 | 第53-56页 |
| 3.8 差异表达基因的QPCR验证 | 第56-57页 |
| 3.8.1 标准曲线的制备 | 第56页 |
| 3.8.2 差异表达基因的qPCR验证 | 第56-57页 |
| 3.9 差异表达免疫相关基因初步筛选 | 第57-58页 |
| 3.10 STEM聚类 | 第58-59页 |
| 3.11 GO功能分类与信号通路趋势分析 | 第59-69页 |
| 3.11.1 GO功能分类及趋势分析 | 第59-64页 |
| 3.11.2 信号通路趋势分析 | 第64-69页 |
| 3.12 分子网络的构建及分析 | 第69-76页 |
| 3.12.1 免疫相关基因互作信号流网络构建及分析 | 第69-72页 |
| 3.12.2 免疫相关功能调控网络构建及分析 | 第72-74页 |
| 3.12.3 免疫相关基因间共表达调控网络构建及分析 | 第74-76页 |
| 3.13 差异表达免疫相关关键基因筛选 | 第76-77页 |
| 4. 讨论 | 第77-81页 |
| 4.1 测序数据 | 第77页 |
| 4.2 差异表达基因筛选 | 第77页 |
| 4.3 差异表达基因GO富集 | 第77-78页 |
| 4.4 差异表达基因PATHWAY富集 | 第78-79页 |
| 4.5 差异表达基因表达模式及相关网络构建 | 第79页 |
| 4.6 免疫基因筛选 | 第79-81页 |
| 5. 结论 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-90页 |
| 附录一 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第90-91页 |
| 附录二 荧光定量PCR相关曲线图 | 第91-93页 |
| 附录三 差异表达基因富集的信号通路图 | 第93-104页 |
| 1. 10~0×TCID_(50)剂量感染组差异表达基因富集的信号传导通路图 | 第93-98页 |
| 2. 10~(-2)×TCID_(50)剂量感染组差异表达基因富集的信号传导通路图 | 第98-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
