| 摘要 | 第8-13页 |
| ABSTRACT | 第13-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-30页 |
| 1.1 转座子概述 | 第18-19页 |
| 1.2 转座子分类 | 第19-21页 |
| 1.3 转座子鉴定 | 第21-23页 |
| 1.4 转座子分布 | 第23-24页 |
| 1.4.1 转座子所占基因组比例 | 第23页 |
| 1.4.2 转座子在基因组上的分布区间偏好性 | 第23-24页 |
| 1.5 转座子功能 | 第24-27页 |
| 1.5.1 转座子对基因组的贡献 | 第24-25页 |
| 1.5.2 转座子介导的新基因形成、基因破坏以及对基因表达活性调控 | 第25-26页 |
| 1.5.3 转座子介导的microRNA形成 | 第26-27页 |
| 1.6 桑树基因组中转座子的研究概述 | 第27-30页 |
| 第二章 引言 | 第30-32页 |
| 2.1 研究目的及意义 | 第30页 |
| 2.2 主要研究内容 | 第30-31页 |
| 2.3 技术路线 | 第31-32页 |
| 第三章 桑树全基因组转座子的鉴定及转座子数据库MnTEdb的构建 | 第32-42页 |
| 3.1 材料与方法 | 第32-35页 |
| 3.1.1 数据来源 | 第32页 |
| 3.1.2 全基因组转座子的鉴定 | 第32-34页 |
| 3.1.3 多方法鉴定到重复序列的整合及假阳性筛选 | 第34-35页 |
| 3.1.4 转座子家族区分 | 第35页 |
| 3.1.5 数据库的构建 | 第35页 |
| 3.2 结果与分析 | 第35-39页 |
| 3.2.1 桑树基因组中TEs的鉴定 | 第35-36页 |
| 3.2.2 MnTEdb的用户界面及功能描述 | 第36-39页 |
| 3.3 总结与讨论 | 第39-42页 |
| 3.3.1 全基因组转座子的鉴定 | 第40页 |
| 3.3.2 候选转座子假阳性筛除 | 第40页 |
| 3.3.3 转座子命名及分类 | 第40-41页 |
| 3.3.4 MnTEdb数据库的特性 | 第41-42页 |
| 第四章 桑树基因组转座子特征及分布分析 | 第42-60页 |
| 4.1 材料与方法 | 第42-43页 |
| 4.1.1 数据来源 | 第42页 |
| 4.1.2 转座子的全基因组注释 | 第42-43页 |
| 4.1.3 转座子与基因的关系 | 第43页 |
| 4.1.4 转座子相关基因功能注释及Pathway分析 | 第43页 |
| 4.2 结果与分析 | 第43-56页 |
| 4.2.1 桑树转座子的全基因组注释 | 第43-45页 |
| 4.2.2 转座子与基因的关系 | 第45-56页 |
| 4.3 总结与讨论 | 第56-60页 |
| 4.3.1 川桑基因组中转座子的含量 | 第56-57页 |
| 4.3.2 转座子和基因的关系 | 第57-60页 |
| 第五章 桑树LTR逆转录转座子逆转录酶片段的克隆及特征分析 | 第60-84页 |
| 5.1 材料与方法 | 第60-65页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第60页 |
| 5.1.2 克隆引物 | 第60-61页 |
| 5.1.3 主要使用试剂及配置方法 | 第61-62页 |
| 5.1.4 主要使用仪器 | 第62页 |
| 5.1.5 实验方法及流程 | 第62-65页 |
| 5.1.6 序列分析 | 第65页 |
| 5.2 结果与分析 | 第65-80页 |
| 5.2.1 Ty1-Copia和Ty3-Gypsy转座子RT序列的克隆 | 第65-67页 |
| 5.2.2 LTR类RT序列的序列特征分析 | 第67-74页 |
| 5.2.3 RT基因进化分析 | 第74-78页 |
| 5.2.4 Ty1-Copia和Ty3-Gypsy的RT序列染色体分布分析 | 第78-80页 |
| 5.3 总结与讨论 | 第80-84页 |
| 5.3.1 LTR转座子逆转录酶序列片段克隆 | 第80页 |
| 5.3.2 LTR转座子逆转录酶序列特征 | 第80-81页 |
| 5.3.3 LTR转座子的进化分析 | 第81页 |
| 5.3.4 LTR转座子RT片段染色体分布 | 第81-84页 |
| 第六章 桑树基因组LTR转座子特征分析 | 第84-108页 |
| 6.1 材料与方法 | 第84-85页 |
| 6.1.1 数据来源 | 第84页 |
| 6.1.2 序列分析 | 第84-85页 |
| 6.1.3 活性LTR逆转录转座子鉴定 | 第85页 |
| 6.2 结果与分析 | 第85-103页 |
| 6.2.1 桑树LTR逆转录转座子概况 | 第85-89页 |
| 6.2.2 桑树全长LTR逆转录转座子序列特征 | 第89-92页 |
| 6.2.3 LTR逆转录转座子的系统发生分析 | 第92-94页 |
| 6.2.4 LTR逆转录转座子的选择压力 | 第94-96页 |
| 6.2.5 LTR逆转录转座子插入时间以及半衰期估计 | 第96-102页 |
| 6.2.6 LTR逆转录转座子活性分析 | 第102-103页 |
| 6.3 总结与讨论 | 第103-108页 |
| 6.3.1 桑树基因组中全长LTR逆转录转座子概况 | 第104页 |
| 6.3.2 LTR逆转录转座子系统发生分析 | 第104-105页 |
| 6.3.3 LTR逆转录转座子插入时间及活性 | 第105-106页 |
| 6.3.4 LTR逆转录转座子对基因组的贡献 | 第106-108页 |
| 第七章 综合与结论 | 第108-112页 |
| 论文的创新点 | 第112-114页 |
| 参考文献 | 第114-124页 |
| 缩略词表 | 第124-126页 |
| 在读期间发表文章及参研课题 | 第126-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
