| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 缩略词（Abbreviations） | 第12-18页 |
| 笫一章 前言 | 第18-20页 |
| 笫二章 文献综述 | 第20-44页 |
| 2.1 鲑鳟鱼养殖现状及研究进展 | 第20-23页 |
| 2.1.1 大西洋鲑、虹鳟生物学简介 | 第20-21页 |
| 2.1.2 鲑鳟鱼养殖现状及面临挑战 | 第21-23页 |
| 2.1.3 生态安全策略 | 第23页 |
| 2.2 益生菌筛选与使用 | 第23-29页 |
| 2.2.1 益生菌简介 | 第23-24页 |
| 2.2.2 拮抗型益生菌株筛选 | 第24-25页 |
| 2.2.3 益生菌作用机理及发展趋势 | 第25-29页 |
| 2.3 鱼类肠道微生物研究进展 | 第29-41页 |
| 2.3.1 鱼类肠道微生物组成 | 第30-31页 |
| 2.3.2 鱼类肠道微生物的主要功能 | 第31-34页 |
| 2.3.4 研究鱼类肠道微生物的技术方法 | 第34-41页 |
| 2.4 本研究的目的及意义 | 第41-44页 |
| 笫三章 健康与患病大西洋鲑肠道微生物群落结构比较分析 | 第44-68页 |
| 3.1 引言 | 第44-46页 |
| 3.2 材料与方法 | 第46-50页 |
| 3.2.1 样品采集 | 第46页 |
| 3.2.2 肠道微生物及水体样品总DNA提取 | 第46-48页 |
| 3.2.3 PCR扩增及DGGE分析 | 第48页 |
| 3.2.4 目的片段扩增及高通量测序 | 第48-49页 |
| 3.2.5 数据分析处理 | 第49-50页 |
| 3.3 结果 | 第50-63页 |
| 3.3.1 大西洋鲑鱼体样本基本数据 | 第50页 |
| 3.3.2 DGGE指纹图谱分析 | 第50-52页 |
| 3.3.3 肠道及环境样品高通量测序结果分析 | 第52-63页 |
| 3.4 讨论 | 第63-66页 |
| 3.5 小结 | 第66-68页 |
| 第四章 杀鲑气单胞菌感染大西洋鲑后肠道微生物群落响应 | 第68-82页 |
| 4.1 引言 | 第68-69页 |
| 4.2 材料与方法 | 第69-74页 |
| 4.2.1 大西洋鲑实验鱼及暂养 | 第69-70页 |
| 4.2.2 杀鲑气单胞菌菌液培养及制备 | 第70-71页 |
| 4.2.3 实验设计及样品采集 | 第71-72页 |
| 4.2.4 大西洋鲑肠道微生物总DNA提取及PCR-DGGE分析 | 第72-73页 |
| 4.2.5 数据统计分析 | 第73-74页 |
| 4.3 结果 | 第74-78页 |
| 4.3.1 大西洋鲑攻毒实验取样及鱼体基本信息 | 第74-75页 |
| 4.3.2 DGGE指纹图谱分析 | 第75-78页 |
| 4.4 讨论 | 第78-80页 |
| 4.5 小结 | 第80-82页 |
| 第五章“芽孢杆菌V4+胶红酵母”复合菌剂对虹鳟幼鱼生长、存活及肠道菌群影响 | 第82-112页 |
| 5.1 引言 | 第82-83页 |
| 5.2 材料与方法 | 第83-88页 |
| 5.2.1 虹鳟鱼驯化暂养 | 第83页 |
| 5.2.2 实验用复合菌饲料制备 | 第83-84页 |
| 5.2.3 实验设计 | 第84页 |
| 5.2.4 胃肠道内容物及粘膜样品采集 | 第84-85页 |
| 5.2.5 生长指标采集分析 | 第85页 |
| 5.2.6 胃肠道及粘膜微生物、水体样品微生物总DNA提取 | 第85-86页 |
| 5.2.7 DGGE指纹图谱分析 | 第86-87页 |
| 5.2.8 目的片段扩增及高通量测序 | 第87-88页 |
| 5.3 结果 | 第88-106页 |
| 5.3.1 生长与存活 | 第88-89页 |
| 5.3.2 DGGE指纹图谱分析 | 第89-96页 |
| 5.3.3 肠道及水体样品高通量测序结果分析 | 第96-106页 |
| 5.4 讨论 | 第106-110页 |
| 5.5 小结 | 第110-112页 |
| 第六章“芽孢杆菌V4+胶红酵母”复合菌剂对大西洋鲑幼鱼生长、存活、免疫、抗病及肠道菌群影响 | 第112-138页 |
| 6.1 引言 | 第112-113页 |
| 6.2 材料与方法 | 第113-117页 |
| 6.2.1 实验用鱼及暂养 | 第113页 |
| 6.2.2 复合菌剂饲料研制及实验设计 | 第113-115页 |
| 6.2.3 生长及血清指标测定 | 第115页 |
| 6.2.4 杀鲑气单胞菌攻毒侵染 | 第115-116页 |
| 6.2.5 肠道内容物基因组总DNA提取及 16S rRNA基因高通量测序 | 第116-117页 |
| 6.3 结果 | 第117-130页 |
| 6.3.1 大西洋鲑生长与存活 | 第117-118页 |
| 6.3.2 抗氧化及免疫响应 | 第118-120页 |
| 6.3.3 杀鲑气单胞菌攻毒与免疫应答 | 第120-121页 |
| 6.3.4 Illumina肠道微生物高通量测序 | 第121-130页 |
| 6.4 讨论 | 第130-136页 |
| 6.4.1 大西洋鲑生长表现 | 第131页 |
| 6.4.2 大西洋鲑幼鱼抗氧化能力响应 | 第131-133页 |
| 6.4.3 大西洋鲑幼鱼免疫应答 | 第133-134页 |
| 6.4.4 复合菌对大西洋鲑肠道微生物菌群影响 | 第134-136页 |
| 6.5 小结 | 第136-138页 |
| 第七章 芽孢杆菌V4对虹鳟幼鱼机体健康及肠道菌群影响 | 第138-166页 |
| 7.1 引言 | 第138-139页 |
| 7.2 材料与方法 | 第139-142页 |
| 7.2.1 虹鳟幼鱼暂养 | 第139页 |
| 7.2.2 芽孢杆菌V4菌株培养 | 第139页 |
| 7.2.3 养殖实验设计 | 第139-140页 |
| 7.2.4 攻毒实验设计 | 第140页 |
| 7.2.5 实验样品采集及处理 | 第140-141页 |
| 7.2.6 检测指标及测定方法 | 第141-142页 |
| 7.2.7 虹鳟肠道微生物总DNA提取及高通量测序 | 第142页 |
| 7.2.8 数据统计分析 | 第142页 |
| 7.3 结果 | 第142-160页 |
| 7.3.1 虹鳟鱼生长与存活 | 第142-143页 |
| 7.3.2 芽孢杆菌V4菌株对虹鳟血清生化及免疫影响 | 第143-145页 |
| 7.3.3 芽孢杆菌V4投喂后虹鳟对杀鲑气单胞菌的免疫应答 | 第145-150页 |
| 7.3.4 芽孢杆菌V4对虹鳟肠道微生物菌群影响 | 第150-160页 |
| 7.4 讨论 | 第160-165页 |
| 7.4.1 虹鳟生长及存活表现 | 第160-161页 |
| 7.4.2 虹鳟的抗氧化及免疫应答响应 | 第161-163页 |
| 7.4.3 肠道微生物菌群变化 | 第163-165页 |
| 7.5 小结 | 第165-166页 |
| 笫八章 总结与展望 | 第166-170页 |
| 参考文献 | 第170-192页 |
| 致谢 | 第192-194页 |
| 作者简历 | 第194-196页 |
| 博士在读期间论文发表及撰写情况 | 第196页 |
