| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 1 引言 | 第10-18页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-16页 |
| 1.2.1 基于图理论的检测方法研究现状 | 第11-13页 |
| 1.2.2 其它检测方法研究现状 | 第13-16页 |
| 1.3 研究内容和工作 | 第16页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第16-18页 |
| 2 相关背景知识 | 第18-25页 |
| 2.1 蛋白质相互作用网络 | 第18-21页 |
| 2.1.1 PPI网络的拓扑特征 | 第18-20页 |
| 2.1.2 蛋白质功能模块 | 第20-21页 |
| 2.2 GO数据库 | 第21-23页 |
| 2.3 逻辑回归模型 | 第23-24页 |
| 2.4 本章小结 | 第24-25页 |
| 3 典型的蛋白质功能模块检测算法 | 第25-33页 |
| 3.1 ClusterOne算法 | 第25-27页 |
| 3.1.1 凝聚性得分 | 第25-26页 |
| 3.1.2 ClusterOne算法流程 | 第26-27页 |
| 3.2 ClusterEPs算法 | 第27-32页 |
| 3.2.1 EPs方法 | 第28-29页 |
| 3.2.2 ClusterEPs搜索策略 | 第29-32页 |
| 3.3 本章小结 | 第32-33页 |
| 4 基于逻辑回归和局部结构信息的蛋白质模块检测算法 | 第33-44页 |
| 4.1 ClusterLR算法流程 | 第33-34页 |
| 4.2 打分函数 | 第34-39页 |
| 4.2.1 特征选择 | 第34-37页 |
| 4.2.2 训练打分函数 | 第37-39页 |
| 4.3 搜索策略 | 第39-43页 |
| 4.3.1 搜索起点的选择 | 第40页 |
| 4.3.2 算法的搜索策略 | 第40-42页 |
| 4.3.3 候选模块的合并与舍弃 | 第42-43页 |
| 4.4 本章小结 | 第43-44页 |
| 5 实验结果与分析 | 第44-61页 |
| 5.1 数据来源与评价指标 | 第44-48页 |
| 5.1.1 数据来源 | 第44-45页 |
| 5.1.2 评价指标 | 第45-48页 |
| 5.2 确定算法ClusterLR参数 | 第48-54页 |
| 5.2.1 确定增长规模因子 | 第49-52页 |
| 5.2.2 确定搜索的起始节点 | 第52-54页 |
| 5.3 与其它算法对比实验结果与分析 | 第54-58页 |
| 5.4 GO分析 | 第58-60页 |
| 5.5 本章小结 | 第60-61页 |
| 6 总结与展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |
| 作者简历及攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第67-69页 |
| 学位论文数据集 | 第69页 |