| Dedication | 第9-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| List of abbreviations | 第14-16页 |
| Chapter 1 Emergence and epidemiology of canine influenza virus | 第16-54页 |
| 1 Structure of Influenza A Viruses | 第16-20页 |
| 1.1 HA protein | 第17页 |
| 1.2 NA protein | 第17-18页 |
| 1.3 M2 Protein | 第18页 |
| 1.4 M1 Protein | 第18页 |
| 1.5 Nonstructural proteins | 第18-19页 |
| 1.5.1 NS1 protein | 第19页 |
| 1.5.2 NS2 protein | 第19页 |
| 1.6 The Polymerase complex PB1,PB2 and PA | 第19-20页 |
| 1.6.1 PA protein | 第19页 |
| 1.6.2 PB1 protein | 第19-20页 |
| 1.6.3 PB2 protein | 第20页 |
| 2 Emergence of Canine Influenza Virus | 第20-21页 |
| 3 Subtype diversity of IAV in dogs | 第21-28页 |
| 3.1 Subtype H3N2 | 第21-23页 |
| 3.2 Subtype H3N8 | 第23-24页 |
| 3.3 Subtype H5N1 | 第24-25页 |
| 3.4 Subtype H5N2 | 第25-26页 |
| 3.5 Subtype H1N1 | 第26-27页 |
| 3.6 Subtype H3N1 | 第27页 |
| 3.7 Subtype H9N2 | 第27-28页 |
| 4 Transmission of Canine Influenza Virus | 第28-29页 |
| 5 Influenza virus infection | 第29-36页 |
| 5.1 Coinfection of influenza virus with Staphylococcal species | 第30-32页 |
| 5.2 Coinfection of influenza virus with Streptococcal species | 第32-35页 |
| 5.3 Coinfection of influenza virus with other bacterial species | 第35-36页 |
| 6 Conclusions | 第36-37页 |
| References | 第37-54页 |
| Chapter 2 Streptococcus pluranimalium Isolated from a Canine Respiratory Case:Identification and Experimental Infection in Mice | 第54-66页 |
| 1 Introduction | 第54-55页 |
| 2 Case presentation | 第55-58页 |
| 2.1 Case history | 第55页 |
| 2.2 Bacterial isolation and identification | 第55-56页 |
| 2.3 PCR mixture | 第56页 |
| 2.4 PCR protocol | 第56页 |
| 2.5 Histopathological analysis | 第56-57页 |
| 2.6 Hemotoxylin and eosin(H&E)staining | 第57-58页 |
| 3 Results | 第58-61页 |
| 3.1 Bacterial identification | 第58页 |
| 3.2 Bacterial load | 第58-60页 |
| 3.3 Pathological observation | 第60-61页 |
| 4 Discussion | 第61-63页 |
| 5 Conclusion | 第63页 |
| References | 第63-66页 |
| Chapter 3 Isolation, identification and antimicrobial resistance of bacterial isolates from dogs | 第66-84页 |
| 1 Introduction | 第66-68页 |
| 2 Material and Methods | 第68-70页 |
| 2.1 Collection of bacterial strains | 第68-69页 |
| 2.2 Isolation and identification of bacterial strains | 第69页 |
| 2.3 Confirmation by PCR | 第69页 |
| 2.4 Antimicrobial susceptibility testing | 第69-70页 |
| 3 Results | 第70-75页 |
| 3.1 Bacterial isolation | 第70-71页 |
| 3.2 Morphological and culture characteristics of Staphylococci | 第71-72页 |
| 3.3 Morphological and culture characteristics of Streptococci | 第72-73页 |
| 3.4 Biochemical characteristics of S.pseudintermedius and S.pluranimalium | 第73-74页 |
| 3.5 Antimicrobial resistance | 第74-75页 |
| 4 Discussion | 第75-76页 |
| 5 Conclusion | 第76-77页 |
| References | 第77-84页 |
| Chapter 4 Pathogenicity potential of Staphylococcus pseudintermedius isolated from dogs with infection signs | 第84-102页 |
| 1 Introduction | 第84-85页 |
| 2 Materials and methods | 第85-88页 |
| 2.1 Ethics statement | 第85-86页 |
| 2.2 Infectious agents | 第86页 |
| 2.3 Experimental infection of mice | 第86页 |
| 2.4 Bacterial loads | 第86页 |
| 2.5 Histopathological examination | 第86页 |
| 2.6 Detection of virulence factors | 第86-88页 |
| 3 Results | 第88-95页 |
| 3.1 Clinical symptoms | 第88-89页 |
| 3.2 Bacterial loads | 第89-90页 |
| 3.3 Histopathological changes | 第90-91页 |
| 3.4 Presence of mecA and SCCmec typing of S. pseudintermedius | 第91-95页 |
| 4 Discussion | 第95-96页 |
| 5 Conclusion | 第96-97页 |
| References | 第97-102页 |
| Chapter 5 Identification and genetic evolution analysis of one strain of H3N2 canine influenza virus isolated from Nanjing, China | 第102-122页 |
| 1 Introduction | 第102-103页 |
| 2 Materials and methods | 第103-109页 |
| 2.1 Collection of samples | 第103-104页 |
| 2.2 Specific pathogen free eggs(SPF) | 第104页 |
| 2.3 Inoculation of samples | 第104页 |
| 2.4 Harvesting of allantoic fluids | 第104页 |
| 2.5 Viral RNA extraction | 第104-105页 |
| 2.6 Hemagglutination assay | 第105-106页 |
| 2.7 Reverse transcription PCR | 第106-107页 |
| 2.8 Preparation of competent E. coli using CaCl_2 for transformation of plasmids | 第107页 |
| 2.9 Transformation to the competent cells | 第107页 |
| 2.10 Plasmid extraction | 第107-108页 |
| 2.11 Sequence analysis | 第108-109页 |
| 3 Results | 第109-117页 |
| 3.1 Isolation and identification of viruses | 第109-110页 |
| 3.2 Molecular Sequence homology of HA gene | 第110页 |
| 3.3 Phylogenetic analysis | 第110页 |
| 3.4 Molecular Sequence homology of NA gene | 第110-111页 |
| 3.5 Phylogenetic analysis | 第111-114页 |
| 3.6 Variability Analysis of gene coding regions | 第114-117页 |
| 3.6.1 HA gene coding region | 第114页 |
| 3.6.2 NA gene coding region | 第114-117页 |
| 4 Discussion | 第117-118页 |
| 5 Conclusion | 第118页 |
| References | 第118-122页 |
| Chapter 6 Canine influenza virus coinfection with Staphylococcus pseudintermedius enhances bacterial colonization, virus load and clinical presentation | 第122-146页 |
| 1 Introduction | 第122-124页 |
| 2 Materials and Methods | 第124-128页 |
| 2.1 Infectious agents | 第124页 |
| 2.2 Mice | 第124页 |
| 2.3 Animal experiments | 第124-125页 |
| 2.4 Pathological analysis | 第125页 |
| 2.5 Bacterial isolation | 第125页 |
| 2.6 Real-time PCR for quantification of viral loads | 第125-126页 |
| 2.6.1 Real-time PCR mixture | 第126页 |
| 2.6.2 Real-time PCR protocol | 第126页 |
| 2.7 Quantification of cytokine levels | 第126-128页 |
| 2.8 Statistical analysis | 第128页 |
| 3 Results | 第128-138页 |
| 3.1 CNS signs during experimental infection in the mice | 第128页 |
| 3.2 Body weight changes in mice | 第128-129页 |
| 3.3 Determination of viable bacteria in the tissues of infected mice | 第129-130页 |
| 3.4 Determination of Viral RNA loads in the tissues of infected mice | 第130-133页 |
| 3.5 Histopathology | 第133-135页 |
| 3.6 Histopathological Score | 第135页 |
| 3.7 Determination of cytokine concentrations | 第135-138页 |
| 4 Discussion | 第138-141页 |
| References | 第141-146页 |
| Conclusion | 第146-148页 |
| Research Publications | 第148-150页 |
| Acknowledgements | 第150页 |
